民国年间，本地区农作物品种多系传统的农家品种和地方土种，品种多由农户自选、自留，互相串换，一个品种往往使用多年，种子混杂退化现象严重。抗日战争前夕，滁县良种繁殖场开始进行水稻品种改良，改良品种在滁县、来安、全椒等县推广，面积很少。建国初期，本地区仍沿袭“家家种田，户户留种”的习惯，遇到灾荒，政府适当调进种子进行调剂。为改变农作物品种老化现象，各级政府加强对种子工作的领导，设立种子科研、经营管理机构，开展地方优良品种的选育，引进良种，良种推广工作逐步展开。1952年起，各地组织农技人员和农村干群开始进行农作物地方品种调查、征集、评选工作，至1959年全地区共征集各种农作物品种947份，由当时的滁县专区农事试验场组织评选，共评选出地方优良品种42个，并进行繁育试验和推广。但由于当时的条件所限，试验繁育数量不多。农业合作化时期，合作社普遍建立了“留种田”，生产用种主要是自选、自留、自用，国家择优收购，调剂余缺。人民公社成立后，各县建立了以县良种均为骨干，公社良种场(种子队或试验站)、生产队种子田为基础的三级良种繁育体系。但良种推广仍以外地调入的方式为主，地典、县农业部门每年都要花大量人力、财力到外地调进大量种子分给各地。外地良种的大量引进虽使一批地方土种得到更换，改变了原有品种结构，但多数社放弃了选种留种习惯，依赖引进良种。而对新品种的特性、栽培方法又不熟，加上地区差异、检验不严等因素，结果造成种子混杂，或早熟，或迟熟，不但不能增产，反而带来大量病虫害。1956年，本地区从东北调进大量“青森5号”、“中生银坊”、“卫国”等水稻早梗品种，因地区温度、光照条件差别大，形成早熟，严重减产。1976年，从浙江省引进“广陆矮4号”稻种，农业部门检验发现该稻种有白叶枯病和广尖线虫病，不同意调进，但由于行政干预，人为地将带病种子调进，结果很多地方水稻发生白叶枯病，造成严重损失。同时，在计划经济体制下，由于计划不同，从外调种子是“队里报，县里要，地区调”，经常出现盲目调进，购多销少，结存的种子只得转为商品粮，造成很大浪费。70年代中期，引进种子由地、县农业部门组织种子经营和科研单位到外地进行繁殖、制种，供应本地使用，但成本高。70年代后期，改由地区种子科研单位组织繁育亲本不育系原种，各县选择有隔离条件的县原种场和农村预约种子繁殖基地进行制种，再由县种子公司统一预约收购，供应各地使用。80年代后，本地区农作物常规品种一直实行这种“场提纯、基地繁、农户用”的良种繁殖推广体系。1992年，全地区有预约良种繁殖基地39.72万亩，乡村预约种子繁殖基地4.85万亩。但本地区繁育的良种不能自给，仍需从外地调入，一是解决本地区缺种，二是更新品种，调整本地区种子结构。1992年，全地区从外地调进种子440余万公斤。至此，本地区稻、麦、棉的当家品种和搭配品种已成配套。
一、水稻
建国初，本地区水稻品种多为地方土种，有的品种已使用百年之久，虽具有一定的适应性和抗病性，但植株偏高，基杆细弱，耐肥性差，容易倒伏；加之混杂现象严重，产量较低。1949至1953年，全地区水稻平均单产只有83公斤。1953年以后，农业科研机构和农民先后选育了一批水稻地方优良品种，并从外地引进大批良种，更换了地方品种，改变了本地区水稻品种结构。40年来，本地区水稻良种推广工作大体上经历了土种改良种、高杆改低杆、低抗改高抗、常规改杂交四个阶段。50年代本地区开始推广使用水稻地方优良品种和改良品种，全地区普遍推广的水稻品种主要为南特号、503、莲塘早、芜湖五十子、滁县六十子、浙江短大、中农4号、胜利籼、华东999、小红稻、小冬稻、桂花球、浙大49、浙场3号等，大批地方土种先后被淘汰。60年代，又推广陆财号、矮脚南特、珍珠矮、团粒矮、武农早、农恳57、农恳58等水稻新品种。由于这些水稻品种多为矮杆、粳稻型，推广面积大，到70年代初有的已成为当家品种，因此人们俗称这一时期为“三矮一粳”时期。