1953年，市卫生防疫站卫生组负责劳动卫生和职业病防治。1956年，矿工一院诊断出矿区第一批尘肺患者，此后，尘肺等矿工职业病主要由矿工疗养院和矿工一院进行诊断和治疗。为加强矽肺病监测，1962年市成立矽肺摄片读片小组，并开始收集岩石标本。1963年对全市有毒工厂、车间进行毒测定；举办了预防矽肺病病理标本及图片展。“文化大革命”期间，职业病防治工作基本停止。
1978年11月，市职业病防治所成立，其主要任务是负责除矿务局系统及凤台县以外的全市劳动卫生与放射卫生的职业性健康监护，作业场所有害因素的监督、监测，企事业单位新建、改建、扩建工程项目的工业卫生和放射卫生设施与主体工程“三同时”的监督审查，并实施对职业病患者的治疗等工作。
1980年在全市范围内开展了矽肺病普查工作，普查9413人。1982年组织专业人员对淮南面粉厂等单位进行劳动卫生调查及生产工艺流程、生产环境有毒物质测定，制定了谷物粉尘诊断标准。同年对淮南纺织厂进行噪音危害调查。1983年对全市88家大中型企业的工艺流程、生产过程、尘毒来源和生产环境进行了劳动卫生监测和调查，全市“一厂一卡”建档率达90.6％。1986年4月，市卫生局、劳动局、总工会制定印发了《关于对从事有害作业职工进行健康检查有关问题的通知》。1988年6月，市劳动卫生监督监察站成立，与市职业病防治所合署。随着职业病监督范围的扩大，监测的内容也不断增加，市职业病防治所先后对全市粉尘、噪音、铅、苯、汞、锰、氨气、氮氧化物、氯气、三硝基甲苯、一氧化碳、放射线等作业场所有害因素浓度或强度进行了监测，共取14305点样，59.78％符合国家标准。