1956年7月成立县卫生防疫站，配专业人员6人。1965年由县文教卫生科业务组负责卫生防疫工作。1967年恢复建站，1969年并入县医院。1970年在县卫生局内设防疫组。1973年设立县防疫保健站，下设防疫和妇幼保健两组。1981年单设县防疫站，1984年站内设防疫、地方病、食品卫生、检验4科，有专业人员15人。
1.爱国卫生运动
1950年，贯彻“预防为主”方针，全县人民广泛开展群众性爱国卫生运动。1954年，县成立爱国卫生运动委员会，发动全县人民大搞室内外卫生，消灭“五毒”（蝇、蚊、蚤、虱、鼠），家家订立爱国卫生公约。1956年至1958年，全县开展以除“四害”（苍蝇、蚊子、老鼠、麻雀）为中心的爱国卫生运动。此后，每年结合防病治病，持续开展卫生运动，为生产和生活服务，使县内环境卫生有了初步改观，广大群众也逐步养成良好的卫生习惯。1970年冬，全县发动群众，大搞室内外环境卫生，消灭过冬蚊蝇，同时提倡打井，改善饮水条件。从1974年起，开展以除害灭病为中心的爱国卫生突击月活动。从1981年起，县内环境卫生工作与“五讲四美”活动相结合，县城卫生面貌大为改观，农村也涌现出不少“文明村”。1983年县城建环保局，选配合同制清洁工10名，负责街道卫生，以保持市容整洁。1984年县成立灭鼠领导小组，与爱国卫生运动办公室合署办公，指导全县的灭鼠工作。
1950年以来，农村结合卫生运动还开展了管粪、管水的“两管”工作，至1958年底，全县共建三坑制厕所21个、储粪坑308个、打水井52口、修沙滤池18处、清洁池30个，并对粪管效果作了测定。1970年，《安徽日报》介绍了占大公社东山队“两管”（粪管、水管）、“五改”、（改厕所、改水、改畜圈、改锅灶、改造环境）的典型经验。1974年至1976年，全县增建无害化厕所269个，增建沙滤池和水井35处。通过“两管五改”工作，广大农村的卫生条件得到改善，健康水平有所提高。
2.饮食卫生
1956年始，县卫生防疫部门开展食品检查和对饮食从业人员体检。1977年，县防疫保健站组织人员进行粉尘及辐射热的测定，并对冰棒、酒、酱油等食品作了多次检查，对不符合卫生要求的，限期改进。1979年，商业、供销、卫生等部门联合检查了有关单位食品卫生情况，同时选择丁香、莘田两地的代表性水源（井、河、沟、塘、池），分别作了水质检验。是年对全县饮食服务人员进行了全面健康检查。1981年复检114人，对健康者发给“健康合格证”。1983年《食品卫生法》颁布后，先后举办6期学习班，有170余人参加学习，使这一法规得到贯彻执行。
3.传染病防治
天花建国前，本县时有大花流行，民间医生多采用自制痘苗预防天花。民国23年（1934），牛痘传入，县内施种牛痘1082人。是年，天花患者20人，死亡5人。
建国初期，天花病仍有发生，1950年县人民卫生院组织种痘120人。嗣后，每年开展预防接种工作。1951年，全县种痘631人。据统计，1950年至1957年，共施种牛痘64628人。其间只1951年有天花患者2人，死亡1人。1952年以来，未发现天花病人。
麻疹此病历年均有发生，民间称“过麻子”。建国后，县内广泛接种麻疹疫苗，死亡者甚少。1950年至1955年发病557人，死亡4人。1956年发病1120人，死亡14人，是发病率最高的一年。1977年始用麻疹活菌苗作预防注射，之后麻疹发病率趋于下降。1984年，接种麻疹疫苗3835人，县内发病319人，均及时治愈。
脊髓灰质炎1951年至1954年共发现脊髓灰质炎病人3人，死亡3人。此后，时有少数病例出现。1967年应用减毒脊髓灰质炎活疫苗、（小儿麻痹糖丸）Ⅰ、Ⅱ型，1972年加用Ⅳ型，之后脊髓灰质炎发病率逐年下降。1984年预防接种脊髓灰质炎疫苗4841人份。本县自1974年以来未见此病发生。
伤寒、副伤寒建国前，伤寒、副伤寒病症无特殊预防办法，患者只能“听天由命”。民国23年（1934），县内患伤寒、斑疹伤寒病人54人，死亡9人。1951年至1956年，全县共发病15人，经治疗未发生死亡。1952年，县卫生防疫部门开始接种伤寒、副伤寒甲、乙三联病菌苗，以后年年接种预防，取得明显效果。1957年后发病率渐降，近年来未见发生。