70年代中前期，本地区大力推广双季稻，播种面积不断扩大，形成单、双季早稻、中稻、单、双季晚稻并存局面，因而水稻品种发生较大变化，各地引进水稻品种较多。本地区普遍推广的水稻品种主要有二九青、二九南1号、矮南早1号、广陆矮4号、圭陆矮8号、红梅早等，这些水稻品种一般茎杆矮而粗壮，耐肥抗倒，品质好，抗灾能力强。1976年，本地区引进杂交水稻试豆种，1978年全地区推广杂交水稻播种面积为6.7万亩；此后逐年有所增加。70年代末至80年代初，本地区大力推广普及耐肥抗倒、增产潜力大的矮杆水稻新品种，且具有抗白叶。枯病和稻瘟病的能力，主要推广的水稻新品种有国际26、国际36、汕优6号、密阳23等。境南稻作区四县除推广矮杆早籼良种外，晚稻则推广耐肥抗倒、品质好的粳型水稻良种。70年代末，植株高、茎杆细、不耐肥、易倒伏的水稻品种几乎绝迹。本地区在推广杂交水稻过程中，主要是大力推广杂交水稻及其高产杂优组合为主的良种，其中汕优6号水稻新品种于1979年被确立为当家组合。1984年，引进水稻新品种汕优63，经过区域试验示范表明，该品种比汕优6号增产15%左右，中熟、抗性中等、米质好、高产稳产。1985年在全国第一次优质米生产座谈会上，汕优63和密阳23被评为优质稻品种。1986年，全地区大力推广优质稻，优质稻种植面积达280万亩，其中汕优63种植面积为134.5万亩，密阳23等其它水稻种植面积为145.5万亩。1987年，汕优63的种植面积达到22702万亩，占杂交水稻面积78.7%，从而取代了汕优6号，成为全地区新的当家组合，之后，种植面积逐年增加，1990年发展到385万亩，占杂交水稻种植面积95%以上，其间搭配种植的水稻品种有汕优桂33、汕优64、协优64、协优63、D优63、汕优69、协优78039、广优青等。随着杂交水稻的大力推广，水稻品种结构发生很大变化，中稻种植面积逐年扩大，新品种不断引进推广，早稻面积和品种逐年减少，1988年以前本地区推广的早稻主要品种为原丰早、广陆矮4号、红梅早等。1989年以后各地很少种植早稻，大多数早稻品种随之消失。1991年国家提出发展“一优两高”农业，水稻引种目标转向优质、高效、高产的新品种。1992年，本地区推广应用的水稻品种为汕优63、汕优72、协优63、汕优64、镇稻1号、6优1号、6优21号、秀山664、协优64、武育粳3号、协优78039、汕优69、广优青、密阳23、杨辐糯1号等。
二、小麦、大麦
建国前，本地区小麦品种混杂退化严重，生产水平很低，素有“午季小熟”之说。50年代初期，本地区推广的小麦品种主要有三月黄、大黄皮、中农28、南大2419、骄英1号等改良品种。50年代后期至60年代，推广的小麦品种有碧玛4号、矮粒多、吉利夫、万年2号、丰产3号等，这些品种具有高抗病能力。70年代，推广扬麦1号、华东6号、扬麦3号、鄂麦6号等小麦良种。80年代，境南与境北因地理位置和气温差别，推广的小麦品种各异。1986年，境内江淮分水岭之南稻作区以推广春性品种扬麦3号、扬麦4号、扬麦5号等为主；搭配品种有宁麦3号、宁麦6号、鄂麦9号等。江淮分水岭北的麦产区以推广半冬性品种为主，主要品种有西安8号、安农1号、郑引1号、偃师9号、博爱7422、812、马场2号、泰山1号、滩麦9号等；凤阳县还推广了凤阳8116、丰产3号、矮丰3号等。1987年后又引进小麦新品种，推广面积较大的新品种有温麦5号、陕农7859、农鉴一等。后因农鉴一在凤阳县发生检疫性全蚀病而被淘汰。90年代初推广的小麦新品种有宿育1号、鄂恩1号、冀麦5418等。1992年，全地区实现了小麦良种化。江淮分水岭南稻作区以扬麦系统春性红皮品种为主，播种面积174万亩，占良种播种面积62.4%，其中扬麦5号播种面积为137.4万亩，成为本地区小麦当家品种。搭配品种有扬麦158、扬麦6号、扬麦85—85、以及少量扬麦4号。全椒县种有少量半冬性品种温麦5号。江淮分水岭以北的麦产区主要推广半冬性和冬性白皮品种，推广的小麦品种有矮丰3号、博爱7422、陕农7859、豫麦13、冀麦5418、豫麦17、百农3217、西安8号、鲁麦13等。
