一、地表水
蚌埠地表水以淮河为主，另北部有北淝河，西南有天河，西有八里沟，东有龙子河、鲍家沟等小水系。小水系除北淝河外，均为河湖结合类型，河短，水流量小，干旱年份常见断流。
淮河发源于河南省桐柏山，全长1000多公里。淮河在市境内北岸长16.8公里，南岸长28公里，河床宽度600～800米，年平均径流量为263亿立方米。有历史记载的最大年径流量718.8亿立方米，出现在民国10年(1921年)；最小年径流量26.9亿立方米，出现在1978年。丰、枯年淮河径流量相差27倍。境内淮河年平均流量为每秒852立方米；最大流量为每秒2.6万立方米，出现在1954年8月5日；最小流量为每秒20.6立方米，出现在民国25年11月26日。吴家渡常年淮河水位在12～15米间，最高水位22.18米，于1954年测得；最低水位10.33米，于1966年测得。蚌埠段淮河水面结冰时间不长，一般在12月至翌年2月间有数天结冰现象。河断面封冰情况极少。1954年冬出现河面封冻，冰层厚达17厘米，为百年来所罕见。每年6～9月为淮河汛期，洪水季节一般出现在7～8月。汛期时，水位高，流速大，含沙量多。历史上淮河多次改道。据蚌埠地貌观察分析，在南岸1～3公里，北岸3～5公里，形成宽广的河漫滩地，是淮河在第四纪全新世时期驰骋的走廊。近代，淮河蚌埠段向北迁移显著，郑家渡一带近百年来北移0.8公里。小蚌埠乡西部老齐家渡自1954年被淮洪淹没后，一直为水域；东部长淮乡一带也北移1公里左右。
北淝河即古北淮水，界于涡河及浍河之间，是流经北郊的淮河支流，境内段长约10公里。该河发源于河南省商丘，经亳州、涡阳、蒙城、怀远、蚌埠、固镇等市县，至五河县沫河口入淮，全长225公里，流域面积2866平方公里。北淝河受黄泛影响，水道紊乱。上游河槽几成平地，中下游河道窄浅，渲泄不畅。建国后修筑拦河坝，三截北淝河后，使河水分流涡河、氵解河、淮河。1956年，北淝河下游水位达到过18.2米，当时两岸皆成泽国。1957年整修北淝河圩堤，蚌埠段堤防标高18.7～19.0米。由于北淝河下游低洼，每至汛期，为防淮水倒灌，北淝河的入淮口沫河口闸关闭，使北淝河成为死水河。枯水期流经蚌埠的北淝河水，主要由蚌埠闸上游符怀新河九尹口涵闸引入。
龙子河位于东南郊曹山与雪华山之间，发源于梅花山。该河自南向北经李楼、燕山、淮光、雪华等乡到郑家渡口入淮。河道全长约10公里，水面宽300～500米。正常水位时，水深约2米，水面近6平方公里。《凤阳新书》记载：该河“引上游九龙水汇注而成，故名龙子河”。据民国17年武同举所著《淮系年表·水道》所记：“龙子河下游曾与马村沟合为一水”。《凤阳县志》还记载：“龙子河身低洼，淮水倒灌直至徐家桥”。因龙子河上游山丘岗地水土保持差，加之汛期淮水倒灌侵袭，河水水位多暴涨暴跌。建国前，龙子河流域面积187平方公里，测得最高水位为20.3米。建国后，对龙子河开发治理，筑坝建闸，流域面积减为140平方公里。所测水位，60年代最高为19.7米，70年代最高为18.7米，至1985年，水位未超过18.5米。进入80年代，龙子河成为天然养殖水域，兼为蓄水灌溉的湖洼水库，库容约490万立方米。
天河古称西濠水，位于市西南隅，发源于凤阳山区西部武店东棺材山。天河经凤阳县刘府、蚌埠天河乡、怀远县马城区，在荆、涂峡谷上游1公里处入淮，全长33公里，流域面积357平方公里，年平均径流量9000万立方米。市境内天河长16公里，水面宽600～1000米，其中湖洼段长9公里，形成自然天河湖。水域面积14平方公里，蓄水量2000万立方米。天河原是淮河小支流，可行小船。民国27年黄泛后，下游淤积严重，尤以沈家岗至河口一段最甚，河渠淤塞几与两岸平地同高，致使积水不能泄淮。1959年修建天河闸，控制了淮水倒灌和天河的水位，始成为水产养殖水面。
