一、伊斯兰教唐高宗永徽二年(651年)伊斯兰教由大食(阿拉伯)贡使传入唐朝都城长安。至迟自唐中叶起，便有信仰伊斯兰的阿拉伯人、波斯商人往返于今安徽各地。宋太祖建隆年间(960～962年)，阿拉伯教主索非尔图为避难率家族数百人来到汴京(今开封市)。不久，被安置在淮河流域一带。
元代，由于地跨欧、亚、非的“四大汗国”的建立，大批信奉伊斯兰教的“色目人”涌进中原，伊斯兰教亦随之成为中国宗教的组成部分。元世祖忽必烈，调新附军到寿县南乡芍坡屯田。其中，新附军多信奉伊斯兰教，且落户当地。在元代，有相当多的信仰伊斯兰教的“色目人”在安徽做官，并由官而民，亦落户当地。其情形正为周密《癸辛杂识》所云：“今回回皆以中原为家，江南尤多。”
元末，辅佐朱元璋起义的伊斯兰教教徒不少。主要将领怀远常遇春，定远沐英、丁德兴、蓝玉，滁州平安等都信奉伊斯兰教。寿州城内西区，是朱姓回众聚居区，号“朱半城”。据说这“朱”即是明廷赐予的国姓。据回民柏、米、沙、陶四家《宗谱》记载，乃祖就是于元、明时先后定居合肥的。清初，安徽各地兴修了不少清真寺。民国初年，北京成立了中国回教俱进会本部，各省省会成立支部，一些县市成立分部。据民国23年至25年不完全统计，皖境共有清真寺、礼拜堂42座。有人于民国30年估计，安徽全省约有伊斯兰教教徒25万人。
伊斯兰教重视经堂教育。安徽是较早开展这项教育的省份。现存寿县清真大寺，为明天启年间仿北京皇宫太和殿宫殿群兴建的。内设河文大、中、小学，是安徽河文最大最高学府。
二、天主教
基督教在其近两千年的发展过程中分裂为天主教、东正教与基督新教三大派。这三大派都传到了中国。内中，传入安徽的为天主教与基督新教。
唐太宗贞观九年(635年)，基督教的支派景教经波斯传入，并在长安建寺。罗马教廷派遣教士来中国布道的很多。
唐代景教，因武宗灭佛受波及中断；元代也里可温教，也随着元朝的覆亡而衰退北徙。明末清初，约在16世纪中叶至18世纪初年的一百多年里，一批批天主教传教士再度涌入中国。其时，中国文化优越，国势强盛，传教士只能在服从中国政府管理、尊重中国习俗的前提下，利用两方新兴的科学技术来取信于中国。一方面将数学、历法等等西学传入，另方面又努力吸取中国文化，传回其祖国，且促成了18世纪西欧的“中国热”。因此，传教士们所接触或吸收入会的中国人多是中国政界、学界等上层人物。如，被教会“首推”“因利玛窦而归依基督的”泗州人冯应京，就是一位曾经官至湖广监察御史的人。又如，清初抗清英雄休宁人金声，系明崇祯进士，官至左合都御史。
那时也有“教案”，并有涉及安徽者。如明万历四十四年(1616年)的“南京教案”，就曾使歙县人方政受株连而“送司法司定罪”。清康熙初年也曾发生过由歙县人杨光先鼓噪起来的参劾传教士“历法荒谬”的“历狱”。康熙五十四年(1715年)的禁教。中华民族有着以儒学为中心的悠久而光辉的古老文明。与儒学并行不悖并有所结合的佛教、道教以及民间宗教信仰，根深蒂固。可是基督教教义、仪式则与之抵牾，势必彼此敌对乃至冲突。但这敌对乃至冲突，是中西文化习俗方面的冲突，它与尔后的冲突，其性质不同。
18世纪末至19世纪初，经产业革命资本主义列强在西欧迅速崛起。自此，欧洲列强对中国的重视已不再是古国的文化，而是资源与市场。道光末年，法国传教士在五河县修建大圣若瑟善终堂，这是安徽历史上建立最早的天主堂。此后，“金陵教士传入安庆，河南教士传入颍州，江西教士传入婺源、秋浦，湖北教士传入六安，于是教堂遍设，教徒日增”。据统计，清末，全省共有大小天主教教堂283所，教徒30876人，外籍教士47人，华籍教士17人，修女108人。民国时，又成立了蚌埠、芜湖、安庆3个教区和屯溪监牧区，堂口及信徒都有大幅度增加。
天主教再度来华，仅在安徽就依权仗势，强行建堂，干涉诉讼，霸占田畴，奸污妇女，纠集无赖，横行乡里，从而引发了同治八年(1869年)的安庆教案、光绪二年(1876年)的皖南教案、光绪十七年(1891年)的芜湖教案、光绪三十一年的霍山教案等等。这一系列教案表明，此时此刻来华的基督教，不论是天主教还是基督新教，已与明末清初主要是传播宗教信仰、从事中西文化交流的前辈不同，扮演了西方列强“借以张国威”、“广土地”、“为商业之先”的不光彩角色。因此，包括安徽在内的近代教案，体现了侵略反侵略的性质。
三、基督新教
与天主教相比，新教少了一些封建味道而多了一些民主气息。
道光二十四年(1844年)，美国圣公会将安徽、江苏列入其传教区，复设皖赣教区。同治八年(1869年)，英国内地会传教士首先到安庆租赁民房设圣爱堂，开始传教，并与法国天主教传教士一起，于当年六七月间激起了安庆教案。光绪十一年(1885年)以后，新教各差会争相进入。光绪三十四年(1908年)，全省新教教堂已达113处，中外传教士92人。20世纪20年代初，全省差会总堂发展到33处，正式教堂127处，布道区189个，中外宣教师172人，受洗教徒5070人，教徒11608人，分布52个县。
与天主教相比，新教更注重兴办教会学校，医疗机构与慈善事业。据民国26年(1937年)抗日战争爆发前夕统计，全省共有教会中小学40多所，其中中学7所，在全省中小学中占有一定的比例。先此，民国9年，全省就有教会医院8所。教会医院全是西医，对安徽西医的传入与普及，起了示范与推动的作用。