圩区涝灾的治理，一直是沿江人民迫切要求解决的突出问题。建国后的水利建设一贯注重圩区的除涝，并兼顾灌溉用水。50年代到60年代初排灌机械尚未大量发展，着重人力排水和滞涝、泄水的工程措施，俟后则侧重排灌站的建设并辅以沟港的治理与配套。
50年代初期，沿江相继出现较大洪涝灾害后，安徽省明确了“以防洪排涝为主”的建设方针，开始着手圩区治涝工程。1953年总结推广了在宣城养贤圩(2.2万亩)开挖排洪渠，加修圩内夹埂，分级负担，就地滞蓄涝水的成功经验，起到了较好的推动作用。但是由于缺乏规模，又无经验，治理措施没能统筹安排，效果适得其反。1956年、1957年在总结正反经验教训之后，明确了蓄、排通盘考虑，有机结合的治理模式，初步拟定了治理标准，强调了规划工作，对圩内治理有所促进。到1957年夏季，沿江圩区完成沟渠涵斗等治涝工程9328处，使364万亩圩田减轻了涝灾威胁。
经过50年代机电排涝试点，加之工业的不断发展。60年代初开始，圩区机电排涝被列为全省的重点，尤以无为、和县、当涂、芜湖、巢县等泵站建设发展为最快。当时一般侧重建大站集中排，除少数开沟输水外，大多利用老的沟港拆障贯通，虽解决了排水问题，但灌溉矛盾突出。为此又强调排灌配套，在起步阶段仍以利用原有沟港，分片建闸控制为主，继而发展到沟渠配套。但由于强调一套设备集中排灌、排灌分开、各成系统的单一模式，没有因地制宜，虽有少数成功的典型，大多数圩区则因地形不宜、渠道过长、填方量过大、挖压田亩过多、交叉工程较多、投资过大、纠纷频繁而中止。
70年代“农业学大寨”期间，沿江不少圩口大力开展农田基本建设，进行沟、渠、路、林、田全面配套，强调格田成方，虽然也取得一些成绩，但因土方量大、工程交叉多，加之投资跟不上，实际效果不佳。经过10多年的摸索，沿江圩区逐步认识到解决排灌问题的工程措施必须因时因地制宜，集中排水面积不宜过大，且要分片控制、高低分排。由此而兴起了改造、利用原有沟港，分片建闸控制，以及开挖撇洪沟的水利建设热潮，并逐步形成了洪涝分开，高低分排和集中排、分散灌的格局。
80年代，针对“农业学大寨”后一度出现的盲目圈湖围垦，废塘(港)为田、与水争地，降低除涝标准等倾向，多次提出停垦还湖、扩大沟塘蓄水等要求，并强调圩区除涝配套、健全排水体系、增建控制工程，做到分片控制、高低分排；合理控制沟港蓄水和地下水位，实心圩要开挖新沟，把防渍问题提上议程。圩区继续加强控制闸的建设和原有沟港的疏竣改造以及中小沟的配套。
经过长期建设，沿江圩区的防洪、排涝能力确有很大提高，灌溉已有所改善，但由于配套很不齐全，仍存在许多矛盾。1988年，省水利厅开始搞旱涝保收示范片的建设，探索出一些分片控制，高低分排，小站分散灌溉，排、灌、降统筹兼顾，沟、渠、田、林、路综合防治的经验。小站灌溉以其投资少、效能好、电费省(比埂泵省50%左右)、用电安全可靠等优点开始在圩区逐步推广开来，成为圩区灌溉的发展方向。