建国前，本地区没有植物保护机构，也无植物保护专业技术人员，广大农民缺乏植物保护知识，以致农村有“蝗虫打，结虫梳，钻心虫没奈何”之说。建国后，党和政府十分重视农作物病虫害防治工作。50年代初，滁县专员公署建设科设立了病虫防治站、治蝗站，配备专业技术干部15人，专门从事植物保护工作，实行以防为主的方针，向农民宣传植物保护知识，指导农村防治病虫害，有效地抑制了病虫害的发生和蔓延，减轻了农业损失。60年代开始推广应用化学农药及其它防治措施，加强了病虫害防治工作。70年代，农作物病虫害防治工作受到各级政府的重视，全地区共建立地、县级植保站、病虫测报站8个，区、公社级病虫测报网点34个，配备专业技术干部76人，开展农民植保员(技术员)培训和咨询服务活动。全地区建立3个农药、药械厂，生产低毒高效农药和喷施农药器械，加强了农作物病虫害防治工作。80年代以后，各县、乡陆续聘用回乡的初、高中毕业生为农民技术员，扩大农业技术队伍。80年代末，每个行政村配备一名农民技术员，经培训后向村民小组传授农业技术。同时在农村实行农业科技系列化配套服务，其中植物保护实行专业化服务，从病虫草害发生的预测预报，确立防治对象田，农药供应，到组织防治专业队，实行一条龙服务。1990年，全地区共有农业技术干部1207人，其中农学植保专业干部为616人，占农业技术干部总数的51%。全地区乡村两级共配备农民技术员2422人，其中由县市聘用的294人。
一、主要病虫害
60年代以前，对本地区农作物危害较大的主要病虫害是:水稻有蝗虫、稻螟虫(三化螟、二化螟、大螟)、稻苞虫(结虫)；小麦有吸浆虫、锈病(条锈、叶锈、杆锈)，黑穗病、毒麦；棉花有蚜虫、玉米螟、棉红蜘蛛(俗称火龙)、棉铃虫、红铃虫；油菜有蚜虫；其它杂粮有蚜虫、食心虫、卷叶虫、豆天蛾、豆杆蝇等。60年代以后，随着生产条件的改变，耕作制度的不断完善，施肥水平的提高，农作物良种的不断引进，农作物病虫害的种类、年际间病虫害发生和发展情况都起了很大变化，各个时期的防治对象亦不同。70年代，对本地区农作物威胁较大的主要病虫害是:水稻有稻苞虫、稻飞虱、稻蓟马、稻纵卷叶螟、白叶枯病；小麦有粘虫、赤霉病(俗称红麦头)、腥黑穗病；棉花有棉蚜虫、棉铃虫、红铃虫、炭疽病、立枯病等。80年代农作物的主要病虫害是，水稻有稻飞虱、稻蓟马、稻纵卷叶螟、白叶枯、纹枯病；小麦有吸浆虫、粘虫、赤霉病、白粉病；棉花有棉蚜虫、棉铃虫、炭疽病、立枯病、枯萎病；油菜有菌抗病、病毒病。本地区地下害虫有蝼蛄、蛴螬、蟋蟀、地老虎(俗称土蚕)等。1980年，全地区水稻稻纵卷叶螟重发，受害面积224.6万亩，占全地区水稻总面积69.8%。7、8月间，二、三代出现三个蛾峰，且一峰大于一峰。凤阳县在三代蛾峰期每亩蛾量高达5303—7878只，超过二代蛾峰期蛾量的9.3倍；防治失时的地方，水稻被害得一片枯白，减产三成左右。1981至1985年，全地区每年发生稻纵卷叶螟面积150万亩左右，防治后仍损失稻谷150万公斤左右。1981年、1982年，全地区棉花棉铃虫病重发，两年共有70.8万亩棉花发生病害，占棉花总面积73.8%，分别减产二、三成。
二、防治措施
50年代中前期，各地贯彻“防重于治，防治并举”的植保方针，在具体实施中以人工除害为主，药剂防治为辅，取得一定成效。50年代后期至70年代中期，贯彻“全面防治，土洋结合，全面消灭，重点肃清”的方针，还提出“治早、治小、治了”“普遍治、连续治、彻底治”的口号，对病虫害的发生规律缺乏认识，发生量不加考虑，盲目地大搞人海战术，轮番大量打药，虽然抓了防治，但是大量地杀伤了病虫的天敌，破坏了生态平衡，污染了环境，春天少飞燕，夏天少蛙鸣，人畜中毒事故时有发生。同时还增强某病虫的抗药性，以至越防治越严重，增加了防治成本。1975年，全地区在6个多月时间内共发生病虫害面积1028.85万亩次，比50年代中前期扩大3～5倍；防治1301.56万亩次，使用农药3366吨，农药中毒1140余人，死亡100余人。70年代后期至80年代，贯彻“预防为主，综合防治”的方针，执行防治指标法，病虫害防治工作更趋科学化。随着农村植保专业化服务水平的提高，防治用药更趋合理，降低了用药量，提高了防治效果。
