安徽的中医事业源远流长，历代名医辈出。早在东汉末年沛国谯(今亳州市)人华佗，便有“医圣”之称，他发明的中药麻醉剂——麻沸散，成功地应用于临床施行全身麻醉剖腹手术，在世界医学史上具有开创意义。他编创的健身体操——五禽戏，则开创了现代医疗体育之先河。汉代历阳(今安徽和县)人谢元，医术精湛，诊病兼卖药，日收钱数万，尽以施贫。因他习惯将药装在葫芦里悬挂在店铺外面门头上，人们尊称他为“壶公”，相传后世称行医为“悬壶”即由此而来。三国时期的董奉(福建侯官人)，长期在钟离(今凤阳)行医，为人治病不收钱，病人痊愈后就在其宅旁种上杏树，后人遂以“杏林春暖”比喻医德高尚。
自华佗至今，安徽境内代出名医。自西晋至隋唐，安徽长江以北地区，屡有战乱，医学成就不高。长江以南地区，政治相对稳定，北方士族南迁，医学成就较大，其中以丹阳(当涂)医学世家徐氏贡献最为突出。宋元时期，因发明活字印刷术，医学书籍得以大量刊行，为医学的发展创造了便利条件，今安徽各地涌现出70多位著名医家，并有《医说》等重要医著问世。明清两代为安徽中医发展的鼎盛时期，从医学理论到临床实践，名家辈出，贡献卓著。如明代隆庆年间宁国府太平(今黄山市黄山区)民间医生，应用推广并不断改进“人痘接种术”预防天花，是近代人工免疫学的先驱，是安徽医家对世界医学的重要贡献。
安徽中医事业最值得称道的是新安医学的形成和发展。新安医学是中国医学史上著名中医学派之一，因形成于新安地区(即徽州府的歙县、休宁、绩溪、黟县、祁门、婺源6县)晋置新安郡，故名。婺源县，原属安徽，后划归江西。故名，亦称徽州医学。
从唐代至清末的1000多年间，新安地区战乱较少，社会比较安定。汉末至南宋初年，中原士族为避战祸，曾3次南迁新安，促进了新安地区人口的增长，为新安地区带来了先进的中原文化。东晋以后，徽商开始发达，到明清时期已达鼎盛阶段，从而为新安地区带来了经济的繁荣。经济的繁荣，又促进了文化的发展，程朱理学、江戴朴学相继出现。新安地区山川奇秀，中药材资源丰富。这些，都为新安医学的形成和发展创造了良好条件。
新安医学起源于东晋末至隋唐时期。先后客籍新安的羊欣、杨玄操、崔元亮、慧明(僧人)等人，皆有医名。羊欣(370～442年)，字敬元，泰山南城(今山东泰安)人，任新安太守13年，精通医术，撰有《羊中散方》、《杂汤丸散酒方》、《疗下汤丸散》等医著。杨玄操唐初人，整理和注释《难经》等古代医籍，医学造诣很深。崔元亮和慧明也皆有医名。羊、杨、崔、慧等人的医学实践活动，为新安医学的形成奠定了初步基础。
新安医学形成于宋元时期。北宋末年，歙县人张扩少好医学，他先师从湖北名医庞安时，后从西蜀王朴学脉，医术精进，他是有文献记载的最早的新安医家。扩之后裔张杲(1102～1182年)继承家学，又有创进，其代表作《医说》成书于南宋淳熙年间，该书博采古代医史传记和医案，是中国现存最早的载有大量医史资料的著作，至今仍为医学界所推崇，对当时和后代皆有影响。该书曾东传朝鲜和日本，在国际上享有地位。除张扩、张杲外，新安地区还有名医张挥、张彦仁、黄孝通、吴源、程约、徐存诚、王开、陆文龙等30余人，其中有10人编撰医著13种，是新安医学形成时期。
