一、封建政权驻军
东汉建安十七年(公元212年)七月，孙权令据濡须水口筑濡须坞，屯兵以拒曹操。建安十八年正月，曹操以40万众攻濡须，权率众御之，相守月余，操撤军还。建安二十年春，曹操击孙权，权在濡须口筑城拒守。
南北朝时期，齐东昏侯永元二年(公元500年)，豫州刺史裴叔业以寿春降北魏，齐遣护军将军崔慧景，征虏将军萧懿督水陆众军西征，懿率众三万屯于小岘。梁天监三年(504)，北魏围合肥，梁冠军将军郑绍叔督众军镇守东关。梁承圣元年(552)十月，梁将王僧辩遣部将侯、张彪、裴之横于东关筑垒屯兵，以御北齐之师。
绍兴三十二年(1162)，南宋将领于昭关依山筑城，屯兵以遏金人。隆兴二年(1164)九月，金兵犯境，南宋都统王彦率师渡江屯昭关，以抗金兵。十一月，金兵陷濠州(今凤阳)，王彦弃昭关遁。
清康熙三年(1664)，和州知州杨继芳奉总督部院议，分标下游兵营驻西梁山镇兵目四员给含山县：一名督兵守县城四门，一名驻运漕镇，一名驻铜城闸，一名驻再安镇。康熙二十年，改设外委把总一员镇守县城，其他三镇如旧。雍正二年(1742)，奉总督部院委哨官黄鸣珂驻含山县城，领官兵12名，营马2匹，“巡查仓库城池，盘诘奸宄，缉拿私贩，接护过往饷鞘。”光绪三十三年(1907)六月，清政府改革兵制，新订巡防营制，县内官兵隶属两江总督节制下的安庆协游兵营统辖。
二、民国驻军
民国15年(1926)冬，直鲁联军第七军一部盘踞含山。民国16年5月，第七军被国民革命军击溃，向北逃窜。
民国16年5月，国民革命军第七军(军长李宗仁)、第十军(军长王天培)、第四十四军(军长叶竞秋，又名叶开鑫)各部，由芜湖渡江，分路讨伐直鲁联军第七军。渡江后，迅速占领运漕、含城等地。
民国17年9月，含山由国民革命军第四十军改编为第八师(师长朱绍良，副师长毛炳文)负责防卫。民国18年春，新编第一师(师长岳维俊)所属第一旅驻防和县、含山。
民国26年(1937)冬，桂系第二十一集团军(司令李品仙)一七一师(师长漆道征)驻防含山。民国27年4月26日，日军第一次侵占含城，一七一师退往古河一带。属第五区专员兼保安司令领导的保安第一团、保安第二团和“江(浦)和(县)含(山)联合办事处特工队”，在和、含、巢北部山区及全椒县驻守。民国27年4月，一七一师一个连兵力驻守昭关。12月，省保安第二支队第三营营部及九连驻陶厂、其十一连驻运漕。民国28年春，第五区第十游击纵队司令部驻含北邱家花园(与古河隔河相望)。含城驻有该部二、三两个支队。民国29年4月，日军“扫荡”含城时，二支队、三支队败退含北。
民国30年8月，仙踪驻有一七一师一个连及第十游击纵队二支队的一个中队，昭关驻有二支队的一个中队。民国31年春，昭关驻一三八师一个连。民国33年5月，国民党成立统一指挥滁(县)、来(安)、定(远)、全(椒)、凤(阳)、嘉(山)、和(县)、含(山)8县军务的皖东指挥部。该部一七一师五一三团第二营驻仙踪。民国34年7月，二十一集团军第七军副军长李本一率五一三团、五一五团和第十游击纵队二支队及省保安三团，占领了含山大部分集镇和乡村。8月，日本宣布无条件投降，李本一率军抢占含城。
民国35年秋，国民党设和、含、巢、合(肥)四县联防区。属其建制的省保安第六团团长钟经麟兼含和“剿匪”指挥官。民国36年，省第九区专保公署副司令吴树森兼任含巢合三县指挥官。民国37年4月，成立合巢含全四县边区联防区署，县内“防务”主要由县自卫队担任，省保安团有时流动来县“清乡”。
附：日伪驻军
