建国以前，一般小型塘坝都是农户自修、自用、自管。圩堤和大塘大坝，有以业主为首的管理组织，设圩董、埂长等职位。但各县情况不一。民国期间，郎溪县设水利工程委员会，区设分会，各圩堤设堤工委员会，各保设塘坝工程委员会，配备堤工巡查员，常驻各乡，督查水利工程。各堤工委员会设圩董、圩差、埂长等职。一般均由地主、富农担任。宣城县佟公坝设有坝公所，配备坝长、坝丁、文书等专司管理。
建国后，对旧有的水利工程管理组织，进行了民主改革，解散了封建势力把持的管理机构，建立受益村代表会议，民主选举新的管理机构。农业合作化后，小型水利工程由户管改为村(队)统一管理，专人负责；跨乡、跨村受益的水利工程，联合组织管理机构；国家投资新建的工程，属全民所有，由政府主管水利的部门组织专管机构。如宁国县东坡坝由9个受益村民组的组长组成管理委员会，推选坝长、会计各1人具体管理。灌区10华里长的干渠，用水统一调配，先灌下游，后灌上游，先急后缓，计划用水，秩序井然。宣城县佟公坝，1950年对坝公所进行民主改革，成立整修管理委员会，1955年改为管理委员会。由于整修后工程效益提高，加上管理有方，1958、1959年虽遭大旱，灌区内农业仍然获得好收成。1961年工程改为全民所有制，县政府设立佟公坝工程管理处，再由受益公社推选代表组成管理委员会，基层以斗渠为单位设立用水管理小组。管理实行“三牌制”，即管理制度牌、用水公约牌和灌水标准牌，效果很好。但在“文化大革命”中这一制度已被废弛。郎溪县自1950年后，千亩以上圩堤都成立了管理委员会，按圩口大小和行政区划分级管理。堤防划段承包，每2公里设一护堤员。圩内涵闸、斗门由堤管会选派专人负责管理。1956年后改为生产队统一管理，1981年后改由行政村推荐人员与堤管会签订承包合同负责管理。宣城县圩堤一般由受益乡、村建立管理委员会负责管理。土改时，不少圩口在堤埂附近留有护堤田，以供岁修取土。如金宝圩即有护堤田305亩。陈村灌区和广德卢村水库是国家建设工程，跨县和跨乡受益，分别由地区和县成立工程管理处负责管理。也有的国家建设工程下放给乡管理，为国有乡营。如郎溪县幸福排灌站和龙须湖水库均实行此种办法。70年代以来，国家兴建的抽水站，大都为国有乡营。到1987年底，全区共有国家管理的工程16个：陈村、宣州佟公坝、泾县青左3个引水灌区，广德卢村和张家湾、宣州塘埂头、郎溪天子门、龙须湖5座中型水库，宣州养贤、水阳、裘公、雁翅、袁村、杨家咀和泾县云岭、广德殷家村8座抽水站。1962年后，地、县水利部门相继设置了水利工程管理所和机电排灌管理站，以加强对工程管理的领导。80年代，随着农村改革的发展，水利工程管理以“加强经营管理，讲究经济效益”为重点，推行基层水利经营管理责任制，涌现出一批管理好的单位，如宣州市佟公坝管理处、五星圩堤管会、团山乡小型塘坝管理，郎溪县天子门水库、幸福圩排灌站，广德县卢村水库及水电站，宁国县刘公坝、白鹿水电站等，分别受到省、地的表彰和奖励。