新安医学盛行于明清时期。明代新安地区有名医194人，其中有71人编撰医书151种。程充的《丹溪心法》，对发扬丹溪学说有重要贡献。著名医家有汪机、程玠、吴正伦、吴昆、程衍道、汪瓘、方有执、余午亭、孙一奎、汪宦、张立仁、黄荣、杨守伦、徐春圃、陈嘉谟、方广、丁瓒等。清代新安地区有名医499人，其中有267人编纂医书468种，著名医书有程之来的《伤寒论集》、《伤寒抉疑》、《金匮要略直解》、《难经注疏》等。著名医家有程应旄、郑重光、汪昂、程国彭、汪喆、吴谦、吴澄、郑梅涧、汪绂等。吴谦还被列为清代三大名医之一。新安医学出现了前所未有的兴旺发达局面。
新安医学在长期形成和发展过程中，形成了该学派的一些显著特点：一是“家族链”、“师承链”相当突出。众多的“家族链”和“师承链”使新安医学在历代相传中代有传人，不断发展，长盛不衰。如休宁黄氏妇科，从北宋传至清代，其“家族链”共历33代。其“师承链”多系名师嫡传，如汪机传弟子陈桷、黄古潭，黄传孙一奎，孙又传弟子多人。二是医著丰富。新安名医多勤于著述，且善于考证，广征博采，极富求实精神。如明代余春圃搜集200多家医著，究精微，取所长，辑成一代名著《古今医统大全》100卷。
新安医学对中国中医学的贡献是多方面的，归纳起来约有：一是中医理论的创新。如明代歙县方有执首创《伤寒论》错简学说，从而形成《伤寒论》错简重订学派；祁门县汪机在治疗上注重固本培元，形成以他为先驱的“培元”派。清代歙县郑梅涧在喉科治疗上提出养阴清肺学说，形成喉科学中的养阴清润派；吴澄创立的“外损”学说，则为后世临床治疗外损开辟了一条新途径。二是经典医著的订正注释。新安医家很重视对中医经典医著的研究，对《内经》、《伤寒论》、《难经》、《金匮要略》等都进行过长期研究，做了大量订正注释工作。如对《内经》的订正注释便有吴昆的《黄帝内经素问》、胡澍的《内经素问校义》、罗美的《内经博义》、汪之兰的《内经释要》、汪机的《续素问钞》、徐春圃的《内经要旨》、黄俅的《黄帝内经素问节文注释》等，这些医著对《内经》的研究都各有贡献。又如研究《伤寒论》的医著便高达50部，分别由41位新安医家撰述。三是中医诊断学的研究。据统计，新安医家研究中医诊断学的专著有27部，其中最为著名的有吴昆的《脉语》、汪机的《补订脉诀刊误》、汪宏的《望诊遵经》等。四是本草方药的研究。新安医家研究本草方药的著作多达111部，较为著名的有陈嘉谟的《本草蒙荃》、汪昂的《本草备要》、方有执的《本草钞》、吴昆的《医方考》、罗周彦的《药性论》等。五是医籍的编纂出版方面。明清时期，新安医家编纂出版的医著数量庞大，达619部。徐春圃的《古今医统大全》、吴文献的《三石医教》、汪机的《医学原理》、程杏仙的《医述》等，均流行全国，影响很大。著名医家吴勉学，还是新安地区最大的医书出版家。他曾花费10万两银子刊刻王肯堂《古今医统正脉全书》、《刘河间医书六种》等大型医书，为后世保留了大量珍贵的医学资料。六是创办医学团体。新安医家徐春圃和其他22名客籍顺天府(今北京市)的安徽籍医家，联络其他省籍24名医界同仁，于明隆庆二年(1568年)首创中国医学史上第一个群众性的跨省医学学术团体——“一体堂宅仁医会”，以钻研医学知识，切磋医疗技能。
根据史料记载，中国南朝宋文帝时已设置医学校，但不久即废。北魏时始设太医博士教授子弟。隋沿魏制，唐宋两代发展很快，已达鼎盛时期，除中央有太医学外，各州府均有地方医学。安徽历代地方医药设施，文献记载不详。大体上，唐宋时，各州、各都督府均设有医学校，由医学博士和助教为地方培养医生。宋代各州、各节镇设有医官，并建立专卖性质的“惠民药局”，制售药品，为群众治病。元、明、清各朝，除继续开办地方医学外，还在各地设立医官和药局。鸦片战争后，清代同治、光绪年间，省城安庆设有“官医牛痘总局”和官立“同医局”，为群众施种牛痘和治疗疾病。
