一、植物
蚌埠地处暖温带落叶阔叶林带及热带落叶阔叶与常绿阔叶混交林带过渡的地带，主要植被属暖温带落叶阔叶林，也称为夏绿林。因历史的变迁，原始植被已消失殆尽，但典型的南北方树种在境内多有分布。蚌埠植被除耕耘的农作物外，在市郊张公山、燕山、曹山、老山、芦山、黄山、锥子山等山场有近20年内营造的人工林，属幼龄林区，也伴有少量的老龄人工林木。人工林单一，纯林多，混交林少，一般为黑松、马尾松与刺槐、麻栎的混交。在沿淮滩河堤岸边，营造有防护林带；村庄周围多林木茂密。市区道路两旁以杨树、梧桐、雪松、中槐为主；市郊公路边已普遍绿化，除杨树外，还有柳树、泡桐、刺槐等树种。郊区园艺场及林果专业村种有苹果、梨、葡萄和石榴等经济林木。
1983年9月29日，市第九届人民代表大会常务委员会第一次全体会议决定，雪松和中槐为市树，月季花为市花。
蚌埠郊区湖塘沟洼还生长一些水生植物，主要有芦苇、浮萍、水浮莲、水葫芦、田菁、荸荠、菱、芡和慈姑等。在荒丘田埂上则常为次生草被所覆盖，主要草丛有白茅、狗尾草、巴根藤、飘拂草、刺刺芽（小蓟）、夏枯草、艾蒿、半夏、拉拉藤及鹅观草等。在耕作旱田里常生长香附子、狗牙根、猪殃殃、碎米荠、马唐和野燕麦等，在耕作水田里常生长牛毛毡、莎草、鸭舌草、荆三棱和稗草等。
(一)林木
蚌埠常见乔木有140余种，包括：雪松、黑松、马尾松、火炬松(台大松)、獐子松、金钱松(金叶松、金松)、赤松(日本赤松)、湿地松、杜松、罗汉松，柳杉、水杉、池杉、落羽杉、南洋杉，侧柏(柏树、扁柏)、铅笔柏、圆柏(桧柏)、龙柏、日本扁柏、日本花柏、绒柏、塔柏、柱柏、垂柏、圆球柏(玉柏)、偃柏、米针柏、鹿角柏、翠柏、香柏、刺柏(台柏)、竹柏，广玉兰(荷花玉兰、洋玉兰)、白玉兰、紫玉兰(辛夷)，鹅掌楸(马褂木)，香樟(樟树)，枇杷，石楠，狗骨冬青、冬青(小苦酊)、珊瑚树（法国冬青)、桂花(木犀)、木瓜，山楂，垂丝海棠、西府海棠，苹果，海棠花、棠梨(杜梨)、沙梨、西洋梨，枣树，杏树、银杏，李树，梅，桃、薄壳山桃、樱桃，樱花（山樱桃）、日本樱花，腊梅，紫荆(乌桑)，皂荚，合欢（绒花树），中槐、山槐（山合欢、山麻秸）、刺槐、龙爪槐，黄檀，八角枫，刺楸，枫香，悬铃木（法梧），响叶杨、银白杨、加拿大白杨(大叶杨)、大官杨、钻天杨、小叶杨(南京白杨)、毛白杨、枫杨，垂柳、河柳、旱柳、簸箕柳、雪柳、龙爪柳，锥栗(珍珠栗)，栓皮栎、小叶栎、麻栎，黑弹朴(小叶朴)、珊瑚朴(黄果朴)，白树，桑树、柘树(柘刺、柘桑)，无花果，杜仲，梧桐(青桐、芦皮)，木槿、重阳木，乌桕(木籽树)，重瓣石榴、白石榴、千瓣白石榴，柿树，苦楝(楝树)、川楝，榆树，香椿、臭椿，无患子，黄连木、盐肤木，三角枫，苦茶槭、羽叶槭（复叶槭），鸡爪树，红枫，七叶树（梭椤树），白蜡树（蜡条）、大叶白蜡树（花曲条）、美国白蜡（宾州白蜡），紫丁香、白丁香，楸树，梓树，厚壳树，紫薇（百日红、痒痒树），白华泡桐（大果泡桐），芭蕉，棕榈（棕树）。
