长江支流河道建国后大规模的综合治理不是很多，主要是在上游修建一些水库，沿河建造一些闸站。但是，巢、滁、皖流域治理却规划较早并付诸实施。1955年皖苏两省在全国人民代表大会上联合提案要求治理滁河。是年中央指示由安徽省人民委员会统一领导，以治淮委员会为主，皖苏两省参加，南京大学协助，对巢、滁、皖流域进行统一规划，1958年4月完成“巢滁皖流域规划报告”。此后又多次编制流域河道治理规划，并兴建了许多防洪、排灌、拦蓄工程。
一、巢湖流域
巢湖纳四周支流来水，旧有“港汊三百六十纳诸水”之说。裕溪河是巢湖入江河道。巢湖四周支流呈放射状，较大的有兆河、白石天河、杭埠河、丰乐河、派河、南淝河、柘皋河等。河道普遍弯曲、河床狭窄，河堤矮小，洪水渲泄不畅，域内圩区怕洪怕涝，丘陵区怕旱，洪、涝、旱灾害频繁。
建国以来，安徽省对巢湖流域进行了一系列的治理。上游修建了董铺、龙河口两座大型综合利用水库。为控制长江、巢湖水位，修建了裕溪闸、巢湖闸、凤凰颈闸站、兆河闸、新桥闸和铜城闸等综合控制枢纽，开辟了牛屯河分洪道。80年代后期，在长江边兴建了凤凰颈大型排灌站。
董铺水库位于南淝河上游、合肥市西郊董铺郢，距市区7公里，控制面积207.5平方公里。1956年2月由治淮委员会工程总队三支队施工。开始建库任务是以防洪为主，结合城市用水和部分蔬菜地灌溉用水。1965年水库上游淠史杭灌溉工程的滁河干渠建成通水，原水库供水的部分提水灌区改由滁河干渠供水，因此水库主要任务是以防洪为主，同时向合肥市城市供水，兼供少量农田灌溉和养殖用水。累计完成土石方243.7万立方米，总投资1094.3万元。水库总库容2.42亿立方米，可保合肥市防洪安全，以及合肥市电厂、自来水二、三水厂水源。
龙河口水库大坝位于舒城县西南25公里处，在杭埠河上游。控制面积1111平方公里，占杭埠河流域大潭湾以上面积的56.4%，是以防洪、灌溉为主，结合发电、养殖等大型截流综合利用水库工程。早在1952年，省、专区、县就着手兴建水库的前期工作，以后经过多次反复，才于1958年11月由舒城县龙河口水库工程指挥部组织民工开工。1961年4月因自然灾害影响，地方财政与劳力困难等停建，1965年10月复工，至1969年10月，完成东西大坝各一座及辅助工程。1975年汛后又进行了大坝加高。水库防洪按百年设计，千年校核，总库容8.2亿立方米。防洪保护面积55万亩，灌溉面积155万亩，梅岭水电站每年发电975万千瓦时，正常养殖面积4.5万亩。截至1982年累计完成土方134万立方米，石方40万立方米，总投资2339万元。
杭埠河灌区是举世闻名的淠史杭灌区的一部分，内有舒庐、杭北干渠。舒庐干渠因地跨舒城、庐江而得名，总控制面积1240.3平方公里，全长78.7公里。渠首设计灌溉流量55立方米每秒，泄洪流量100立方米每秒，总灌溉面积100.5万亩，1958年开工，1969年秋通水。杭北干渠因在杭埠河北岸得名。控制面积613.7平方公里，干渠全长68.9公里。1959年开工，1967年完成。
牛屯河分洪道是巢湖流域的排洪出路，1986年冬，作为淠史杭—巢湖项目，使用世界银行贷款配合国内资金开工建设，自巢湖闸下裕溪河的蟹子口，过铜城闸至牛屯河口的新桥闸入江，全长48.76公里。分洪道出口的江水位比裕溪河口的低0.4～0.5米。防洪保护面积270万亩，计划1992年完成。
