1951年7月，分署结合清案工作，首先检查了凤台、阜南、临泉、颍上4县的监所。之后，每年都对全区监所进行不定期的检查。检查发现公安、法院转解犯人数字不清，转交手续不当，羁押犯人证据不足；或不以法律手续捕人，个别干部办案粗糙，对个别案犯量刑不当；或久押不问，久押不决，案件积压；有的监所看守不严，警惕性不高，犯人逃跑；有的经济制度混乱，随意拉用、拖欠劳改资金和犯人生活费；有的管教人员违法乱纪，甚至个别看守人员奸污、调戏女犯人。上述问题，一经发现，则及时上报，并建议有关部门及时处理，对构成犯罪的，则依法追究刑事责任。
1954年《宪法》公布以后，监所检察逐步完善了各种检查、监督制度。1957年起各县检察院对看守所每月检查1次，对劳改队每季检查1次。通过定期监所检察，使看守所、劳动改造单位完善各种规章制度，认真贯彻党对罪犯的劳动改造政策，依法打击“两劳”人员的重新犯罪活动，促进了人犯的改造，显示了我国社会主义司法制度的优越性。1957年，阜阳劳改窑厂和鞋厂，规定了对犯人每星期上2次政治课、3次文化课、开1次娱乐会、每晚学习2小时的制度。执行这些制度，使绝大多数犯人能接受改造，安心服刑。有的犯人原是文盲，通过学习文化能够给家人写信；有的犯人表现突出，在狱中立功。刘玉成等4名犯人到界首买菜，途中遇到一只船将要沉没，4人奋力抢救，救出船上3人和400多公斤食盐，使船只幸免于难。
1964年，分院对监所检察提出具体要求：一是正确运用说理斗争的方法，依法制服罪犯，使其认罪服法，接受改造；二是认真做好劳改检察中的侦查、起诉、出庭公诉工作，坚决打击“三类分子”的重新犯罪活动，以法律为武器，打击不服改造的犯罪分子；三是对“三类分子”及其家属的申诉，及时深入群众，认真复查，弄清事实后，按照法律和政策妥善处理；四是定期或不定期的认真检查监所劳改中执行法律、政策的情况，其中包括打击重新犯罪中执行法律、政策的情况，少数干警违法乱纪、思想麻痹、警戒不严等现象，以及非法拘留、久押不决、伙食管理和卫生状况等方面的问题；五是劳改检察要有制度，有专人负责。
1978年检察机关重建后，紧密结合《刑法》、《刑事诉讼法》的实施，以整顿社会治安为中心，逐步开展监所检察业务。1979年5月上旬，分院会同地区公安处抽5名干部组成检查组，由检察长李保金、副处长李思安带队，对阜南、太和、亳县、涡阳4县监所进行检查。检查发现，有体罚犯人、久押不决、羁押人犯超过法定时限、管理制度不严、管教不力、管教人员思想麻痹、私自使用犯人干活等现象。检查后，分别向有关县委分管政法的负责人、公安局提出改进意见：(1)加强看守人员的思想教育，增强社会主义法制观念，对犯人既要大胆管教，也要注意政策、法律，杜绝违法行为；(2)认真执行看守制度，严格收押、提审、押解、检查、通信、接见、放风、财务、警戒、值班、生活卫生、催办等制度；(3)加强对犯人政策、时事、守法、前途出路的教育，促使犯人认罪守法；(4)密切注意犯人的活动，及时掌握犯人的思想动态，做到防患于未然；(5)确保监所安全，杜绝逃跑、自杀、行凶、暴动和非正常死亡等事故，决不使用犯人为私人或机关干活；(6)严格管理犯人经费，做到专款专用，严禁克扣、侵占、挪用、贪污囚粮和物资；(7)建立监所检查制度，定期或不定期的进行检查。并将检查情况通报全区，有效地推动全区监所检察工作，及时纠正了监所管理的混乱现象。
1980年，各县、市检察院都确定专人负责监所检察工作，亳县、太和、阜南县选派了驻所检察员。5月5日，分院派驻省一监检察组，及时开展检察工作。1985年5月，驻一监检察组改由阜阳市人民检察院派出。1982年9月，分院监所检察科配合驻监检察组对省第一监狱进行检查，发现一监大多数犯人思想稳定，改造秩序良好，生产取得明显成绩；管教人员能够认真贯彻管理从严的原则，及时打击反改造的恶风；能根据青少年犯罪多、刑事罪犯多、劳动人民出身罪犯多的特点，开展文化教育，提高犯人改造的信心。检查发现尚存在不按规定关押期限关押、被关禁闭的犯人不能及时提讯教育等现象。
在严厉打击严重刑事犯罪的斗争中，监管劳改场所普遍出现在押人犯急骤增多、重刑犯多、惯犯累犯多、团伙集团多的状况。有的犯罪分子恶习不改，在号内称王称霸，肆意欺压殴打他人，抢吃抢喝；有的窥探时机准备越狱逃跑；有的悲观绝望，企图自杀。为防止各种事故发生，各县、市检察院十分注重安全检查。1983年国庆期间，全区检察机关对监管改造场所普遍进行2次大检查。经检查发现重大隐患事故近10起，均被及时有效地制止。监所检察人员对在押犯及时宣传党的方针、政策，进行法制、前途教育，开展“坦白交待，立功赎罪”的政治攻势，深挖漏罪、漏犯，仅阜阳、蒙城、界首3县在押人犯就检举揭发犯罪线索335条。阜阳县按照在押犯提供的线索，查证了大量的犯罪事实，把60多名犯罪分子逮捕归案。
分院和各县、市检察机关在监所检察中，始终注意从重、从快依法严惩重新犯罪分子和及时纠正、打击少数管教人员违法乱纪行为。1985年，全区共审理劳改犯又重新犯罪案件33件、34人。6月22日，分院监所检察科获悉一监棉织车间犯人刘钦贵故意伤害一案，立即提审犯人，复核证据，仅用6天时间就起诉到地区中级人民法院，6月30日开庭审理，依法判处刘犯死刑。临泉县看守所原管教干部韦继高，利用职权，多次奸污、强奸女犯人，临泉县检察院会同公安局，严格依法办案，仅用半个月时间就查明案情，韦犯被依法判处死刑，维护了女犯人的合法权益。