民间秘密宗教是指历史上在民间秘密流行而受到统治者禁止、镇压的宗教。严格地说，东汉时即有，但这里所指的是宋元明清时的民间秘密宗教。它大都具有儒、释、道合一的特点，带有强烈的政治色彩，多为农民起义所利用。其与安徽关系较密者为摩尼教、白莲教与罗教。
摩尼教。公元3世纪，古伊朗人摩尼创立。以光明、黑暗二宗、初中后三际为教义，宣称“先知”摩尼作为光明之王的使者，认为，光明必将战胜黑暗，光明王国必将出现。唐初传入，唐中叶在荆、扬诸州建有为波斯人、回纥人使用的摩尼教寺，其徒均着白衣白帽。唐武宗灭佛，摩尼寺亦被毁，教徒被迫还俗，转为民间秘密宗教。“其徒以不茹荤饮酒……画魔王踞坐。佛为跣足，云佛为大乘，我乃上上乘”。统治者蔑之为食菜事魔教。北宋徽宗宣和二年(1120年)，以徽州为基地的方腊起义曾利用之。南宋初年宣州等地农民亦曾利用摩尼教组织起义。
白莲教。原为佛教净土宗的一支，称白莲宗，南宋初年茅子元创立。在流传中吸收了摩尼教内容，认为光明(善)终将战胜黑暗(恶)，出现光明王国。元末，河北永年人韩山童与其得力助手颍州(在今阜阳)人刘福通在江淮间广为传播，准备起义。至正十一年(1351年)首先在颍上县白鹿庄发难，推韩为明王，杀白马黑牛誓师。因起义军烧香拜弥勒佛，又称“香军”。另，起义于鄂东并一度攻近皖西的徐寿辉，也以“弥勒佛下生，当为世主”相号召。明朝正德(1506～1521年)以后，又受罗教影响。白莲教教派很多，明代有闻香教、大乘教清茶门等；清代有清水教、八卦教、天理教等。清嘉庆年间(1796～1820年)川、楚白莲教大起义即一例。其教首为颍州人刘松、太和县人刘之协。据传，光绪二年(1876年)的皖南教案，亦有白莲教徒密在其中。
罗教。明正德年间(1506～1521年)，山东即墨人罗清创立，秘密传播于沿大运河及其邻近各地，并演变成无为教、大乘教和老官斋教等支派。其中，无为教、大乘教至安徽漕运水手中拥有众多信徒。
1949年10月1日中华人民共和国成立，开辟了中国历史的新纪元，中国的宗教也面临着前所未有的崭新局面。
1950年12月29日，中央人民政府政务院颁布《接受外国津贴及外资经营之文化教育救济机关及宗教团体登记条例》。为贯彻执行《条例》，1951年1月4日、26日，皖北人民行政公署、皖南人民行政公署分别在合肥、芜湖成立了相应的登记处，并在各自管辖的专署、市、县配备了专人，形成了全安徽的登记系统。这次登记以天主教、基督新教为对象，整个登记工作于同年4月底完成。登记后，在相当长的时间里，稳妥地进行了处理，逐步由政府接办了原接受外资津贴的教会医院、中小学校。指导协助教会开展了以自治、自养、自传为基本内容的“三自”爱国运动，分别礼送外籍教士回国，渐次割断了两教与西方殖民国家带有殖民色彩的种种联系。
20世纪初年兴起的中国基督教爱国自立运动以及尔后在全国非基督教大同盟影响下发生的民国11年(1922年)安庆圣保罗中学要求收回教育主权的罢课运动、芜湖各教会学校反奴化教育的斗争，民国14年芜湖圣雅各中学要求取消圣经班、早晚祁祷、礼拜的斗争，寿州反抗基督教同盟、声援“五卅运动”的游行示威等等。仅就教会而言，都是为了反对外来干涉，争取独立自主与宗教信仰自由。而这一奋斗目标，终于在中华人民共和国成立之后达到。
此外，这次调查登记，也大致了解了全省佛、道等教的基本情况。并在尔后，逐步进行了以废除封建特权为主要内容的改革。
1952年，安徽省文化教育委员会宗教事务处成立。宗教事务处在接续前述各项工作的同时，又组织宗教界人士保护、维修寺观教堂，团结宗教界人士和信教群众积极参加各项建设事业，兴办各种生产服务事业和社会公益事业，为建设社会主义社会，做出了积极贡献。与此同时，也增加了收入，实现了自养。
“文化大革命”打乱了宗教工作的正常发展，宗教界人士受到冲击，部分寺观教堂被占用或毁坏，宗教活动被迫停止，宗教事务管理部门被撤销，宗教工作受到严重破坏。
1978年，中国共产党十一届三中全会以后，恢复了人民政府宗教事务管理部门，宗教工作又得以正常开展。进行了大量的落实政策工作，平反、纠正了宗教界人士的冤假错案，补发了工资和生活费，落实了宗教团体房产政策，恢复开放了寺观教堂和宗教活动点，帮助恢复和建立健全了爱国宗教组织，招收培训了一批年轻的教职人员，并在政治上、生活上对宗教界人士作了适当安排。加强了对宗教活动的管理。依据法规制止、处理了私设聚会点乱传教、煽动宗教狂热等违规事件，配合执法部门，依法打击了一些利用宗教进行的犯罪活动，取缔了一些非法宗教组织。发挥全省宗教名山大寺的优势，为旅游经济服务，发挥宗教方面的传统特长，兴办特色饮食服务业；发挥宗教界的优良传统，为抗洪、抗旱、救灾奉献爱心；发挥宗教界海外联系广泛的优势，积极开展对外友好往来，引进外资，为改革开放与经济建设作贡献。