中华人民共和国成立后，人民政府重视发展卫生事业，安徽的卫生事业出现了完全崭新的局面。从民国38年(1949年)4月安徽全境解放到建国后1952年底，是安徽新型卫生事业从无到有的开创阶段。皖北、皖南行署于1949年夏秋间设立卫生行政领导机构——卫生局(科)，认真贯彻“卫生工作的重点应放在保证生产建设和国防建设方面，面向农村、工矿，依靠群众，开展卫生保健工作”的全国卫生建设总方针。积极扩充医疗技术力量，先抓县以上卫生行政主管部门和重点医疗卫生单位的设置。大力组建医疗防疫队，开展巡迴医疗和卫生防疫工作。1950年根据全国卫生工作会议《关于健全和发展全国卫生基层组织的决定》，继续组建县以上医院和卫生防疫、妇幼保健专业机构。1951年在调整、充实市、县已有卫生医疗机构的同时，建立县属区、乡和城镇街道的卫生组织。并在全省接管了8所西方教会津贴的医院和诊疗所。1952年在全省各地开展爱国卫生运动，各专区、县普遍建立卫生行政组织，增加了医疗卫生费用。
1953～1957年期间，根据中共中央提出的“整顿巩固，重点发展，提高质量，稳步前进”的文教方针，大力整顿充实已有医疗卫生机构，同时有计划地发展各专区、市、县卫生防疫站和妇幼保健机构，成立省卫生防疫所和省地方病防治所，开展疫病防治工作。
1957～1962年期间，由于受政治形势的影响，全省卫生事业曾出现大起大落现象。1958年全省医疗卫生机构从1957年的6318个增至20035个，1959年又增至24140个(其中医院9433个)。1958年全省卫生系统职工人数也由1957年的51392人增至67749人，1961年更高达75677人。由于大搞“医院办卫校、县县办卫校”，至1960年，全省中等卫生学校猛地至70多所。1962年，根据“调整、巩固、充实、提高”的发展国民经济方针，全省医疗卫生机构数由1960年的21744个，调整至1962年9984个(其中医院294所)，卫生技术人员也下降至61622人。全省中等卫校只保留12所。经过1963～1965年的调整，全省卫生工作重新走上正常发展轨道。至1965年底，全省各级各类医疗卫生机构还有7888个(其中医院423所)，卫生技术人员仍有60637人，基本适应医疗卫生工作发展的需要。
“文化大革命”期间，和全国一样，安徽的卫生工作也受到严重破坏，全省各级卫生行政主管部门的工作陷于瘫痪，许多县的医疗机构被撤并，医学院校被迫下放至偏远农村，多年来行之有效的医疗规章制度被废除，实行所谓“大内科”、“大外科”、“医护工一条龙”等大呼隆做法，许多学有专长的高级医务人员受到迫害。医疗卫生工作遭受破坏的后果是严重的，它不仅严重地削弱了城、乡医疗卫生工作，而且使不少疾病的发病率呈上升趋势。
1978年中共十一届三中全会后，随着工作重点转移到社会主义现代化建设上来，以及在“调整、改革、整顿、提高”八字方针指引下，全省卫生工作经过拨乱反正、落实政策，各级医疗卫生机构得到了整顿，领导班子得到了加强，正常的工作秩序得到了恢复，促进了卫生事业的全面发展。随着卫生工作改革的不断深入，到80年代中期，全省医疗卫生工作在许多方面都取得了良好成就。
一是表现在医疗事业的完善。到了80年代中期，全省已形成以省级综合医院和各类专科医院为核心，地、市综合医院为骨干，县及农村、工矿医院为基础，结构比较合理、门类比较齐全的医疗网络。据1985年底统计，全省各类门诊部(所)已达3500多个，部分医疗项目已具有国内先进水平。
省级综合医院是全省医疗技术中心和科研、教学基地，主要有安徽省立医院、安徽医科大学附属医院、蚌埠医学院附属医院、皖南医学院附属医院等。这些医院规模较大，技术力量较强。安徽省立医院院址在省会合肥，到1985年底，设有20个临床科室、22个医技科室，12个临床教研室和省立体定向神经外科研究所、省心血管病研究所、老年病研究室、肝胆外科研究室、血液病研究室、检验中心站等科研机构，病床床位758张，职工1320人，是省内一所大型综合医院。1977年脑立体定向仪的研制成功，填补了国内这一研究领域的空白。1983年以脑外科为基础成立的省立体定向神经外科研究所，是国内唯一具有先进水平、先进设备的功能性神经外科研究机构，是卫生部确定的培养立体定向神经外科人才的国内唯一基地。安徽医科大学附属医院、蚌埠医学院附属医院、皖南医学院附属医院等3所医院，均为省属医科院校的附属医院。安徽医科大学附属医院的烧伤科、运动医学科、整形外科具有国内先进水平，其中运动医学科还被卫生部选定为全国运动医学4个教学基地之一。