鸦片战争以后，随着外国资本主义势力的入侵，西医迅速传入，中国医学界出现“扬西抑中”现象。加之战争频繁，经济落后，晚清政府、北洋军阀政府、南京国民政府对中医的人为排斥，使中医受到摧残。安徽和全国一样，中医药进入缓慢发展阶段。盛极一时的新安医学也开始由盛转衰。据统计，从近代开始，迄至中华人民共和国成立前，新安地区只出现名医37人，医著24部，反映了新安医学由盛转衰的发展过程。但中医仍是安徽省最基本的防病治病力量。到1949年，全省仍有中医药从业人员1.7万多人，其中中医9000多人，他们遍布城乡，为群众防病治病做出了重要贡献。
清道光二十年(1840年)鸦片战争爆发后，西方列强为扩张在华侵略势力，利用行医在华传教，西医迅速传入。最先将西医传入安徽的是法国天主教传教士詹有道，他在五河县传教时，兼办西医诊所，施行治疗。同治十二年(1873年)，广德县法国天主堂有女传教士兼施医药。光绪四年(1878年)，法国天主教教士金世玉在芜湖行医，并于光绪九年(1883年)在芜湖开办第一所教会医院，有病床25张。此后，英、美、法、西班牙等国基督教和天主教会相继在芜湖、合肥、安庆、蚌埠、广德等地开设医院、诊所，到建国前夕，全省已有教会医院、教会诊所20多所，其中以芜湖弋矶山医院、合肥基督医院、安庆同仁医院、蚌埠仁慈医院规模较大。芜湖弋矶山医院是光绪十四年(1888年)美国基督教美以美会传教士在芜湖创办的，起初只是一所诊疗所，后来发展成一所有4层楼的教会医院，建国后由人民政府接办，改名皖南医学院附属医院。合肥基督医院是美国基督教传教士、眼科医生柏贯之于光绪二十四年(1898年)创办的，当时是合肥唯一一所西医诊疗机构，民国3年(1914年)韦格非接任院长后，正式更名为合肥基督医院，建国后由人民政府接办，改为安徽省立医院。
民国初年起，安徽各地陆续出现由中国人自己开办的西医诊所、西医医院。据史料记载，民国元年(1912年)杨济卿在安庆创办的华济医院，是安徽最早的中国人开办的私人医院。民国7年吴孝伯在安庆开设的博爱医院规模较大，有病床44张。
民国期间，中国红十字会在芜湖、安庆、蚌埠、广德、砀山、凤台等地开设西医院和诊疗所。也有一些社会慈善团体，在安徽各地开办施医所，免费为贫苦人民治病。民国16年安徽省政府在省会安庆开办安庆官医院，是为最早的省办综合医院，院内设有西医部，主要进行西医治疗。民国32～35年间，省级卫生机构陆续设立，主要有：安徽省卫生事务所、省立合肥医院、省立安庆医院、省立芜湖医院、省立蚌埠医院、省立屯溪医院、省立阜阳医院、省立桐城医院、省立传染病医院等9所，共有病床312张，医护人员146人，其医疗水平以省立安庆医院、省立芜湖医院较高。
民国期间，安徽省政府虽提倡西医，但由于经费困难和医务人员不足等问题一直未获解决，故西医事业发展非常缓慢，直至建国初，安徽只有17所设备简陋、经费匮乏的医院(卫生院)，病床170张，包括卫生防疫人员在内，全省只有310名卫生技术人员，除内科外，仅能勉强开展阑尾切除和剖腹产等一般医疗手术，城乡居民赖以防病治病的仍然是传统中医。