本地区在70年代以前先后推广的大麦品种有早熟3号、芒大麦、三月黄等。80年代以后推广的大麦品种有盐辐矮早三、苏啤1号、西引2号、蒙克尔等。
三、玉米
50年代以前，本地区玉米以早、中熟硬粒品种居多，主要品种有白马齿、金皇后、小金黄等。60年代推广生育期较长的春玉米，主要玉米品种有串窝子、火燥子、隧石等。60年代末至70年代主要推广杂交玉米品种，并建立健全了玉米杂交品种繁育，制种推广体系。推广的玉米杂交品种肯双跃3号、新单1号、丹玉6号、烟三6号、丹玉13、丹玉11、丹玉14、掖单13等。杂交玉米品种播种面积占全地区玉米播种总面积的70%以上。80年代后制种体系取消了，杂交种播种面积逐年减少，大部分使用杂交品种的后代种。推广的玉米品种为丹玉6号、苏玉1号、中单2号、丹玉13，杂交优势退化，玉米质量下降。1992年本地区推广使用的玉米品种有丹玉13、掖单13、掖单4号等。
四、棉花
建国前，本地区种植的棉花主要是中棉，俗称小籽棉。50年代初期开始推广改良棉种陆地棉和岱字棉15号，到50年代末中棉全部淘汰。60年代，先后推广鄂光棉、滁棉13号、肖县107、鲁棉1号、徐州514等棉花新品种，但这些棉花品种的产量和品质均低于岱字棉15号。因之，本地区仍以岱字棉15号为当家品种。各地不断对岱字棉15号进行提纯复壮，产量不断提高，该品种一直在本地区广泛使用。1986年后推广的棉花品种有岱字棉15号、岱字棉16号、徐州514、泗棉2号。1987年引进徐州553、沪棉3154；1989年引进中棉12，该品种产量高，品质好，很快发展为本地区棉花主要品种。1992年中棉12推广面积20.6万亩，占全地区棉花良种面积60%；推广的其它棉花品种有中棉16、皖夏棉1号、泗棉2号、徐州553等。
五、油菜
50年代，本地区各地油菜品种不同，但多为白菜型地方土种，只有滁县花子油菜在滁县、全椒、定远县种植面积稍多。60年代初开始引种胜利油菜等甘兰型油菜品种,70年代在本地区全面推广，但面积只占全地区油菜面积30%左右。70年代末至80年代初期，甘兰型油菜品种推广面积逐年有所增加，推广的甘兰型油菜品种有滁油1号、宁油7号、当油早1号、广清086、滁油3号等，白菜型品种有稀水白、武油1号、三月黄、含山油菜、全椒花籽等；但全地区油菜仍以白菜型品种面积居多，1987年起，本地区重点推广甘兰型油菜，其播种面积逐年增加。1986年本地区开始引进甘兰型油菜新品种秦油2号，经过三年时间的多点试种示范，该品种表现出适应性强、抗逆性强、丰产性好的优势，因此，1989年在全地区推广种植1.6万亩。由于秦油2号增产显著，深受群众欢迎，很快在全地区推广开，其推广速度是历来推广速度最快的一个品种。1990年，本地区推广秦油2号面积为37.5万亩，1991年猛增到109.3万亩，占全地区良种油菜面积85%，成为全地区油菜当家品种；其间搭配油菜品种有中油821、滁油3号、滁油4号、广德086、KW—33、稀水白、武油1号、池油8663等。
六、花生
50年代以前，本地区花生都是当地农家品种，多为蔓生型(俗称睡秧子)、直立型(俗称站秧子)品种。60年代引进山东伏花生新品种，全地区大面积推广应用。70年代引进白沙1016，80年代引进海花1号、花28、粤油116等新品种。1989年，山东伏花生因易感青枯病、叶斑病，种子冬眠期短等原因而被淘汰。1992年，本地区推广种植的花生品种主要为白沙1016、花28、粤油116等，其中白沙，在全地区推广种植面积为26万亩，占全地区花生种植面积的62%，成为本地区花生的当家品种。同时引进的花生品种有鲁花9号、白沙13、粤油169等。