鸦片战争以后至1949年的100年中，中国处于半封建半殖民地社会，近代科学技术缓慢发展。安徽也在这一时期进入了近代科技发展阶段，并取得了一些在全国有影响的科技成就。
安徽地处华东腹地，地下资源丰富，也是中国近代开展地质调查较早的省份之一。19世纪60年代，德国地质、地理学家李希霍芬到中国来进行地质考察时，就曾到过皖南和沿江地区作过调查。20世纪初，中国地质事业创始人章鸿钊等，在安徽马鞍山、铜陵进行了铁矿调查。之后，刘季辰、赵汝辰等又在皖北调查煤矿。30年代至抗战前，安徽省又进行两次大规模地质调查，发现了沿江铁矿和淮南煤矿等地下资源。
安徽最早开发的煤矿，是光绪三年(1877年)的池州煤矿。民国元年(1912年)，建成第一座近代煤矿——大通煤矿。至民国26年，淮南煤矿年产煤已达104万吨。铁矿开采从20世纪初开始，在繁昌、马鞍山两地进行，尤以繁昌矿质优、开采量大。民国16年至民国20年间，繁矿产铁矿砂96万吨，占全国产量11%；马鞍山铁矿产75万吨。二者仅次于辽宁抚顺和湖北大冶，分居全国第三、四位。
咸丰十一年(1861年)，曾国藩在安庆设立“内军械所”，是中国第一个近代军事工业。建所之初，除生产火药、枪、炮、子弹等，还由徐寿、华蘅芳设计研制出中国第一艘用蒸汽机发动的轮船。
安徽近代铁路建设从20世纪20年代即已开始。绩溪人程士范(1892～1960年)于民国3年毕业于北洋大学土木工程系。民国15年他设计建造了安徽第一条轻便铁路——港口到水东的煤运铁路。民国23年初，程士范受聘任淮南铁路建设总工程师，在不到两年的时间里，分段建成从淮南田家庵至芜湖裕溪口的淮南铁路，创造了世界铁路建设史上修建速度最快、资金最省的纪录，为中国人争了气。
在水利方面，这一时期安徽有两位治水名人：潘锡恩和周馥。潘锡恩(1785～1867年)，泾县人，曾任江南河道总督，在治理淮河、运河方面政绩卓著，“先后在任十载无河患，清淮士民称颂不衰”。他与俞正燮(黟县人)等人编著的《续行水金鉴》，有很高的史料价值。
周馥(1837～1921年)，建德(今东至)人，曾任永州河道，先后治理过金钟河、通州潮白河；后任直隶按察史时，又主持修筑了永定河防护工程，收效显著。光绪二十八年(1902年)，他升任山东巡抚，力主导黄入海，减轻了黄河水患。他撰的治水著作，有《治水述要》、《黄河源流考》等。
这一时期安徽虽无大型水利工程，但沿江各地修筑或加固了一批大小圩堤。其中当涂官圩修筑史，有当时人所著《官圩修防记述》(1899年)作了详细记载，是中国少见的一部圩志专著。
在农业方面，旌德人江志伊(?～1929年)所著《农书述要》值得一提。该书不仅辑录了中国古农书重要资料，而且介绍了国外农学知识，是当时少见的古今中外农学百科全书。
安徽茶叶生产历史悠久，名茶很多。19世纪中叶以后，随着中外通商规模扩大，安徽名茶远销海外，获得很高声誉。其中尤以祁红、屯绿、太平猴魁、六安瓜片最为有名，畅销海外，并多次获得世界博览会金奖。
在近代科学思想的传播方面，安徽学者起了重要作用。吴汝纶(1840～1903年)，桐城人，曾任京师大学堂总教习，他关心西方科技的引进，对达尔文“进化论”思想在中国的传播积极而热心，他不仅为严复翻译《天演论》作序予以推荐，还写了该书的节本，更定了译名。如“化石”一词系他首先创用，沿用至今。在中国清末民族危亡之际，这种科学思想对于激发人们奋发图强的精神，是有积极作用的。