蚌埠常见灌木有70多种，包括：
麻叶绣线菊、李叶绣线菊、珍珠绣线菊，华北珍珠梅、榆叶梅，皱皮木瓜，火棘，棣堂，洋蔷薇、白花蔷薇（野蔷薇)，月季，玫瑰，毛樱桃，紫穗槐，锦鸡儿，象牙红（龙芳花），圆叶胡枝、毛叶胡枝（山豆花）、细梗胡枝，截叶铁扫帚，欧洲山梅花（西洋山梅花）、绣球花（八仙花），芫花，糯米条，海桐，柽柳，木芙蓉（芙蓉花）、一叶秋艹、红山茶（山茶花），映山红，金丝桃（金丝海棠），瓜子黄杨，胡颓子、佘山胡颓子（佘山木半夏）、算盘子（野南瓜），冻绿，圆叶鼠李（山绿柴），酸枣，紫金牛（平地木），代代花，枸桔，竹叶椒、野花椒，连桂、月桂，金钟花、迎春花、茉莉花，女贞、小叶女贞，夹竹桃、白花夹竹桃，罗布麻，杠柳（羊奶条），黄栀子，牡丹、臭牡丹，黄荆（五指风）、牡荆、南天竹，枸杞（狗奶子），龙舌兰，凤尾兰、丝兰，日本五针松，千头柏、匐地柏。
蚌埠常见藤本有10多种，包括：
木香花，葛藤、紫藤、常春藤、扶芳藤、梅藤、千金藤，忍冬（金银花），爬行卫矛，葡萄，爬山虎，乌蔹莓，络石，凌霄花，美国凌霄，木防已。（二）中草药植物
蚌埠中草药有600多种，常见主要有：
红曲米、马勃、卷柏、节节草、海金沙、金毛狗脊、石夷、银杏、侧柏叶、西河柳、冬桑叶、白桑皮、火麻仁、马兜铃、扁蓄、何首乌、地肤子、青葙子、鸡冠花、马齿苋、瞿麦、王不留行、藕节、芡实、威灵仙、白芍、丹皮、白头翁、天竺子、辛夷、罂粟壳、玄胡、芸台子、板兰根、大青叶、败酱草、垂盆白草、杏仁、乌梅、桃仁、沙梨、月季花、玫瑰花、地榆、合欢花、草决明、望江南、刀豆子、白扁豆、皂角、大豆卷、料豆、红小豆、葛根、槐米、山豆根、胡芦巴、老鹳草、佛手、枸杞、白蒺藜、苦楝皮、泽漆、大麻子、冬青子、凤仙花、大红枣、枣仁、白蔹、刘寄奴、冬葵、木芙蓉、紫花地丁、芫花、石榴皮、柴胡、明党参、芫荽、鹤虱、小茴香、女贞子、龙胆草、络石藤、菟丝子、二丑、筋骨草、金钱草、益母草、薄荷、丹参、半枝蓬、紫苏、夏枯草、辣椒、茄子根、生地、车前草、栀子、茜草、金银花、忍冬藤、冬瓜皮、冬瓜子、葫芦、丝瓜络、瓜蒌、天花粉、南沙参、半边莲、苦桔梗、牛蒡子、青蒿、艾叶、茵陈、红花、大蓟、菊花、野菊花、旱莲草、旋复花、蒲公英、苍耳子、蒲黄、三棱、薏苡仁、大麦芽、谷芽、糯稻根、芦苇根、芦根、高粱米、苞谷须、香附、石菖蒲、天南星、半夏、七叶一枝花、浮萍、百部、大葱、薤白、天冬、吊兰、浙贝母、黄花菜、麦冬、万年青、山药、射干、生姜。
(三)栽培植物
蚌埠常见栽培植物有200多种，主要有：
小麦、大麦、水稻、山芋、黄豆、黑豆、青豆、蚕豆、豌豆、绿豆、豇豆、红小豆、高粱、玉米、油菜、花生、芝麻、蓖麻、烟叶、薄荷、棉花、红麻、黄麻、苘麻、柽麻、大白菜、甘蓝、青菜、乌菜、菠菜、芹菜、疙瘩菜、辣椒、芫荽、莲藕、萝卜、胡萝卜、黄瓜、蕃茄、白米苋、红米苋、红柳苋、丝瓜、瓠瓜、茄子、梅豆、豆角、大葱、蒜、韭菜、毛芋、山药、西瓜、甜瓜、冬瓜、菜瓜、南瓜、笋瓜、茭瓜、看瓜、菊花心、黄花菜、花菜、油白菜、腊菜、苤腊（苤蓝）、刀豆、生姜、洋姜、小茄香、蘑菇、木耳、茭白、慈姑、韭黄、蕹菜、扁豆、茼蒿、芦笋、荸荠、菊花脑、苞菜、洋葱、马铃薯。
