一、河湖堤
建国前，本县河堤弯曲低矮，加上高邮湖无固定干堤，洪水季节常常倒灌，致河流决堤成灾，白塔河、川桥河经常危及县城。
建国以来，政府大量投资，组织群众利用大水之后利于堵口复堤和大旱年景便于取土之机，逐年加高培厚。30多年来，共完成圩堤工程土方2000万立方米，石方52万立方米，建成以高邮湖大堤为主包括城防圈堤在内的河堤计453.9公里。这些堤线以白塔河为界，形成南北两大片，保护着大小94个圩23.5万亩农田和县城的安全，其中万亩以上的大圩有金埠、龙集、大圹、上泊湖、弯联、河湾及三荡7处，计有耕地12.37万亩。
高邮湖干堤全长34公里。50年代初，首先对金小、三荡、新河等圩进行小范围联并培修加固。1957年圈成大圹圩东埂。1965年界牌公社在堵口复堤中填堵了沙湖口，从而使三荡河联成三荡圩。当年，利用高邮湖水位低落之机，新建友好圩、沂湖及洋湖段，次年兴建友好、小关、沂湖及洋湖控制闸，同时培修堤防，基本形成从铜龙河口到新白塔河口及马汊河到桃园河口两大堤段，建涵闸15处。
1972年，江苏省提出淮河入江水道扩建计划，根据计划中的淮河入江流量、高邮湖设计洪水位、湖面吹程、水深、浪高及超高等要求，堤顶高程需达12.5米。为此，县历年发动群众加高培厚，到1977年计完成土石方726.2万立方米，国家计投资551.5万元，目前，大堤最高达12.27—12.6米，最低10.1米。
随着河道治理，建国30多年来，还发动群众将各河堤岸进行培修加固，使之与高邮湖水系相联，并与高邮湖大堤两端相接，成为封闭圈支堤，共同构成防洪整体。这些支堤主要有5条：
铜龙河河堤从铜城公路桥到龙冈河口。北岸堤长13.15公里，受龙须、高庄、埠河等5涧之隔分为6段，保护面积6100亩；南岸堤长11.98公里，被胯桥河、桑树港截为3段，其中桑树港以下4.4公里为确保圩。
新白塔河河堤北岸从汊涧桥到河口37.1公里，其中石梁以下33公里为确保堤；南岸涧多圩少，堤短傍岗，加上城防需要，各自封闭，除城防堤外，堤长约36公里。目前，大堤尚有不少险段，集中在北岸石梁、汪陆圩段，农场段和南岸庵山河以下9公里。
川桥河河堤左岸到东大圩，右岸抵浔河口，分别长14和13.9公里，保护面积7500亩。
桃园河河堤北岸由新河站到南光闸接大堤，长3.9公里，确保界牌大圩；南岸从新塘队到河西街，长6.19公里，保牧马圩。
秦栏河河堤右岸从秦栏大桥到同心河口与仪征县交界，长1.7公里，保联盟大圩；左岸到河西街与桃源河南埂相接，长9.6公里。
此外，尚有30余处与支堤相接的堤，其两岸堤长共约80余公里，其中较大的有埠河、桑树河、何坝、下石桥、红庙桥、银镜桥、禹王河、袁家庵、岗陈河、白马河等。
内河湖堤沿杨村河、王桥河、沂龙河、老白塔河及沂湖、洋湖的堤防，均属高邮湖干堤内的防洪体系。这里既受内水威胁，又受湖水顶托，历史上常因内湖决口受淹。建国以来，陆续进行加固，达到现有规模：杨村河两岸，左岸由夏家圩到天鹅嘴，长8公里，右岸由杨村桥到跃进圩，长3.5公里；老白塔河两岸，从石梁到沂湖闸，左右岸切线分别为38.7和35.4公里，险涵、险段及村庄树木多，沿河外湾陡岸塌方较为严重；沂龙河两岸，为新筑堤，沿河两岸堤长6.82公里，右岸可通车；王桥河两岸，从芦龙桥到芋家尖，左右长皆为8.5公里；沂湖堤，沿沂湖周围，堤长共23.6公里，其中龙集圩从沂龙河口到东岳庙7.43公里，湖滨圩1.57公里，桥湾大小新圩8.1公里，杨村复兴圩6.5公里，堤线随湖形弯曲，浪刷严重，近年已在迎风面做块石护坡5公里；洋湖堤，东岸从小河口到李庄闸，直线长6.5公里，可确保三荡圩，由于傍坡依岗，地形起伏较大，致堤线延长到8公里，目前仅大小套处做块石护坡500米；南岸王桥圩堤长1.5公里，浪刷严重，堤身残缺，急需护坡。此外，沂湖内的季桥河以及洋湖内的戊桥河两岸尚有堤线长约30公里。
二、圩堤
县内建圩有悠久历史。现存之圩，不少为清代和民国时期所建，民国22年(1933)《安徽通志》记载：县内大小圩堤129道。民国19年大水，坍塌甚多，此后各堤工委员会和圩董虽加续修，但水量不敷灌溉。民国22年规模较大的圩堤有22个，圩田3.5万亩，圩堤总长75公里，其中县西7个：唐家圩、糍粑圩、汪陆圩、银顶桥圩、大河湾圩、鹅眉湾圩、缪家圩；县南两个：王家圩、七里圩；县北7个：曹家圩、胡家坝、腊树圩、状元圩(建于民国12年)、东西蒲塘圩(建于民国3年)、破圩、南北新河圩；县东6个：上泊湖圩(建于民国18年)、矶头王圩(建于民国8年)、宣家圩(清光绪初年建)、卢家圩、余家大圩、下马圩。
