一、航道
汉代，县内潜水和皖水就已通航。西汉元封五年(106年)武帝南巡乘龙舟经盛唐湾(今皖河口)法驾谷口(今野寨)“登礼”天柱山；东汉建安十九年(214年)，孙权亲征皖城(今潜山县城)，利用夏日雨后皖河水涨率众乘舟直抵城下，得胜后顺水回军。直至民国初期，县内水路通畅，航运便捷。尤其是潜水清河港、皖水小市港、长河黄泥港，客、货运输十分繁忙。清道光三年(1823年)暴发洪水，皖、潜2水下游失其故道，从此河渐淤，舟渐废。到建国初期，大沙河长途排运中断。70年代以后，原先通航的河道大都受阻，水上运输业日见衰竭。水运工具逐渐淘汰，水运人员锐减，少数人进入长江从事长途货运。随着公路运输业的蓬勃发展，到80年代初期，仅有少量的竹排乘汛期涨水季节搞些短途运输。
县内航道，分属于皖河和菜子湖2个水系。至建国初期，通航的主要航道有8条，长年通航里程计180余公里。到1987年，在汛期仅能通航的里程计130公里。
东河亦名“后河”或皖水，位于县城东部。县内长55.7公里。60年代以前，龙潭河以下通行竹排，杜埠街以下通行木船，小市港以下通行帆船。70年代以后，乌石堰以下仅在汛期通行竹排。
西河亦名“前河”或潜水。位于县城西部。县内长56.7公里。60年代以前，菖蒲潭以下通行竹排，水吼岭以下通行木船，野寨以下通行帆船。70年代以后，水吼岭以下长年仅能通行竹排。
大沙河位于县境北部。县内长52公里。清末以前五金河口以下通行木船。建国初期以后，双河口以下通行竹排。70年代以后排运终止。
长河位于县境西南部。县内长18.5公里。建国初期以前，竹排上行抵达牛镇附近，汛期抵店前，花凉亭水库以下通行帆船。花凉亭水库建成后，黄泥港以下仅通行木船。70年代以后，黄泥港以下仅通行竹排，汛期通行木船。
茅岭河位于县境西部。全长24.2公里。60年代以前，平坦畈以下通行竹排。70年代以后，排运终止。
王家河位于县境南部，全长44.7公里。70年代以前，傅山咀以下通行竹排，王家河以下通行帆船。70年代以后仅能通行木船。
梅河位于县城东部。全长21公里。民国初期以前，县城以下通行帆船。建国初期通行木船。60年代以后，因上游水源(入皖水)截断，船运终止。
鲁坦河位于县境北部。全长32.5公里。建国初期以前，岩陂堰以下通行竹排。60年代以后，排运终止。
与航道相配套，县内历史上建有舟楫港口多处。其中吞吐量较大的有黄泥港、清河港、西河港、梅河港、余井港、小市港等。位于县城西南边陲的黄泥港，是建国初期以前县内规模较大、历史久远的港口。此处昔日白浪滔滔，百舸争流，渔帆点点，一片诗情画意。早在宋朝中期，“河南一条街”与“河北六家店”就已形成对峙。明末清初，已有“商铺两三百家，居民三千有余”。它既是四邻物产的集散地，更是上通太湖、岳西，下达怀宁、安庆的天然良港。
二、渡口
建国初期以前，县内渡口众多。主要分布在潜水、皖水、长河两岸。这些渡口少数设置于宋、元，多数形成于明、清。大都依赖于渡口附近族姓捐献的公田公山收租给养。渡口一般建有渡公会，专管渡口的公房、租金、修造摆渡工具。建国初，除乌石堰渡口公房未收归国家外，全面废除私田私山，渡口设施改由地方政府委托专门机构管理。50年代末，常年性从事营运的渡口始由县航运管理部门统一检丈，定点定位。渡口给养主要来源于过渡者交付的小费，一般是视过渡者人数多少、河面宽窄、河水深浅酌情收取，每人次0.05—0.50元不等。70年代中期以后，摆渡工具统一由县交通局修造监理，摆渡工人由当地乡、村雇用。至1987年末，县内列为专业部门管理的渡口19处，计有木船18艘，摆渡工人近30人。在这些渡口中，历史悠久、客流量较大的有吴塘堰渡、乌石堰渡、袁河渡和陶湾渡4处。建国初期以前均建有亭舍。今客流量日均500—800人次。
1987年县内渡口情况表