全省各类专科医院，至1985年底计有合肥、淮南、铜陵、芜湖、六安、安庆、阜阳、徽州、宿县等地(市)精神病院和荣军医院(后改名精神病专科医院)等10所精神病院，病床2082张，职工1774人。传染病院有合肥、蚌埠、阜阳、铜陵、芜湖等5所，病床712张，职工836人。结核病专科医院仅有安徽省结核病医院1所，能解决结核病的诊断和治疗中的疑难问题。各地还有麻风病医院(村)31所。
地区、省辖市综合医院至1985年底已达28所，病床床位计有9787张，职工14992人。企事业职工医院至1985年底有128所，病床床位11505张，职工17235人。县医院有69所，病床床位14021张，职工16502人。其外，还有庞大的农村卫生院。因此，到1985年，全省已经形成了以省级综合医院、各类专科医院为核心，地、市综合医院为骨干，县及农村、企事业医院为基础，结构比较合理、门类比较齐全、技术力量比较强的医疗网络，反映了安徽医疗卫生事业已达到较高的水平。县及县以上各级各类医院的医疗仪器设备，近年来也得到了较快较好的充实与更新。但和邻近先进省、市相比，安徽的医疗设备和技术力量还有待进一步充实、提高，医疗网络还有待进一步完善。
二是医学教育的发展。中共十一届三中全会后，安徽医学教育发展迅速。至1985年底，全省有高等医学院校5所，专任教师1161人，担负着繁重的高等医学教育任务。这5所高等医学院校分别是安徽医科大学、蚌埠医学院、皖南医学院、安徽中医学院和淮南职业医学专科学校。安徽医科大学是省属重点高校。1949年12月，上海私立东南医学院响应华东局“支援内地”的号召，举校迁至安徽合肥，成立安徽医学院(后改名安徽医科大学)，是为安徽高等医学教育的开端，故安徽医科大学是安徽省资历最老的高等医学院校，培养了大批医务人才。
迄至1985年，全省有18所中等卫生学校，承担着全省中等医学教育任务。18所中等卫生学校分别是：合肥、阜阳地区、宿县地区、淮南、六安、巢湖、滁州、安庆、池州、芜湖地区、徽州、蚌埠、马鞍山钢铁公司等13所卫生学校；芜湖中医学校；安徽医科大学、蚌埠医学院、皖南医学院、安徽省立医院等4所附设护士学校。
迄至1985年，省级医疗卫生团体主要有10个，分别是安徽省红十字会、中华医学会安徽分会、中华护理学会安徽分会、中华全国中医学会安徽分会、中国中西医结合研究会安徽分会、中国防痨协会安徽分会、中国生理科学会安徽分会、中国药学会安徽分会、安徽省解剖学会、安徽省血吸虫病研究委员会。中共十一届三中全会后，这些医疗卫生团体经常开展学术活动，对提高安徽医疗水平、推动安徽医疗卫生事业的发展，起到了积极推动作用。
疫病防治方面，建国后，中国共产党和人民政府十分重视疫病的防治工作。从1950年起，全省就对传染病进行法制管理，建立疫情报告制度，接着又普遍开展预防接种措施，并首先将天花、白喉和血吸虫病等列为重点防治对象。经过30多年的不懈努力，到80年代中期，已先后消灭或基本消灭天花、斑疹、伤寒、黑热病等传染病，白喉、百日咳、流行性乙型脑炎等传染病已基本达到控制，对病毒性肝炎、痢疾、麻风病、结核病、地方性甲状腺肿等疾病，通过积极防治，也取得了显著效果。例如天花，建国初期，全省各地都有流行，1950年全省患病人数高达11620人，1955年后，全省未再发现天花病人，基本上消灭了这种疾病。再如白喉的发病率已由1955年的41.53/10万降至1985年的0.05/10万、脊髓灰质炎的发病率也由1964年的4.87/10万降至1985年的0.14/10万，发病率大幅度下降。儿童常见的呼吸道传染病，自从1981年将“百白破”三联疫苗列入扩大儿童计划免疫规划，加强疫情监测和综合防治，百日咳的发病率已大大下降了。
安徽是血吸虫病多发省份之一。建国初期，全省受血吸虫威胁的人口约有1000万，防治任务极其艰巨。经过长期的不懈努力，血吸虫病也达到了有效控制。至1985年，全省血吸虫病流行区域已基本上压缩在沿江、沿湖一带和部分丘陵地区。钉螺面积已缩小83%，病人人数减少了92%，已有21个县、市和4个农场达到消灭或基本消灭血吸虫病的标准。
随着改革开放的不断深入和全省经济实力的提高，安徽的医疗卫生事业将得到进一步发展，为维护全省人民的身体健康做出更大贡献。