流行性乙型脑炎（简称“乙脑”）民国29年（1940）至30年，本县发病29人。1955年发生1例。1957年，乙脑疫苗使用后，县内发病极少。1982年和1984年，全县共接种乙脑疫苗12149人份。1980年至1985年，县内共发病5例，患者经及时治疗后均痊愈。
病毒性肝炎此病尚无特别预防药品。旧时，民间多采用土方土法治疗，死亡率较高。建国后，随着卫生知识的普及和医疗水平的提高，死亡者甚少。1978年至1985年共发病612例，由于治疗及时，无有死亡。
白喉建国初，县内即开始接种白喉类毒素，之后亦采用百、白、破制剂进行接种。1952年至1956年。全县共发病8例，死亡1人。1971年8月至10月，莘田公社先后发现患者24例，死亡4人。这次白喉流行的原因是，公社内1917名6个月至12岁儿童因当时疫苗不足，接种的只1190人，占62%，加上莘田公社与当时白喉疫情最严重的流行区东至县毗连，民间往来多，疾病传染快。疫情发生后，县卫生防疫部门及时配制中草药（即千里光、野菊花、金银藤、鹅不食草、土牛膝等）给当地居民服药预防，同时对病人进行中西医结合治疗，迅速控制了疫情。1975年8月至9月，六都公社发生7例，死亡1人。是年，在莘田、广阳两地，对3个月至10岁儿童进行锡克氏测定。之后，又加强了预防接种工作，使白喉病在县内未再发生流行。1982年和1984年分别接种白喉类毒素4807和3913人份。
流行性脑脊髓膜炎（简称“流脑”）旧时此病多用土法治疗。民国23年（1934），县内发病35例，死亡3人。1951年至1954年，县内发病7人，死亡3人。1966年，县内曾有流脑发生。1974年，始用活菌苗作预防注射。此后，“流脑”患者仍时有发现。1977年，“流脑”患者88人，死亡6人，其中15岁以下儿童发病占总发病数的94.2%。1978年，“流脑”发病130例，死亡8人。1979年，“流脑”发病101例，县防疫部门在交通要道设立防疫点开展预防工作。患者因得到及时治疗，未发生死亡。1980年至1984年在流行期加强了预防工作，5年中仅发病21例，均已治愈。
霍乱民国23年（1934）县内发病24例，死亡2人。建国后，未见病例。1952年始，预防接种霍乱伤寒混合疫苗17739人份、以后年年接种。
1979年4月，县卫生防疫部门培训防疫医生17人，乡村医生39人，同时在县医院及各中心卫生院开设肠道门诊。1981年县成立防治霍乱病领导小组。1982年始，进一步贯彻预防为主的方针，有效地防治了霍乱病的传入。
菌痢民国23年（1934），县内发生赤痢病人28人，死亡6人，死亡率为21.4%。
1950年至1956年，县内共发病1368例，死亡3人。1956年，县内曾接种痢疾噬菌体（口服）681人份。1975年发病1995例；1980年至1982年发病7746例，患者均得到及时治疗，未发生死亡。
百日咳自1950年始，年年接种百日咳菌苗。之后，也采用百、白、破联合制剂进行接种，县内一直未发生大流行。1984年，全县接种百白破制剂1983人份。是年，县内发病1425人，经中西医结合治疗均痊愈。
流行性出血热1976年至1985年，县内共发病8例，死亡3例。其中，1985年发病2例，发病率有上升趋势。
狂犬病建国前，县内时有狂犬病发生。建国后，此病多年未发生。1982年7月5日，矶滩公社和城关镇先后有15人被1只雄性疯狼咬伤。7月8日，七里公社三增大队又有2人被1只雌性疯狼咬伤。8月12日，小河、丁香、七里等公社有8人分别被5条狂犬咬伤，时全县被疯狼、狂犬咬伤25人，咬伤家畜39头。疯狼和狂犬被群众当场消灭。病情发生后，县党政部门采取紧急措施，发布了《关于防治狂犬病流行的通告》、《关于灭狗预防狂大病的通告》和《关于防止狂狼狂犬咬伤的猪进入市场的几点措施》；县成立“防病灭狗指挥部”，组织群众灭狗5892条，占全县总犬数的98.8%。县医疗部门对被咬伤人员进行了及时治疗，其中6人因医疗无效死亡。
其他传染病猩红热：1953年至1956年，县内共发生5例，无死亡，此后未见发病，流行性感冒，年年都有发病，但发病率呈下降趋势，未发生死亡；斑疹伤寒、布鲁氏杆菌病、炭疽病、砂眼等传染病，自建国以来至1985年很少发生；钩端螺旋体病：1972年丁香公社库山大队发病9例，因及时抢救，未发生死亡。1983年至1985年，又发现患者3人，均及时治愈。