建国前，本县农作物病虫害基本徒手防治，群众说：“蝗虫打，结虫(稻苞虫)梳，钻心虫(稻螟虫)没奈何。”建国初期，采取“防重于治，治早、治小、治了”的原则，以区农业技术推广站为主体，确定少数人负责指导。在技术上除采用泥水选种、人工扑打外，并采用西力生、赛力散等药物拌种及敌敌涕、六六六等农药防治。1964年，县建立农作物病虫观测站，架设诱测灯、诱测器以及进行虫罩饲养观测等，对稻螟虫、麦粘虫、地老虎、棉红铃虫等系统观察和面上普查。1973年建立县农作物病虫害植物保护植物检疫站，增加对水稻稻蓟马、稻纵卷叶螟、白叶枯、纹枯、飞蝗的观察预报。在防治上，根据“以防为主、综合防治”的方针，除采用有机氯、有机磷制剂外，有机砷(铜、硫)制剂也大量使用。并试用猫儿眼、苦楝、蔓坨萝等土农药，提高对病虫害的防治能力。
一、水稻主要病虫害防治
本县水稻主要有螟虫(三化螟、二化螟、大螟)、稻飞虱、稻苞虫、稻蓟马、稻纵卷叶螟等虫害和白叶枯、纹枯等病害，其中螟虫特别是三化螟危害最烈。民国22年(1933)仅螟害就损失粮食约150万公斤。1963年以后，加强预测预报，采用点灯诱蛾和药剂防治相结合的措施，使枯心率和白穗率大大下降。1980年以后，推广国际36杂交稻等早熟中稻品种，抽穗期提前，三代三化螟得到控制。稻苞虫亦称结头虫，50年代一般以竹扒梳苞、放鸭食虫，60年代根据病虫预报采用药剂防治，基本控制了虫害。飞虱，建国前危害甚烈，据载，民国22年全县因其危害损失粮食420万公斤。解放初危害较小，60年代末复大面积发生。与此同时稻蓟马危害也逐年加重，至80年代每年都发生10—20万亩。稻纵卷叶螟从70年代后期也由三代重发转为二代重发，对这些虫害，60、70年代以六六六粉制成毒土手撒或以1605、苏化203、223、889喷雾防治，80年代以杀虫眯、杀虫霜喷雾防治。
60年代初，随着矮脚南特号水稻引进栽种，白叶枯病开始发生，70年代推广双季稻，形成单早、双早和中稻、单晚、双晚五稻混栽，遂大面积发生。1974年，全县36万亩中稻门叶枯病发生面积达20万亩，减产2000多万公斤。其防治方法，60年代主要采取烤田、撒施草木灰和施用代森铵、抗菌剂401等保护剂，70年代以内吸杀菌剂敌枯霜防治，效果较好，特别是大面积推广抗白叶枯的国际系统稻种，白叶枯病害明显得到控制。但伴随着国际稻的栽种，水稻纹枯病危害也与之俱来，70年代后期常年发生10万亩以上。为此，除注意烤田外，采用稻脚青、井岗霉素、多菌灵等化学药剂防治，效果较好。
二、麦类主要病虫害防治
本县麦类虫害建国前主要为蝼蛄(土狗子)，它啮食麦根造成枯萎。建国后则以粘虫(俗称“五花虫”)为主，它群集咬食麦叶，严重年份可咬断麦穗，60年代中期陆续发现，到末期大面积发生。1970年平安公社兴隆大队、郑集公社川桥大队幼虫密度每亩达2—3万只，使用223、889等化学药剂防治效果较好；麦红蜘蛛、麦蚜虫，每年都有发生，有些年份还比较严重，主要采用药剂防治。
麦类病害主要有黑穗病、锈病(条锈、叶锈、秆锈)和赤霉病等。黑穗病俗称“鬼麦”，它使麦子变黑无子。建国前危害较烈，建国后逐步控制，1973年在秦栏乡乔庄队扬麦1号小麦中发现有鱼腥味的腥黑穗病，其他地区续有发现，后随着种子更换逐步控制，目前危害不大，其防治方法主要依靠人工拔除。麦锈病建国后危害最大，常暴发成灾，1956年全县小麦秆锈病大发生，小麦亩产由上年44公斤下降到9公斤。1973年全县小麦赤霉病伴随麦角病发生，减收120多万公斤，石梁、郑集等地人畜中毒甚多。对锈病和赤霉病的防治，主要采用更换品种的方法。60年代到80年代，由于推广南大2419、万年2号、丰产3号、扬麦3号，并采取深沟平，清沟沥水，结合药剂防治，基本得到控制。毒麦亦有较广分布，主要靠拔除或换种。
