1950年市人民政府卫生科成立，建立了疫情报告制度。同年全市共报告甲、乙类传染病11种2231例，发病率为1075.98/10万，死亡16例，死亡率为0.69%。11种传染病中，甲类传染病天花11例，乙类传染病白喉8例、流脑93例、麻疹509例、猩红热1例、伤寒40例、痢疾730例、疟疾666例、斑疹伤寒1例、回归热175例、黑热病91例。1958年逐步加强了对传染病工作的管理。在实际工作中，积极贯彻“预防为主”的卫生工作方针，发动群众，深入开展讲究卫生、消灭疾病的群众性爱国卫生运动，有针对性地进行预防接种，部分严重危害人民健康的传染病逐步得到控制或杜绝。1954年，消灭天花。1959年，回归热、炭疽在全市灭绝，黑热病于1962年绝迹。全年法定传染病年均发病率由50年代的54‰下降到60年代的25‰。1973年，根据中央和省颁发的《传染病管理细则》修订了《淮南市法定传染病暂行管理规定》。1981年，市内首次发现由外地传入的副霍乱病，先后发病68例，中共淮南市委、市人民政府组织医疗防疫人员迅速开展疫点消毒、严密查源和隔离防治，短时间内控制了疫情的扩散。
1983年，消灭白喉。1985年，流行性出血热城市发病率已控制在0.67‰，农村4.63‰。1981～1985年，全市报告发生狂犬病47例，全部死亡。1987年性病死灰复燃，年均发病率0.12‰，其中以淋病、尖锐湿疣为主。1988～1990年，副霍乱在市内无病例出现。1989年，法定传染病年均发病率已由70年代的52.78‰下降到43.92‰，死亡率已由70年代的0.038‰下降到0.028‰。1990年全市无野毒株脊髓灰质炎病例发生，达到基本消灭目标。