安徽历史上是一个疫病流行频繁地区。淮河两岸容易发生水旱灾害，长江流域则常有水患，而且战乱不已。天灾、战乱的直接后果是饿殍遍野，疫病流行。再加上中华人民共和国成立前，历代统治者漠视人民疾苦，严重缺医少药，对于疫病流行一直未能有效控制。
根据旧志记载，从明宣德九年(1434年)至民国37年(1948年)的500多年间，安徽境内平均每6年就有一次大的疫病流行，到了民国期间，几乎每年都有流行性疫病发生。安徽流行性疫病种类较多，主要有血吸虫病、天花、霍乱、黑热病、疟疾、结核病、痢疾、伤寒、副伤寒、白喉、麻疹、百日咳、流行性感冒、流行性脑脊髓炎、丝虫病、蛔虫病、麻风、头癣、性病、虱性回归热、地方性甲状腺肿、地方性克汀病等。血吸虫病长期流行于长江两岸、皖南山区和江淮丘陵地带，流行区域高达39个县(市)。黑热病主要流行于皖北20个县(市)，患者主要是儿童和青少年。结核病和疟疾全省各地都有流行，严重危害人民身体健康。霍乱、天花、伤寒、白喉等急性传染病，或流行于全省，或流行于部分地区，危害也都非常严重。皖西、皖南山区由于严重缺碘，这些地区居民大量患有地方性甲状腺肿和地方性克汀病。
在疫病的严重影响下，安徽人口大量流离或死亡，造成人口锐减的恶劣状况。据史料记载，清道光二十二年(1842年)全省人口为3659万人，到宣统三年(1911年)已下降至1407万人。
和全国一样，安徽现代医学教育也萌芽于鸦片战争以后。清光绪年间，安徽始有现代医学教育。民国时期，才有几所正规医学专门学校。这些医学专门学校规模较小，设备简陋，专业单一，师生人数也很少，而且发展速度缓慢。
根据史料记载，清末安徽现代医学校仅有2所，即：光绪二十九年(1903年)省大学堂附设的医学堂，光绪三十三年安庆同仁医院设立的护士班(后改名安庆同仁医院附设高级护士职业学校)。民国时期先后开设的医学校共有8所，即：安庆健生医院医学讲习班、芜湖医院护士学校(后改名怀让高级护士职业学校)、安徽博爱医院牙科讲习班、徽州国医专门学校、屯溪市民医院助理护士训练班(后改名省立屯溪医院附设高级护士学校)、省立医院护士训练班、省立助产护士职业学校、省立安庆医院护士培训班。由此可知，安徽现代医学教育不仅学校少，而且主要是培养护理人员，反映出安徽现代医学教育的相对落后。
现代安徽医疗卫生团体产生的时间和现代医学教育产生的时间大体相仿。但现代安徽医疗卫生团体有一个明显的特点，即中医学术团体占据主要地位，其中以创立于清光绪年间的“宣和医社”为起始。该“医社”由芜湖著名中医米恩、宋秋荪等人发起成立，其宗旨是定期交流医学心得，开展医学研究活动。宣统二年(1910年)天长县设立的“中西医学研究会”分会(总会设在上海)，则是博采中西医术，谋求医业之深邃。民国时期先后成立的医疗卫生团体主要有巢县等地的“神州医学分会”、省城安庆的“国医公会”、舒城、广德、立煌、当涂等地的“中医师公会”(亦称“中医学会”)。民国初期，在中国红十字会的影响和支持下，安庆、芜湖、宣城、凤台等不少县(市)，相继建立了中国红十字会分会机构，在当地开展义诊和救护伤员等活动。民国36年(1947年)成立的中华医学会合肥分会，其成员多系在职西医，是中华人民共和国成立前，安徽最主要的西医团体，首届理事会理事长是蒋曾勋。此组织即是中华医学会安徽分会的前身，在医疗卫生界有一定影响。