历史上，当涂农作物病虫害发生频繁。清咸丰六年(1856)和光绪三年(1877)均发生大面积蝗灾。光绪十七年六月，县境东乡至东北乡一带，蝗虫大起，纵横10里，山岗平野到处可见。建国前，对于病虫害防治，只能是“蝗虫打，结虫梳，钻心虫子没奈何”。建国后，植物保护受到政府重视。70年代县成立植保植检站，每到治虫季节，各级政府层层布置防治工作，并组织干部下乡检查督促。病虫害大为减少，蝗虫已绝迹。
一、水稻病虫害防治
水稻病害有赤枯病、绵腐病、纹枯病、白叶枯病、稻瘟病、小球菌核病等．纹枯病以危害早稻为主，中、晚稻次之，白叶枯病危害中稻为多，早、晚稻次之。70年代前期重发区在薛津、丹阳、博望一带，一般减产1～2成。稻瘟病以青山周围乡镇为多发区，1980年青山公社晚稻部分田块无收。小球菌核病，1975年全县双季晚稻发病率达到60～70％，造成大片稻稞倒伏，上万亩颗粒无收。水稻病害防治，除选用无病、抗苗高产品种、加强栽培管理外，主要采取药物防治。水稻虫害以稻螟虫为最，其次有稻苞虫、稻飞虱、稻蚜虫、稻蓟马、稻螟铃等。常见的稻螟虫有三化螟、二化螟和大螟。三化螟俗称钻心虫、窝心虫，为县内主要水稻害虫，50年代发生频繁，60年代后期得到控制，80年代灾害已大为减少。二化螟属常发性害虫，一年发生不完全3代，以1、2代为主害代，为害盛期为5月下旬、7月上旬和8月上旬。1983年县境东部地区部分中稻为害达50％以上。稻飞虱主要危害早稻和晚稻，多聚集在稻稞根基部，一年发生约5～6代。稻蓟马普遍发生在单、双晚稻秧苗上，以双晚受害最重。水稻虫害防治方法主要是加强田间管理，结合积肥，铲除田埂杂草，消灭害虫栖身场所，防止害虫越冬。有的还采用点灯灭蛾等办法。药物防治在80年代前主要是采用25％的二二三乳剂乐果、六六六、1605等，80年代后用高效低毒农药喷洒。
二、小麦病虫害防治
当涂小麦病害以赤霉病、麦锈病、白粉病、纹枯病和黑穗病等为主。赤霉病多于每年4月下旬至5月中旬发生，以圩区低洼田块居多。1973、1975、1977、1983和1989年，穗发病率达到30～60％，致使小麦减产1～3成。麦锈病包括叶锈、条锈、杆锈3类，每年均有发生。条锈病多发生在3～4月份，叶锈病多发生于4～5月份，杆锈病则发生于5月中下旬。麦锈病常在湿度高、雨水多、温度适宜的季节发生。1956年和1958年为杆锈病重发年，1983年全县小麦条锈、叶锈发病面积达10万亩之多，重病田3000余亩，病叶率达80％以上。白粉病80年代前较为少见，1984年突发，全县有13万多亩麦田发病，病叶率30～40％。黑穗病以散黑穗、腥黑稿和坚黑穗病为多，1957年全县发病田有7万多亩。小麦纹枯病1985年全县病田达12万多亩。小麦病害防治方法主要是选用抗病良种，加强田间管理和进行药物防治。小麦虫害主要有麦粘虫和麦蚜虫。麦粘虫以第一代幼虫危害较重。50年代和60年代多有发生，70年代后危害不大。麦蚜虫多在小麦苗期和穗期发生，有无翅型和有翅型两种，一般在麦苗根部越冬，翌年春暖时大量繁殖，危害严重。在防治上主要采用烧草灭卵，减少越冬虫数量和施用药物喷洒。
三、油菜病虫害防治