清代曾规定每年加高圩堤5市寸，民国年间，县水利工程委员会下的一些堤工委员会也要求逐年培高圩堤。但由于土地由私人占有，经费不足，只能小修小补，到建国初期，圩破堤残，十有九灾。据1951年实测，全县306处大小圩，堤长共338.45公里，砖木石涵846处，保护面积约22万亩，其中有9.4万亩常年积水，占42.7％；外滩圩0.9万亩，占4％；白塔河自石梁以下有圩田14.5万亩，有7.6万亩不能耕种，占52.4％。
建国以后，1949年到1952年，政府投放工赈及防汛大米704万公斤，动员7.3万余人，重点堵复和培修三荡、新河、金小大、大新、上泊湖、西九连6个大圩及43个小圩，并使部分圩民由务渔转为务农。1952年后，联济民等5个圩圈成西感荡圩；联叶家圩等6个小圩圈成东感荡圩，并于1954年建成国营示范农场；联12个小圩建成友好圩；挖季桥河圈后家湖圩；开新白塔河圈大圹圩并堵复上百个大小圩。施工中，大量块石护坡。1966年，全县计有圩201个，堤长527.17公里，成田21.5万亩，其中万亩以上大圩4处8.29万亩，5000亩以上大圩4处。1965年后，除1972年大河湾等圩因行洪过水外，基本上没有破圩受淹现象发生。
近年来，在商品粮基地建设中，又处理险涵近百座，增加块石护坡10余公里。目前，全县有圩94处284平方公里，分布在21个乡镇，有耕地21.5万亩，其中万亩以上大圩7处计10.07万亩，它们是大圹、上泊湖、弯塘连、龙集、金埠、大河湾、三荡圩；0.1万—1万亩圩58处；0.1万亩以下圩29处，达20年一遇防洪标准的8.75万亩。建国后修复或新建的大圩主要有：
大小新圩原名西蒲塘圩、蒲东大圩，在桥湾乡境内，包括22个小圩。民国初年建成，30年代中期随着大圹圩陆沉而荒芜。1952年冬，建堤12.8公里，受益1.2万亩，圩内面积7300余亩。
上泊湖圩在县城东，以老白塔河北岸为堤，东与大圹圩隔河相对，西与烂泥湖隔堤，北接大新圩，地跨永丰、桥湾两乡，中部1／4积水。原系蓄水湖，民国17年民众集资筑堤而成，内有9个小圩，1.75万亩耕地，土肥粮丰。后因白塔河东堤逐渐冲刷，溃决沉没，常受洪水威胁。建国后于1951年1月复堤，堤长10.5公里，受益1.44万亩。其圩堤标准之高居各圩之首。
金小大圩东、北部分迎高邮湖长堤。东以东、西九连圩为屏障，南临沂湖，西接后家湖，北濒百家荡，原跨金龙(今属龙集乡)、小关(今属湖滨乡)两乡，故名。建于清康熙主十六年(1697)，嗣后从未大修，致堤线弯曲过长。1951年3月中旬开工兴建，受益8053亩。
西九连圩位于金小大圩东，与东九连圩隔河相望，内部小圩遍布，民国35年因洪水决堤连年成灾。1950年春曾加以培修，惜未竣工，复遭小灾。次年3月底兴建。
三荡圩在界牌乡境内，其西南为高地，东、西、北和东南分别临洋湖、沙湖、丘渡湖3水，故称三荡圩。清道光年间民众自行将9个小圩相联而成，有耕地1.2万亩。后因圩堤失修，致蒿草丛生。1951年3月开工复堤，建堤12.4公里，受益2706亩，恢复了生产。
新河大圩隔丘渡湖与三荡圩相对，西南阻高地，东、东南、东北环牧马、西王渡以及高邮等湖。原与高邮县共辖，建国后划为本县新河乡，故名。内有大小圩24个，1951年3月底开工复堤，受益8053亩。
西感荡圩县城东北，原称西荡湖，民国14年建，30年代中期陆沉，常年积水，仅440余亩沼泽草地可产一些荭作燃料。新白塔河开挖后被一分为二。1953年，兴建圩堤2450米，新圩北界民生圩埂，西以天东路为堤，南依城河，东接东感荡圩，受益面积2349亩。
大圹圩东滨高邮湖，南以新白塔河北岸为堤，北系老白塔河，居县内7个万亩以上圩之冠。包括大小圩12个，并有毛家、月塘、管庄、齐丫4个小湖，面积20.7平方公里，土壤肥沃，出产甚丰。黄水夺淮后，圩内渐成泽国，被称为“银大圹”，到民国27年，堤身被湖水冲刷殆尽，漫溃成灾。民国31年，县抗日民主政府曾组织军民复堤，并改称天高大圩。民国33年，湖水上涨，山洪顶托，民主政府发动军民奋力抢险，但因堤身单薄，仅保证早稻收割，终被淹没成为蓄洪湖。1957年，开挖新白塔河的同时建成大圹圩，60年代中期改建为省农垦厅属大圹圩农场。现有耕地1.74万亩，圩堤长38.9公里。
友好圩原为陆沉的12个小圩，位于铜龙河口，近百家荡，受铜龙河山洪和高邮湖风浪的双重威胁。1953年建堤成功，堤长7125米，培修3100米，新建833米，受益2477亩，安置转业渔民350人。