光绪三十年(1904年)，陈独秀(1880～1942年)同房秩五创办《安徽俗话报》，除宣传民主革命思想外，也致力于近代科学知识的传播，辟有“实业”、“地理”、“卫生”、“格致”等专栏。民国4年(1915年)，陈独秀主编《新青年》杂志，高举民主和科学大旗，大力宣传科学技术，发表当时科学家王星拱、周建人等关于自然科学论著，产生过广泛而深刻的影响。
20世纪初年起，到欧美、日本等国留学的安徽籍留学生日渐增多，其中有一批学习自然科学和现代技术的，成为中国近现代著名科学家。
丁绪贤(1885～1978年)，阜阳人，清宣统元年(1909年)考入英国伦敦大学化学系，民国5年(1916年)学成回国，成为中国化学研究和化学教育的开拓者。他和同时留学英国的王星拱(1889～1949年，怀宁人)等于民国元年在英国创办中国留学生科学团体——中国科学社。两年后，该社与在美国成立的同名团体合并，并迁回国内，成为中国近代影响最大，几乎囊括了当时中国各个领域科学家的科学团体。
王星拱在20～30年代，先后完成《科学方法论》和《科学概论》，是中国科学方法和科学史研究的先驱。民国18年(1929年)，他任安徽大学校长，筹建成立安徽大学理学院，为安徽高等教育的建设作出了贡献。
张贴惠(1887～?)，全椒人，早年留学日本、美国，回国后曾任北师大教授、校长，中央大学物理系主任。民国11年他把爱因斯坦刚发表两年的“相对论”论文，翻译成中文，在《理化杂志》上发表。这是向国内介绍相对论的第一篇文章。
周达(1879～1949年)，东至人，光绪二十六年(1900年)在扬州创办“知新算社”，这是中国第一个数学团体。他受该社委托去日本考察数学，积极主张并身体力行引进、学习和研究西方现代数学，是中国现代数学的开拓者，又是中国数学会的创始人之一。
在这一时期，安徽籍人物在中国有重要影响的科学家还有：数学家杨武之(合肥，1896～1973年，杨振宁之父)、江泽涵(旌德，1902～1995年)，化学家杨石先(怀宁，1897～1985年)，放射化学家李大章(合肥，1904～1941年)，化工专家孙洪芬(黟县，1889～?)等。
1949年10月中华人民共和国成立以后，为中国科技发展提供了极好机遇和条件，安徽科技事业得到了迅速发展。但由于受到极左路线的干扰，在发展过程中分四个阶段呈波浪式前进的态势。
第一阶段(1949～1957年)：安徽在迅速恢复生产和发展经济的同时，开始重视科技事业的发展。全省先后建立了工农业生产试验场、站、所，省各业务厅局、高等学校、大型厂矿也陆续建立起科研机构。到1956年底，全省已建立独立的科研机构11个，工作人员644人，完成了一批科研、生产课题。1956年成立安徽省科学技术普及学会(科协前身)，次年会员就发展到2万多人，分支学会70余个。1957年反右派运动，一批科技人员被打成“右派”，严重挫伤了知识分子积极性。
第二阶段(1958～1965年)：在“大跃进”形势下，1958年成立安徽省科学工作委员会，第二年改名为“安徽省科学技术委员会”(省科委)，加强对全省科技工作的领导。各地市也陆续建立相应机构，初步形成全省科技管理系统。与此同时，新建了一批科研机构：中科院安徽分院及所属无线电电子学、半导体、计算技术、原子能、化学、冶金陶瓷、地质、历史等研究所(室)。1960年，安徽分院改名为安徽省科学院，同时成立安徽省农业科学院。到1965年，全省科研机构达55个，科技人员增至1345人。
在此期间，新建和扩建了综合性大学和理工科大学。1958年，重建了安徽大学，合肥矿院扩建成合肥工业大学。1958～1961年，先后成立安徽中医学院、合肥工学院和蚌埠财贸学院等。
1959年，安徽省科学技术协会成立，数学、物理、化学、生物、天文、地理等自然科学学会相继成立。