50年代中期，巢湖流域丘陵岗区灌溉主要靠人力车水，后期开始兴建小型排灌站。1958年兴建肥东撮镇电灌站，是省内首建大型电灌站。80年代，巢湖流域内洪出路与灌溉水源的矛盾十分突出，由于巢湖流域内洪水无法排出，巢湖汛前只能少蓄水，以便腾出库容容纳各支汊汇集之水，但若遇大旱，却又无足够水量。这一矛盾在1978年大旱中暴露得最为充分。为此，1979年，安徽省在魏家石桥站址开工兴建凤凰颈引江灌溉枢纽工程，后因国民经济调整被迫“下马”。1984年经国家计委批复同意列入国家“七五”计划。1985年春列入淠史杭—巢湖项目。该工程以引江灌溉为主，兼顾西河排洪，是抽灌、抽排和自引、自排相结合的综合利用工程。抽水站采用双向进出水流道，闸、站结合，装机6台套1.48万千瓦，引江流量200立方米每秒，排洪(涝)流量240立方米每秒。遇旱可为域内400万亩农田补给水源，遇洪(涝)可排除西河部分内洪，改善西河中、下游近100万亩圩区的防洪、排涝条件，也为远期引江济淮打下基础，还可提供合肥市及沿巢湖城镇居民生活和工业用水，1986年正式动工兴建。
二、滁河流域
滁河流域含苏、皖两省10县1市，总流域面积7976平方公里，其中安徽境内6586平方公里。滁河干流全长269公里，其中安徽境内197公里。滁河干流坡降平缓，河道断面浅小，河道弯曲，阻水严重，排洪困难，域内地下水资源贫乏，历史上水旱灾害频繁。从建国至1988年，共出现大水10年、大旱9年。
建国后，在滁河的支流襄河、清流河上修建了黄栗树、沙河集两座大型水库，在清流河、来安河上修建了城西、屯仓两座中型水库。70年代后期兴建驷马山引江工程。滁河两岸圩区也通过不断整修圩堤，抗灾能力大大提高。
黄栗树和沙河集水库分别位于全椒和滁县，集水面积分别为262平方公里和300平方公里。这两座水库均于1958年兴建，1963年竣工，总库容分别为3.2亿和1.8亿立方米。两座水库建成后，有效灌溉面积分别达到27.7万亩和13.3万亩。
驷马山引江综合利用工程由各级枢纽、引江水道、滁河干流上游段疏浚和受益区的各项水利建设组成的综合利用设施的总体，是以引江灌溉为主，结合分洪、排涝、航运等综合利用的大型水利工程。1962年12月动工，1982年基本建成。全部工程分两期进行，1975年以前为第一期工程。以后为二期工程。驷马山引江综合利用工程的主要作用在于，干旱时为中、下游的全椒、滁县、来安等县174万亩耕地提供水源，汛期通过人工河道为上、中游直接分泄洪水入江，减轻中、下游洪水威胁，提高津浦铁路防洪安全，并可降低滁河水位，增加沿河圩区40～60万亩排涝效益，同时还能沟通与缩短滁河干、支流与长江航运里程。经过近20年建设与管理，陆续发挥了效益，灌溉面积230万亩，1978年百年不遇大旱，抽引江水5.88亿立方米，水到之处，一片丰收；1987年7月滁河中游出现1949年以来最高洪水位，沿河两岸50多万亩圩田、城镇和津浦铁路安然无恙。
三、皖河流域
皖河位于大别山东麓，流域面积6450平方公里(含武昌湖水系)，内有长河、潜水、皖水3条主要支流。
皖河流域洪、涝、旱灾频繁，1949年建国后流域下游堤防就进行整修和加固。在下游进行改道工程，在长兴河兴建了花凉亭大型综合利用水库。
花凉亭水库位于太湖县城上游5公里，控制面积1870平方公里，总库容23.98亿立方米，是防洪、灌溉、发电、兼有养殖等综合利用水利枢纽工程。主体包括拦河大坝、溢洪道、泄洪道、引水隧洞和发电厂房等工程。1958年8月15日开工，1962年停工，1970年复工，到1976年汛前全部建成。水库对下游河道的防洪起到很大作用。
1958年10月，开始兴建花凉亭灌区，先在花凉亭水库下游龙山宫修建拦河引水枢纽，灌区分布于长河右岸，跨太湖、怀宁、望江、宿松四县。1972年水电部批准扩建，设计灌溉面积103万亩(1983年配套设计105万亩)，设计引水流量70立方米每秒。以后一边扩建，一边发展灌溉，至1985年完成总干渠长36.7公里，分干渠4条长156.11公里，万亩以上支渠26条长243.65公里。4个县目前实际受益65万亩，其中自流灌溉面积达90%，灌区耕地率由1964年的38%，提高到1985年的51%。
长江支流除上述工程外，还在江南青弋江上游兴建了陈村水库，开发青弋江灌区，以解决皖南丘陵区灌溉问题。陈村水库以发电为主，兼具防洪作用。青弋江灌区目前还在建设之中。