(四)古树
1982年，蚌埠市有3株树被列为重点保护的古树名木：
东郊锥子山西南半坡上一株银杏古树，植于唐代，树龄在千年以上。树高有20米，冠径20.25米，胸径2.16米。树干两米高以下呈空心状。树干从根茎始分三裂，相传是清代遭兵火，烧炸成三叉。该树进入80年代长势不好，有部分树枝枯萎。南郊秦集乡秦集街西一株黄连古木，树龄在250年以上。树高14米，冠径19.15米，胸径0.97米，根茎周长9.6米。树冠呈圆形，树型较美，但该树已枯萎。
位于第四中学内一株黄连古木，树龄约120年，树高14米，冠径13.15米，胸径0.89米，树干3.5米高处分出5个叉头。该树部分已枯萎。
二、动物、昆虫
从近几十年出土的生物化石分析，早在二三十万年前（更新世晚期），蚌埠地域森林密布，沼泽连片，水草繁盛，生长过淮河菱齿象、斑鹿、披毛犀、固镇水牛（三角牛）等古生物。十万年以前，大量丽蚌曾寄居在这片水沼中，繁衍旺盛。
随着沧桑变迁，尤其是人类对大自然的开发，蚌埠野生动物种类逐渐减少。至城市兴建后，体型较大的野生动物濒于绝迹。40年代，南郊荒岭尚时有群狼出没，至70年代已不见狼的踪影，只偶或可见零星出没的野兔、黄鼬、剌猬及獾类小动物。进入80年代，陆上野生哺乳动物除田鼠、蝙蝠常见外，其它大部分为节肢动物、水生动物和两栖类动物。西南郊天河湖因少受污染，且水草茂盛，常有些大雁、野鸭栖息。
建国后，市郊养殖业发展，许多农场、乡村饲养有家禽、家畜，放养有鱼虾。市区居民中不少人家养猫、养鸟、养金鱼，并形成鱼鸟市场。城区，老鼠、蟑螂、白蚁和蚊蝇等有害动物存在。
饲养的动物及鱼类主要有：马、黄牛、山羊、驴、骡、猪、水牛、兔、狗、猫、奶牛、绵羊、鸡、鸭、鹅、鸽、鹌鹑、画眉、百灵鸟、鹦鹉、鲢鱼、鳙鱼、草鱼、青鱼、甲鱼、黄鳝、鲤鱼、团头鲂、罗非鱼、大阪鲫、金鱼、珍珠蚌、虾；饲养的昆虫主要有蚕、蜜蜂等。
野生的动物、昆虫主要有：野兔、野鸡、獾、刺猬、黄鼬、豹猫、夜鹰、蝙蝠、鼠、蛇、蟮、青蛙、蟾蜍、蜥蜴、壁虎、大雁、小燕、喜鹊、乌鸦、麻雀、野鸭、斑鸠、鹭、布谷鸟、啄木鸟、鸬鹚、鹌鹑、龟、鳖、蟹、黑鱼、泥鳅、田螺、蚌、蜗牛、沙蚕、蚯蚓、水蛇、蚂蟥、稻田虾、水蚤、水螽、蜈蚣、飞蝗、蚂蚱、蜻蜓、白蚁、螳螂、蟑螂、蚂蜂、足节虫、纺织娘、油葫芦、金钟儿、蝼蛄、蝉、蚜虫、蚁、蝶、寄生蜂、蝇、蚊、蛉、蛾、螟、蚤、斑蝥、臭虫、虱子、叩头虫、萤火虫、瓢虫、天牛、蜘蛛、蝎、蟋蟀、蝈蝈、土鳖虫、粘虫、松毛虫、棉铃虫、稻螟虫、稻包虫、小麦吸浆虫、麦蜘蛛、金针虫、玉米螟、菜青虫、大豆食心虫、甘薯天蛾、地老虎、蛴螬、虻、尺蠖、屎克螂等。