清代，县署是县里的最高行政机构。当涂县署，原在县城。清咸丰年间，由于太平军攻克当涂，与清军激战，县署被焚。同治元年(1862)，知县赵光缙遂在埭桥(今芜湖市郊大桥镇)租赁民房为县署办公处。同治四年，知县陈斌复在城内孝廉坊内重建县衙。光绪三十三年(1907)，知县钱人龙又购买三条巷民房40间为县署衙门。
当时县署设有县丞署、典史署、管狱署、县学教谕署、训导署、采石巡检署(设采石镇)、大信巡检署(设大信镇)。同治元年(1862)，芜湖设常关，遂在当涂设立金柱关(今新桥乡宝塔行政村)，拟定该处为查验所，后又改设为分关。同时在秦家河口设立海关(今新桥乡秦河行政村)，后移驻县城柴巷。不久，海关与常关一并裁撤。
县署设知县1员，总揽全县政事。下设县丞、主簿、典史、教谕、训导各1员。县丞专管文书和田赋事项，主簿掌簿籍印鉴，兼佐政务，典史掌缉捕、监狱，教渝、训导掌教育。康熙二年(1663)，裁教谕以训导掌学事。十五年(1676)，复设教谕，两官合掌县学。另在采石、大信巡检司各设巡检1员，专司巡查防务。