这一阶段中，取得一批科研成果，从1958～1964年中计有4495项，其中包括半导体、电子计算机、原子能等新技术项目。
但因受“大跃进”、“反右倾”等运动影响，科技工作中出现过急于求成、脱离实际、盲目“上马”等现象。1962年国民经济调整以后，情况才有所好转。
第三阶段(1966～1976年)：“文化大革命”中，安徽和全国一样，科技管理和研究机构大部分撤销，科技人员近万名“下放”，图书资料、仪器设备破坏、散佚，给全省科技事业带来了空前浩劫。
在这一时期唯一值得安徽人庆幸的，是中国科学技术大学(科大)、一机部通用机械研究所从北京迁来合肥，一机部第一设计院从北京迁来蚌埠。同时在合肥建立了安徽光机所，以及煤炭、冶金、医药卫生等研究机构。淮南煤炭学院(今淮南矿业学院)、皖南医学院也相继成立。
第四阶段(1977～1987年)：1976年粉碎“四人帮”之后，安徽也同全国一样，迎来了“科学的春天”，科技事业突飞猛进地迅速发展。
1977年7月，中共安徽省委召开“向科学进军”大会，动员广大科技人员为科技现代化而努力奋斗。接着在全省科技战线上大规模拨乱反正，落实党的知识分子政策，恢复科技管理和研究机构，为科技人员评定技术职称。
1978年2月，安徽科学技术大会召开，近千项科技成果受到奖励和表扬。同年3月，在全国科技大会上，安徽有200多项科技成果获表彰。此后，安徽科技评奖工作逐步制度化，先后设立安徽省自然科学奖、科技进步奖、科技发明奖，以及优秀科技论文奖。
1978年以后，在合肥恢复和重建了中科院安徽分院以及光机所等，新建了等离子物理研究所、智能机械研究所、固体物理研究所、国家同步辐射实验室、水泥研究所，以及电子工业部所属6个研究所等。全省其他地市也新建一些科研机构。到1985年底，全省共有县以上科研机构和科技开发机构153个，在其中工作的的科技人员13490人。
与此同时，全省又新建马鞍山钢铁学院(现为华东冶金学院)、安徽机电学院、合工大建筑分校(现为安徽建工学校)等工科院校和其他大专院校。
合肥市科教事业发展尤为突出。据1984年统计，合肥拥有各类高等学校20余所，科研机构70余个，各类科技人员7万多人，其中具有高、中级专业技术职称者有1万人；在校大学生2万多人，平均每万人中拥有358人；每千人中拥有大学毕业文化水平者34人，在全国中等城市中名列前茅。
随着安徽科技实力的增强，对外科技交流也日益增多。著名物理学家杨振宁、李政道等欧、美、日本外藉科学家先后来皖访问和讲学。中外科技合作、学术交流、人才引进等双向交流不断扩大。
这一阶段取得的科技成果大大超过以往历年总和。仅1981～1985年“六五”计划期间，全省就取得科技成果6603项，其中有不少在国内领先。如河蟹繁殖新工艺、灰喜鹊防治松毛虫研究、扬子鳄生态学研究、中小型超导磁体工艺规范研究、合肥同步辐射装置预研制及物理设计、L—2螺旋绕组抑制托卡马克撕裂膜研究，人工智能研究等项成果，均达国内先进水平，在国内外有较大影响。
除此以来，在省外工作的安徽籍科学家也取得了重大成就，对中国社会主义建设和科技发展，作出了重要贡献。
中国科学院在1955年和1980年当选的(469名)学部委员中，安徽藉科学家有20位。其中包括中国“两弹元勋”邓稼先(1924～1986，怀宁人)，中国巨型计算机总设计师慈云桂(1917～，桐城人)，火箭专家任新民(1915～，宁国人)，中国数学泰斗江泽涵(1902～1994，旌德人)等，都是世界知名的科学家。他们在各自的科学技术领域内，都做出了杰出的贡献，他们的业绩也理应载入安徽科技发展的史册。