建国初期，由于长期战争环境的影响，少数干部存在着军阀主义、命令主义的残余和武断专行的作风。又因为干部来源比较复杂，且缺乏教育和学习，少数工作人员利用职权，为非作歹，随意吊打、关押、侮辱群众；干涉、破坏他人婚姻；伪造材料、陷害他人等。1952年11月23日，临泉县滑集区高集乡合作社丢款800万元(旧币)，怀疑为农民徐小东所为，于是将徐非法关押，使用13种刑罚逼供，造成极坏影响。案发后，分署会同专署监察处与临泉县有关部门严肃查处了“高集事件”，肇事者受到应有惩罚。1953年3月《阜阳报》报道了“高集事件”及处理情况，使干部和群众受到一次深刻教育。仅1953年1至10月份，分署受理各种违法乱纪案件200件，其中重大案件33件，都一一作了查处，依法保护了公民的人身自由和民主权利，维护了党和国家声誉。
1978年检察机关重建后，分院和各县、市检察院相继设立法纪检察科，逐步开始法纪检察工作。在严厉打击严重刑事犯罪的斗争中，检察机关积极主动地查处了一批徇私枉法、诬告陷害、刑讯逼供、非法拘禁、私放罪犯等重大违法犯罪案件，打击了犯罪，教育了群众，维护了法律的尊严，保障了公民的人身权利和民主权利，对“严打”斗争的健康发展，促进社会秩序的安定团结和党风、社会风气的好转，发挥了积极的作用。
法纪检察，会经常遇到阻碍严格执法的“关系网”和袒护罪犯的“保护层”，他们或以权压法，给检察机关或办案人员施加压力；或以情代法，徇私舞弊，使办案人员不能正确履行法律职责；或以金钱、物质引诱，干扰执法；或以身抗法，采取拉拉扯扯，出具伪证，对抗办案。地区分院和县、市检察院坚持党性原则与法制原则，不畏权势，执法如山，对任何组织和个人超越《宪法》和法律的要求，均予以坚决抵制，在各级党委和人民群众的支持下，坚决打击非法侵犯公民民主权利的违法犯罪行为。太和县人民检察院办理宫春廷(副区长、派出所长、县人大代表)徇私枉法、强奸妇女案，宫依仗权势，设置障碍，甚至对办案人员施加压力。县检察院领导亲自抓，县委领导亲自过问，并得到群众积极支持，很快排除干扰，查清宫犯的犯罪事实，使宫受到法律的应有制裁。阜南县法纪科科长王启德办理冯新华诬告案时，冯立明利用与王启德的亲戚关系，找人说情送礼，均被王启德拒绝，终于冲破人情网查清冯立明的男女关系、贪污、放高利贷等问题，证实冯新华并非诬告。据此，中共阜南县委开除冯立明的党籍，撤销其大队书记职务，罢免其县人大代表资格。阜阳市公证处、阜阳市公安局非法拘禁袁寨信托贸易货栈负责人，没收其财物，造成严重的经济损失一案，分院法纪科接到控告后，认为这是在经济体制改革中出现的问题，能否严肃正确地处理好此案，关系到党的经济政策能否在阜阳地区贯彻落实的大问题。在中共阜阳地委领导的直接指导下，分院牵头组成调查组，很快查明案情。地委责成阜阳市公证处和公安局总结经验教训，赔偿损失，并对有关人员作了党纪、政纪处理。分院法纪检察科敢于维护法律尊严的精神，受到地委的通报表扬。分院检察科对县、市检察院受理的疑难案件，采取直接查办或协助查办的办法，达到准确办案，不枉不纵。1979至1985年，全区共受理法纪检察案453件，其中立案194件，经过检察查处105件，依法起诉60件、72人，依法判处徒刑16人。