（一）饮片加工
明清时期，亳州药业繁荣，前店后坊式的药店毗连不断。中药材的破碎、炮制亦随之兴盛。在城内花子街集中了200多户个体切片户，或代人加工，或自切自售。农村亦有自发组成的“花班子”，受雇于人，从事季节性的白芍刮皮。炮制业有以南京为代表的“南派”，以开封为代表的“北派”和“当地派”。共有炮制技工150人，炮制方法大同小异。以修制、水制、火制中药饮片为主，质量均属上乘。不少炮制方法被收入《安徽省中药炮制规范》。民国时期，又涌现出张俊才、张凤鸣、陈琢斋、陈子英、周纯一、支好朋、许登云、翟杰三、窦永安等一批炮制高手。建国前夕，药业萧条，药材加工处于歇业状态。建国初期，药材加工以个体手工切药为主。县药材公司成立后，建立了中草药加工组，备有切碎机、切选机。主要加工当归、荆芥、大黄、远志、半夏等，常年加工量10～12万公斤。60年代，常年加工量为13万斤。1965年10月，阜阳地区以亳州31名老药工为师资基础，在亳州开办了“半工半读中药班”，学制三年，重点传授中药加工技术。70年代，县药材公司加工组又增置了2部切药机，加工黄柏、木通、紫石、麻黄、乌贼等120个品种，年加工量180～220万斤，个体切药者渐绝。80年代初药材市场开放后，个体加工户竞相开业。药材加工组的常年加工量达到200～250万斤，个体加工量达400～500万斤。至1986年，仅市区加工户就达2931家，乡间自产自加工户多达3万多家，其中近百家采用机械化生产，集切片、炮制于一体。环城西路130个加工户中，有半数以上资金达6万元以上。
（二）中成药生产
亳州中成药生产历史悠久。早在东汉末期，华佗就利用当地产药材首创“麻沸散”。数千年来，当地制药业不断发展，逐渐创制出疗效显著的黑虎丹、接骨膏、红黑膏药、黑眼药、清宁丸等。明末清初，亳州成为大规模中药集散地，外地药商争相来亳开店设坊，也带来了不少名药验方，更促进了亳州制药业的发展。民国时期，成药生产仍以丸、膏等原生药为主。建国后，中药生产由原生药逐渐发展到中成药，生产也逐步实现了机械化。丸剂制作由丸药机代替手工捻丸，片剂则采用“33冲”压片机，并有了糖衣、胶囊生产工艺。1958年，县设公私合营制药厂，生产人参再造丸、六味地黄丸、十滴水、大活络丸、小活络丸、光明眼药水等87个品种。1960年，又研制出治浮肿药酒、康复饼等。1981年，县阿胶厂采用传统工艺，恢复生产出传统产品阿胶，年产量400公斤；1983年，又创制出阿胶养血膏、当归养血膏、人参阿胶膏等7个产品。此后，对白芍进行了综合研究开发，成功提取出白芍精、白芍贰，广泛用于各种食品添加剂；并生产出白芍药物烟，拓展了白芍市场。1986年，全市共有医药工业企业6家，年产中成药213吨，创产值325万元。