油菜病害主要是菌核病、龙头病、病毒病等。菌核病多发生于油菜收割、脱粒时，株发病率达70％，甘兰型油菜较易感染。龙头病1984年在姑溪、黄山、新桥等地大面积发生，危害严重。油菜虫害以菜蚜虫危害最大，一年发生20余代，春秋两季繁殖较多。1985年全县油菜苗期受蚜虫危害，致使早播的白菜型油菜多呈片状早衰枯死。防治方法主要是选用良种，轮作换茬，加强田间管理，进行药物防治。
四、棉花病虫害防治
棉花病害主要有枯萎病、黄萎病、苗病、红叶茎枯病等。枯萎病多发生于江心洲棉田，70年代蔓延到大公圩棉区。1982年和1984年全县棉田发病2万多亩，最重的石桥乡新建、新泰两村、青山乡管尚村和江心乡部分棉田绝收。黄萎病1982年于江心公社新锦、宫锦两个大队首次发现病株，经拔除后未见复发。棉花苗病包括立枯病，炭疽病、疫病和褐斑病等。此类病多发生于每年4月下旬至5月中旬低温多雨季节，棉花出苗后半个月危害最为严重。棉花红叶茎病常因天旱缺水诱发，屑棉花生理性病害，多发生于每年7月中旬棉株花蕾期。棉花病害的主要防治方法是提高整地播种质量，搞好种子处理，加强田间管理和进行药物防治。棉花虫害主要有红铃虫、棉钤虫，棉蚜虫、棉叶螨、小地老虎等。红铃虫为常发性害虫，为害盛期一般在每年8月和9月下旬，棉铃虫每年发生5代，以第4代为主害代，为害盛期在8月和9月上旬。1972年全县暴发成灾，严重田块近于绝收。防治方法主要是大田喷施农药。
五、草害防治
县境常见的草害，夏粮作物田间杂草有禾本科、豆科、蓼科、菊种等28科81种；水稻有16科46种。大公圩夏粮田杂草以猪秧秧为优势种，普通看麦娘、牛九缕为亚优势种；水稻田以节节菜、四叶萍为优势种，牛毛草、球形莎草、有毛芒稗为亚优势种。薛、丹、博半山半圩区夏粮田间杂草，看麦娘危害最重，其次为猪秧秧、野燕麦及早苗蓼。水稻田以牛毛草、有毛芒稗为优势种，节节菜、鸭舌草为亚优势种，部分田块瓜皮草、四叶萍、青萍、龙骨蓼等亦较常见。沿江圩区夏粮作物田间杂草以日本看麦娘发生最多，普通看麦娘、小黎、野燕麦等亦普遍；水田以稗草、节节菜为优势种，瓜皮草、牛毛草为亚优势种，较常见的杂草还有鸭舌草、四叶萍、丁香蓼、田草、水花生等。江心洲旱地以婆婆辣为优势种。1987年新桥、龙山桥等地发现一种检疫恶性杂草——肠草，其花粉可引起人体不适，产生过敏性皮炎和哮喘。到1989年，已扩散到全县11个乡镇，薛津至博望一带为重发区。草害防治历史上以人工拔除为主。70年代末，水稻田试用化学除草剂除草醚，小麦田试用绿麦隆、二甲四氯。1986年后，引进新型高效低毒除草剂丁草胺、稳杀得等。1989年，全县化学除草面积28.4万亩。
六、鼠害防治
当涂鼠害历史上屡有发生，鼠种以褐家鼠为优势种，其它有黄胸鼠、黑线姬鼠及少量靛青社鼠。明万历十五年(1587)江北田鼠渡江，每群千计，水中彼此相负，至田食苗。崇祯七年(1634)，红毛鼠渡江损害田禾，青山下受害最甚。建国后，全县各地均有零星田鼠为害。1982年后，因化肥、农药普遍施用，田鼠天敌黄鼠狼、蛇等逐渐减少，鼠害渐重。从1983年开始，全县连续3年开展大规模灭鼠活动，投药、捕捉双管齐下，计捕杀田鼠3万多只，药毒致死不可数计，鼠害较为减轻。