席家沟位于市西近郊，发源于老鸭湖，穿过长青、燕山、秦集3个乡，经迎河桥、张公山大塘、涂山路桥，顺西圈堤外侧，北过西大桥入淮，全长10.8公里，流域面积49.6平方公里。上游老鸭湖古称化陂湖，位于老虎山西侧燕山乡的低洼处。因四周地势高，坡度陡，湖底平坦，潴水成湖，但湖水常涸。席家沟经过南营房区约1.4公里一段，又称迎河，河宽35米，水流通畅。席家沟出南营房至张公山东侧约2.6公里一段，渐成较宽水面，又被称作张公山大塘，水域面积0.6平方公里。席家沟下游段，因工厂排入污水严重，已成为污水沟。
八里沟位于西郊，因距市区8华里而得名。八里沟又称宋家沟，源于秦集西北三尖塘。原八里沟经秦集、长青两乡，过八里桥后折向东行，在宋家滩东北入淮，全长10.5公里。建蚌埠闸时，沟过八里桥后直接引入闸下游3公里处入淮，沟长减至8.2公里。因八里沟汇水面积小，仅23平方公里，且沟线短，流速快，常雨来沟满，天晴沟涸。1980年后，八里沟下游建溢流滚水坝，下游局部沟段改作第二自来水厂引水渠使用（引蚌埠闸上淮河水）。
鲍家沟位于东郊龙子河东岸，古称七里沟。百年前，据《凤阳县志》载：“石燕湖在凤阳白石山北，黄泥山西，曹山东，相去各三四里，山水汇为湖。湖东北有沟七里至长淮卫，内立空桥，水大从桥下溢入方邱湖，水小则顺大路沟北至卫西李家沟入淮”。今鲍家沟流经雪华、长淮、淮光3个乡后，向东进入凤阳县境内，再经方邱湖至姚河口入淮，全长22公里。鲍家沟与淮河平行，原西段与龙子河通，为其支流，东段与汪小河交汇。市境内鲍家沟段长12公里，汇水面积69平方公里，是长淮卫、郑家渡排灌站的排灌干渠。建国后，鲍家沟几经疏浚，底宽约10米，沟底标高14.0～14.5米。由于附近工厂污水多排入，鲍家沟水质已变坏。
淝淮新河南起淮河，北通北淝河，长5.5公里，宽约40米，又称40米大沟。淝淮新河于1958年至1964年开挖，流经吴郢、小蚌埠两乡，系小蚌埠排灌站配套工程。
长淮新河位于东郊长淮乡境内，南通鲍家沟，北接淮河，全长2.3公里，宽40米。长淮新河于1979年开挖，系长淮卫排灌站配套工程。
东九里塘位于燕山乡燕山东。清道光年间筑有堤坝，因塘坝周长约9华里而得名。塘深不足2米，下有放水沟。因塘坝浅，容量小，数旬不雨即干涸。70年代建电灌站后，塘内蓄水不枯。后被分割成小块，改造成鱼塘。
西九里塘位于秦集乡境内，明代即有此塘，今蓄水量约20万立方米。塘可养鱼，兼有灌溉之益。
新船塘位于淮河南三号码头西侧，民国8年开挖，四年后竣工，面积16万平方米。1951年治理淮河时，清理塘面，挖深塘底，周围加砌挡土墙护岸，成为商船停泊避风港。1954年修蚌埠圈堤，新船塘与淮河联通口被封死，船塘废弃。
二、地下水
蚌埠地下水基本上属入渗蒸发型，周围地形产生的侧面补给量很小，地下水静储量约3.2亿立方米。淮河南岸属贫水区，北岸属富水区。地下水蕴藏类型可分为第四系全新世孔隙水和基岩裂隙水两种。据地质水文分析，年地下水调节储量在1500万～2500万吨之间，日最高可开采量为7万吨。省第一水文地质队曾在淮河北吴小街乡打一口井，日出水量7000吨，连续抽水15天后，地下水受影响半径超过3公里，动储量有限。淮河南岸一些单井出水量，在水位下降5～10米时，日出水1～10吨，个别单井可达15吨，仅可作民用生活水，无工业开采价值。蚌埠沿淮地下水，水质不同程度地受到工业废水和居民生活用水的污染。淮河以北及淮河南部鲍家沟一带地下水污染少，水质较好，但含铁量偏高。小蚌埠乡地下水偶尔发现有砷污染。市境地下水若大量开采，会造成地下水位经常低于淮河水位。此时淮河水体补给地下水，则淮河污染成份将转嫁，致地下水污染。
第四系全新世孔隙水分布在沿淮和淮河北地区基岩以上地层，储水较丰富。其上段为孔隙潜水段，一般水位埋深1～3米，单井出水量每小时30～50吨。夏、秋间连续暴雨后，地下水位短期内可接近地面。中段为弱承压含水段，主要分布在市郊淮河以南湖地，一般水位埋深5～9米，厚度10～25米，单井出水量每小时30～35吨。下段为承压含水段，一般埋深40～100米间，个别处达200米以上，单井出水量每小时20～50吨。
基岩裂隙水分布在市区南部丘岗地带，裂隙纤细，储水条件差，仅席家沟中上游及体育场东南部局部地区，基岩裂隙地下水稍富。一般水位埋深5～7米，单井出水量每小时5～10吨。