二期工程是开挖新市、新博撇洪渠(分上、下段)及围屏撇洪渠。新市、新博撇洪渠，起自东陇岗，经丁家甸、来龙，将横山杨山坳等山水撇入丹阳新河，兼引水灌溉畈田。渠经岗丘要切岭、沟溪要填筑，还要完成石方段。围屏撇洪渠，起自横大路至纪村大闸，将灵墟等山来水引入纪村新河，堵塞桥头串河，将香塘圩并入连牵圩。
1977年11月26日，薛津民工团率先破土动工。各公社先遣人员亦抵达工地，至30日下午，7万民工奋战在联圩工地。有31个公社参加施工，关马、围屏两社就地堵口和挖渠，新博公社筑野风港堵口大坝。黄池、乌溪两社培修新华段。整个工程于1978年元月中旬结束，完成新渠土方292.3万立方米。基建配套有：野风港排灌枢纽、新博提水枢纽及河渠上涵斗、桥梁等20多处。
第一、第二两期工程，共开挖新河和撇洪渠5条、长34.3公里，完成土石方1255.8万立方米，建成花津、野风港等排灌站10座，装机41台套3305千瓦，涵闸配套102处，桥梁19座。
1977～1980年，国家投资269.76万元，实际使用551.75万元(社队开支及土方费用未计)。共挖压耕地11723亩，拆迁房屋3136间。
1977年11月20日，中共安徽省委《关于当前农村经济政策几个问题的规定》下达后，鉴于非受益社队负担过重，国家投资又少，而挖压耕地多，土方任务大，加之前两期工程仍需配套完善，故第三期工程暂缓施工。