区内药材资源丰富，品种多、分布广、产量大，为全省中药材主要产区。区内生产药用动、植、矿物共有1274种，其中植物类1160种，动物类102种，矿物类12种。岳西为全国6大茯苓生产基地之一，1985年产1500吨。另外，岳西天麻、太湖蔓荆子、怀宁辛荑、东至杜仲、潜山厚朴、桐城秋石均为名产。1987年，全区医药工业产值为2157万元，占工业总产值的2％。
一、中成药
建国后，各中药铺、医药站、药品商店、医院药房、县药材公司及收购站都设有饮片加工场，按药典规范制作。水制主要有泡、浸、渍、水飞等；火制主要有煅、煨、炒、炙、焙、烘等；水火合制有蒸煮、淬等。全区依古法炮制的中成药有800余种，实际经营的有100余种。常用药物有霍香丸、木香槟榔丸、香连丸、黄连上清丸、十全大补丸、六味地黄丸、阴八味、杞菊地黄丸等。1955年，安庆医药公司曾生产少量六神丸、琥珀抱龙丸、羚羊解毒丸等，其它各医院也曾生产丸、片、膏、浆等。
岳西、潜山有400余年生产茯苓的历史。清光绪三十三年（1907年），潜山生产的茯苓参加南洋赛会，深受外商欢迎。50年代，岳西设有茯苓加工厂，生产茯苓片；1983年建县加工厂，产量达10万公斤。桐城秋石始产于明嘉靖年间，县城西门外有手工作坊；1963年县药材公司建厂生产秋石，年产约200吨，后产量有所下降。
东至县中药厂创建于1983年，年产量为21吨。主要产品有桂元大补膏、益母草膏、六味地黄丸、豹骨木瓜酒等。1987年总产291吨，销售额为188万元，获利12万元。岳西县制药厂于1988年筹建，主要是利用三线工厂厂房改造而成。该厂采用当地特产茯苓、天麻等，生产中药饮片、膏、浆等，设计生产能力为300吨。同年底获省颁发的生产许可证，1989年正式投产。
二、西药
区辖西药制造企业仅有地区制药厂，地区卫生学校亦生产少量西药，岳西药厂正在筹建阶段。
地区制药厂创建于1970年4月，原名专区东方红制药厂，职工仅数名，生产酊水剂、软膏等普通用药。第二年改名专区制药厂，年产软膏剂320万支、紫药水5800升，产值188万元。70年代末，已有职工250余人，创产值300万元，可产24种药品，其中糖浆剂20万升、干糖浆4318升、片剂5959万片、原料药7222公斤。经扩建改造，至1988年底有职工426人，产值1505万元，为全区最大的制药厂，固定资产原值307万元。当年生产大输液419万瓶、糖浆剂49万升、片剂3．22亿片、原料药10．2吨，实现利税153．8万元，全员劳动生产率为3．53万元。同年，国家计委等单位在该厂安排国家级重大新产品试制项目——儿童新药葡萄糖酸锌，预计1990年正式投产。
地区卫校药厂建于1958年3月，初系利用教学实验室作为制药车间生产西药，后改名安庆制药厂，1960年迁往安庆市北郊。1970年1月恢复校办药厂，制作碘酊剂等。1981年7月正式许可办厂，生产眼药水、磺胺嘧啶乳、葡萄糖注射液、消炎膏等。
三、兽药
桐城县兽药厂于1980年在吕亭乡兴办，当年产值仅8．2万元。至1988年已有职工180人，产品有畜禽用青霉素、链霉素、氯霉素、安乃近、庆大霉素、氨基比林等14个品种、3种剂型、5种规格，产值1210万元，实现利税110．6万元，为全区乡镇企业中第一个千万元产值企业。
宿松县兽药厂创办于1980年，年产值约35万元。主要产品是兽用针剂等16个品种。