三、防治方法
(一)农业防治
50年代，本地区普遍推广冬季铲田埂，以减少病虫冬季转株寄生。秋播田对水稻稻螟虫采取拾稻根，或烧或沤制肥料。沤水田则做到冬不淹垡，春不露脊，以冻死、淹死越冬螟虫，降低越冬虫口密度，及时除草病虫媒介。70年代推广“万家灯火”，进行点灯诱蛾，消灭成虫。水稻还采用推广抗性良种，浅水勤灌，中期适时烤田，后期控制氮肥，促进植株老健，增强抗病能力。小麦、油菜、棉花等农作物，则采用清沟沥水，减轻湿害。同时注意合理轮作换茬，适时种植，避开病虫为害期。70年代末至80年代，实行油—稻、麦—稻轮作，扩大中稻，压缩迟中稻，基本上避开了三代三化螟的为害期。实行棉稻轮作，恶化棉花枯萎病病源生态环境，杜绝了病菌繁殖生存。80年代，水稻推广健身栽培法，即稀播壮秧和“小群体、壮个体”栽培方法，控制了水稻纹枯病流行。
(二)化学防治
60年代以前，使用的农药有六六六粉剂、223乳剂、1605、1059等广谱性、剧毒性杀虫剂。70年代后，陆续更换使用杀早脒、呋喃丹、杀虫双等新农药防治水稻病虫害，用药量少，效果好。80年代，普遍使用的农药杀菌剂有多菌灵、敌枯双、杀虫净等；杀虫剂有敌敌畏、乐果、1605乳剂、1059乳剂、甲基1605与六六六混合粉、敌百虫、呋喃丹、杀虫脒、杀虫双等。为了趋利避害，70年代以后，各地对使用化学农药防止病虫害，采取了协调配套措施。首先抓住主要病虫害，一药多治，控制施药次数。水稻病虫害种类较多，且交错发生为害。在三化螟为害的地方使用化学农药防治病虫害时，水稻苗期以防治一化三化螟为主，兼治稻蓟马，转以防治二化螟和大螟。后期以防治三代三化螟为主，兼治其它虫害，做到狠击重点，一药多治，照顾全面。各地在还采取治前控后的方法，先治好“桥梁田”，收到了治点保面、经济用药和保护病虫害天敌的效果。同时注意改进施药方法，80年代，防治秧田稻蓟马由70年代的叶面喷雾改为颗粒剂深施，后又改为拌土撒施，从根部内吸，减少了虫口基数，又保护了天敌。施药器具由原来的大孔径改为小孔径，高水量喷雾改为超低量弥雾，节约了农药又提高了防治质量。
(三)生物防治
60年代开始推广，70年代开始重视，80年代才正式列入防治措施，并取得进展。已利用益鸟、家禽、蟾蜍、青蛙、稻田养鱼和微生物农药防治病虫害，如井岗霉素、公主岭霉素、杀螟秆菌、白僵菌等。1985年，全地区生物防治面积133.42万亩，占防治面积的15.9%，比1975年扩大11倍。
(四)杂草防除
本地区农田杂草繁多，水田主要杂草有稗、芦苇、千金子、三棱草、牛毛草、野荸荠、鸭舌草等；旱田主要杂草有看麦娘、野燕麦、狗牙根、棒头草等。这些杂草与农作物争肥、争水、争光，影响农作物产量，降低农产品质量，其害不低于病虫。对于这些杂草历来是采用人工除草，但用工多，劳动强度大、效果并不理想。50年代化学除草开始在本地区试验，1957年凤阳县皇陵农场麦田采用化学除草获得成功，后试验中断。60年代后期至70年代初期，全地区进行了化学除草多点试验示范，历年示范仅万亩左右。70年代末至80年代初，化学除草面积逐渐扩大，从水田发展到旱田，效果明显，深受农民欢迎；1978年，定远县良种场300亩水稻因草荒单产仅200公斤，其中50亩单产仅有50公斤左右。次年，该场种植水稻400亩，用化学除草的227亩，单产达到近400公斤。1980年，凤阳县城西公社有7000亩农田推广化学除草，彻底消灭了草害，粮食亩产超500公斤。1981年该公社、旧推广化学除草增产粮食120万公斤。1985年，全地区推广化学除草面积172.06万亩；其中水田87.7万亩，旱田84.36亩，挽回粮食损失8600万公斤。
(五)鼠害防治
鼠害是农业生产、仓储、居室的重要灾害之一。尤其是80年代以来，鼠害尤为严重；也引起各级人民政府重视；专门设立机构，配备了干部，指导群众开展灭鼠、查鼠工作。各地采取多种灭鼠方法，主要器械、药剂；同时教育群众保鼠类天敌，搞好环境卫生，铲除鼠类生存繁殖条件，发动群众开展灭鼠活动。1985年，全地区发动343.5万人次参加灭鼠活动，共灭鼠474.96万只，挽回粮食损失4274.6万公斤。