日军于民国27年4月26日第一次侵占含城，5月14日侵占铜城闸，17日侵占运漕、三汊河。9月20日，日军因西侵而暂时撤离含城，但淮南铁路沿线之铜城闸、王山头、长岗集、眠山头、东关、一桥(寺岗)、二桥、林头、三桥、四桥等地仍驻有日军。民国29年，有些小据点改由伪军驻守，但主要集镇既驻有日军，也驻有伪军，其中如铜城闸驻日军50余名，伪军10余名，东关镇驻日军40余名，伪军10余名。运漕、三汊河于民国29年5月第二次沦陷后，一直驻有日、伪军。民国30年7月，含城第二次沦陷后，柘乌公路含山境内各据点便常驻日、伪军：含城驻日军一个分队，伪军一个营；清溪镇驻日军一小队，伪军一个连；祁门站附近之胡厂村、十字路附近之刘塘岗、清溪西边与巢县交界之烟囱口，以及张公桥、巴巴店、陶厂、关门镇、铜城庙等地，均各驻伪军数十人。民国30年，驻含日军番号是一三三联队，联队长松山，其总兵力共约3000人，分驻巢县、含山，庐江、无为及贵池等地。民国32年日军部署在和含巢一带的兵力是十五师团高田联队，其中一个大队守备裕溪口至巢县段淮南铁路沿线各据点，另一个大队分布在三县的各重要据点。日伪第一方面军第六师沈席儒部主要驻拓乌公路沿线；伪护国救民独立师刘子清部主要驻淮南铁路沿线及运漕镇(团部驻巢城)。民国33——34年，驻含城日军为原田大佐部，驻淮南铁路巢含和三县各据点之日军为一一四师团之一部，共400余人，另有日伪第一方面军第四师王占林部1000余人。
三、人民军队驻军
人民军队在县驻军始于民国20年7月。是年7月驻无为的中国工农红军第三游击纵队一部曾来含山运漕一带活动。次年，到铜城庙、东关、运漕一带活动，不久转移出境。
民国27年春，东北流亡抗日挺进队，由皖西东进，于4月到达巢、全、含、和、合几县交界处的黄山一带，开展抗日救亡宣传和武装斗争。
民国28年11月，新四军江北游击纵队一大队从无为开城桥出发，越过淮南铁路，到达含和地区的陶厂、南义一带，开辟含和抗日游击区，沟通皖南新四军军部与新四军江北指挥部的联系，发展抗日武装。民国29年3月，新四军江北指挥部将江北游击纵队一大队与地方武装合并组成江北游击纵队新编第七团。新七团建制内的八连和九连由含山地方武装组成。4月21日，国民党桂系军队集结兵力四千余人，分三路突然袭击驻无为照明山地区的新四军江北游击纵队司令部机关。战后，江北游击纵队司令部、皖中军政委员会和中共舒无地委被迫撤至含山县小庙岗，随后转移到皖东津浦路西地区。
民国30年11月，新四军第七师五十七团一部与和含地区游击队合编，组建含和指挥部。指挥部以小庙岗为依托，活动在淮南路以北、太湖山以东、张公桥以南地区，恢复了以陶厂、南义为中心的含和游击区。
民国31年4月，新四军第七师五十七团一部在政委马长炎率领下到含和地区，奉师部令撤销含和指挥部，成立第七师含和独立团，将含和武装力量组成独立团一、三、五、七四个连，其中一连是由含和独立连整编的。
民国32年春，新四军第七师主力实行地方化。在含和地区以含和独立团为基础，与五十五团一部组成含和支队兼含和军分区。支队下辖四个大队，含巢大队、独立大队驻本县。民国33年10月初，为适应战略反攻的形势，遵照第七师师部指示，含和支队以独立、江全两个大队为基础，重建含和独立团。民国34年9月，日本投降后，为争取国内和平，制止内战，含和支部及部分地方干部奉命北撤。民国35年春，定(远)、滁(县)、全(椒)支队司令吴万银率领所部约200人，到含北西峰庵一带活动，组织游击队，开辟革命根据地。
民国37年4、5月，由马长炎率领的华东野战军南下先遣支队一部及由顾鸿率领的独立大队进入和含地区。6月7日，顾鸿部200多人在地方武装配合下，在含山陶厂至和县司常庄一带全歼国民党保六团。
1949年元月，南下先遣支队和含山地方武装相互配合，解放了含山全境。4月1日，第三野战军三十五军七十三师由全椒赤镇地区出发，向和含集结。3日进入铜闸沿江一线，担任本军渡江作战第一梯队。21日，大军胜利渡过长江，先遣支队随大军南下。
1968年10月，中国人民解放军南京军区后勤部雷达营进驻县长岗乡小马山地区，于1989年6月撤离。