1949年前，人们对病虫害不注意防治，存在着“种在人，收在天”的“靠天吃饭”思想，作物在一般年份减产3—4成，特殊年份减产7—8成。
危害小麦的有麦锈病(俗名“黄疸病”、“黑疸病”。有“叶锈”、“条锈”、“杆锈”三种)、散黑穗病、赤霉病、白粉病、粘虫、麦蜘蛛、吸浆虫等；危害大豆的有豆天蛾、大豆食心虫、大豆蚜虫、豆荚螟、豆杆蝇、大豆造桥虫、大豆根线虫等；危害薯类的有甘薯黑斑病、甘薯根腐病、甘薯天蛾、斜纹夜蛾等；危害水稻的有稻卷叶螟、稻包心虫、稻飞虱、三化螟等；危害棉花的有棉蚜、棉铃虫、棉红铃虫、棉叶螨(亦称红蜘蛛)、棉花造桥虫、斜纹夜蛾、棉花立枯病、炭疽病等。另外，还有一些杂食性害虫，如地老虎、蛴螬、金针虫、蝼蛄、大青叶蝉、蟋蟀、红麻造桥虫、蜗牛、高粱条螟、蝗虫等。
阜阳解放之后，区、乡(人民公社)均配备了植保干部，加强了农作物病虫害的预测、预报工作。并根据“防重于治，人工防治为主，药物防治为辅”的植物保护工作方针，要求做到“治早”、“治小”、“治了”。1970年后，农药及药械日渐普及，对农业病虫害进行了“综合防治”。
(一)农作物防治
1.选用抗虫、抗病良种。如选用“南大2419”抗小麦吸浆虫，选用“马场2号”抗条锈病，选用“白花糙”抗毒素病，选用“徐州18”抗烂根病。
2.改变农业生态环境，根除蝗虫及地老虎。3.实行水旱轮作，消灭食心虫及地下害虫。
4.改革耕作制度，进行棉麦套种，以瓢虫防蚜虫。
5.合理施肥，提高作物抗病能力。
(二)人工防治
1.捕杀，1949年至1985年，先后发动120万群众捕杀害虫。2.诱杀，1953年蟋蟀为患，发动群众在地头上挖坑堆草，诱而焚之。
3.围歼，1970年，摆杨柳阵围歼棉铃虫，用砂袋捕蛾，用棍棒掘卵。
(三)药剂防治
1953年用“666粉”杀虫。1957年，使用“1605”、“1059”有机磷防治红蜘蛛、红棉铃虫，使用“西力生”、“赛力散”、“波尔多液”、“敌粉钠”、“多菌灵”、“甲基托布津”、“抗枯宁”、“退菌特”、“福美双”、“双效灵”、“石硫合剂”等杀菌药品防治病害。1970年使用“达净松”，防治红蜘蛛。1974年，使用“敌敌畏”、“敌百虫”，防治大豆食心虫。1982年，使用“敌杀死”、“杀灭菊酯”、“氯氰菊酯”防治蚜虫、豆天蛾、大豆蚜虫、大豆食心虫等。
农业药械也不断在变化更新。1953年后多用单管喷雾器和18型机动喷粉机；1960年后，用52丙型压缩喷雾器；1970年后，用16型背包式喷雾器和手持超低容量喷雾器。
(四)生物防治
1971年提倡保护害虫天敌——草间黑蛛、食虫瘤胸蛛、隆背微蛛、体纹豹蛛、四点亮腹蛛、黄褐新园蛛、三突花蛛、黑带食蚜蝇、粘虫黑须寄蝇、玉米螟寄蝇、夜蛾土蓝寄蝇、塔天点蓟马、大草蛉、丽草蛉、华姬猎蝽、小花蝽、红铃虫甲腹茧蜂、紫胶白虫茧蜂、三叉蚜茧蜂、棉铃虫齿唇茧蜂以及各种蛙类、鸟类。但由于滥用农药，许多害虫天敌受到伤害。
(五)物理机械防治
1955年，推广小麦线虫瘿汰除器，用泥水选种、盐水选种、硫铵水选种以除线虫；用日光晒种、温水浸种、药剂拌种以防棉花立枯病、炭疽病；用石灰水(石灰为1%)浸种以治小麦黑穗病。以上防治用钱少，效率高，得到了普及。
1957年后，根据农业部《国内植物检疫试行办法》，对豌豆象、红芋黑斑病、小麦腥黑穗病、小麦线虫病、棉花枯萎病、棉花黄萎病等进行了检疫。
豌豆象又称豌豆龟，日本侵略中国时传来，为害最严重的1957年，全县受害面积为80%，豌豆损失达37%，出粉率减50%。1958年推行了大规模氯化苦薰蒸，杀虫率为98%，后推广磷化银薰蒸(每立方米豌豆放磷化银3—4片)，既出效果，又安全。小麦腥黑穗一直是农业上的一大公害，1975年，全县4个公社的4个生产大队的298.3亩小麦发生了腥黑穗病，1976年，全县9个公社33个生产大队的8998亩小麦发生了腥黑穗病，病穗率在70%以上的222亩。为防止蔓延，除发动群众将病麦就地焚烧外，进行了换种和用福美双拌种。经过物理机械防治，基本上消灭了腥黑穗病。对棉花枯萎、黄萎的检疫办法，多是用硫酸脱绒后，加多菌灵拌种，收效极好。
另外，对危害农作物的老鼠、杂草亦进行了治理。老鼠在1958年已被列入“四害”，开展了大规模的灭鼠活动，鼠害大大减轻。1970年后，因大量施用农药，误杀猫、蛇、猫头鹰、黄鼠狼等鼠类天敌，老鼠又猖獗起来。1980年，推广了敌鼠钠盐、灭鼠灵等杀鼠药剂，即捕杀了老鼠，又保护了天敌。在治理杂草方面，开始时为人工治理，1980年后，先后使用氟乐灵接索、除草醚、苯达松等化学药剂，以灭除狗属草、酸浆、铁苋、小蓟、牛筋草、地锦、马塘、香附子、千金子、旱稗、野鸡冠、野苋、苍耳、小飞逢、灰菜、茼麻、野西瓜、卷茎蓼、红蓼、马齿苋、萝蘑、小旋花、龙葵等杂草，效果良好。