三、棉花主要病虫害防治
60年代中期大面积种植棉花后，棉蚜虫除1977年因天敌瓢虫、草蛉密度高受害较轻外，危害逐年加重，采用乐果、1059、1605、敌敌畏等有机磷化学杀虫剂防治，效果较好。70年代初，棉红铃虫危害猖獗，1973年万寿公社一名10岁孩童一早就捕捉0.5公斤多。以磷胺原油和杀虫眯混合防治，既可控制红铃虫，并能兼治棉红蜘蛛。
棉花病害建国前后苗期以炭疽病和立枯病为甚，波尔多液、抗菌剂等杀菌剂农药对控制蔓延比较有效。70年代中期由于调种、引种不慎，发生枯萎病、黄萎病，县棉种场因其危害一度中断原种生产，各地棉田亦相继发生，成为疫区。80年代初，实行水旱轮作，较好地控制了病害，受到省、地有关部门称赞。1977年，在棉花生长到7—10片真叶时发现一种新病——腰折病，但危害不大，目前主要依靠田间管理防治。
四、油菜主要病虫害防治
本县自70年代推广种植油菜后，年年发生不同程度菜蚜和菌核、霜霉等病虫害，尤以1979年为烈，多数田块自上而下无不是虫，造成全株萎缩，籽实空瘪，收获甚微，主要采取轮作换茬、加强田间管理等方法防治。
本县杂粮病虫害主要有黄藤、兔丝子、豌豆象等，通过更换品种，采取轮作等措施，危害已日渐减小。
五、农田杂草防除
县内常见的农田杂草有鸭舌草、三棱草、稗子、牛毛草、婆婆纳、猪殃殃、大巢菜、看麦娘、繁缕、水花生、野莆荠(俗称荸荠)、四叶萍等。建国初期依靠传统的手拔、锄薅、打扒等手段，60年代中期曾以24—D钠盐试用于麦田除草，有一定的防除效果。70年代初以除草醚、五氯酚钠、敌稗试用于小面积稻田除草，效果较好。80年代试用二甲四氯、绿麦隆、利谷隆防除麦田大巢菜、看麦娘等，并以除草醚防除稻田牛毛草等杂草，使用面积较大，成效显著。目前农田杂草的防除仍赖烤田和人工薅除，化学药剂防除仍处于试用推广阶段。
六、蝗虫防治
天长地处高邮湖畔，历史上常因天旱发生蝗蝻灾害。据旧志记载，明万历四十四年(1616)到清雍正八年(1730)曾10次发生大规模的蝗灾，其中有8次为连续两年暴发。蝗灾危害甚烈，据康熙《天长县志》记载：“康熙十年(1745)赤旱，自二月不雨至九月，飞蝗蔽天，锉草作屑，榆皮铲尽，人民相食，子女尽鬻。”
民国时期，蝗害更成为本县最大灾害，民国6年(1917)以后，每2—3年发生一次。民国17年，本县严重干旱，群众从孔家涧放雏鸭捕蝻，经百家荡、耿家尖到高邮，鸭已长成出售。民国33年，铜城一带普遍发现蝗蝻，抗日民主政府发动群众大力扑杀幼蝻，并放鸭食虫，终于在起飞前扑灭。
建国后，本县蝗区重点分布在高邮湖沿岸、白塔河两岸以及沂湖、洋湖沿岸，受灾面积受高邮湖水位涨落影响。50年代几乎年年发生蝗灾，其中以夏蝗为主，最多为1955年，发生面积1.74万亩。防治方法以传统的人工扑打为主，辅以六六六喷撒。1956年秋，在行署统一组织下，开展全县第一次蝗区普查。60年代蝗灾转为夏秋蝗混合发生。1965年发生2.1万亩，其密度每平方米近20头。1966年发生1.9万亩。1967年沂湖秋蝗发生1.3万亩，每平方米密度300头以上，采用手摇喷雾器喷撒2％六六六粉突击扑灭。70年代初期，蝗害较少。1976年持续三年大旱，1979年高邮湖水位下降到4米，蝗区暴露面积8万亩，当年高邮湖沿岸蝗区发生5.6万亩，1980年发生4万余亩，在有关部门支持下，发动群众采用人工喷粉和飞机喷撒相结合，以2％六六六防治，使其未能起飞成灾。