一、航道
县境航道里程208.3公里，通航里程144.8公里，其中季节通航里程14.7公里。
裕溪河
上起清溪河口，下至三汊河口，全长40公里。是县境水上运输的主要航道，经多次疏浚，达五级航道标准，可常年通航2000吨级船队。
得胜河 自含城至张公桥长8公里，是环峰、九连、东山、褒山、张公五乡镇水上运输的唯一通道。夏秋两季，河水上涨时，可通航20——30吨船舶；冬季枯水季节通航困难。1970年，下游金河口节制闸建成，因未建过船设施，河道与长江隔断。
清溪河
河道上桥梁、节制闸多，通航能力受限，曹家坝至清溪河口中水位时，可通航40吨以下船舶。
滁河
自全椒县古河至八字河口，长14.5公里，原属季节性航道，枯水季节只能分段通航。1969年至1976年，经皖苏两省联合整治，滁河由乌江节制闸调节水位，可常年通航50吨级船舶。
方山河
1972年以前，是福山乡粮食外运的主要航道，7至8吨驳船可季节通航，后开挖新河道，虽利通航，但由于跨河桥梁影响，仅季节通航10吨以下小船。
鲁桥河
自鲁桥至荡子圩，长7.75公里，可常年通航15吨左右船舶。
牛屯河
自铜城新闸至荡子圩，长7.5公里，1966年5月，在老铜城闸上游约2公里的牛屯河口水古庙，建造一座节制闸——铜城新闸。1973年，在下游和县建新桥大闸，两闸均无过船设施，江河为之阻隔，不能直接通航，中水位时，闸内水深2米，能通行15吨船舶。 其他河道因浅弯或桥坝影响，一般不能通航或只能季节性通行吨位较小船舶。
二、港口码头
运漕港
位于裕溪河北岸运漕镇，晚清时期，运漕镇是清政府储备公粮的要地之一，为含山、无为、和县三县交界地商业中心。港岸线长1公里，水域面积5万平方米，陆域面积1200平方米。1988年有候船室104平方米，售票室和客附室各一间共12平方米。
运漕港客运码头建于1952年，址在运漕东河沿。1973年，因河道疏浚，改在西河沿重建，码头为钢筋混凝土栈桥式，长5米，岸线长25米，两侧护岸砌成台阶码头各3.3米宽，32级到底，配有24米长水泥趸船一艘，供旅客上下。
社会码头建于1972年，县水利部门在护岸工程中，于原大、小码头及粮站、酒厂、航管站、油厂、中学、燃料公司等八处，分别砌有2——3米宽码头，斜坡上每隔10米安装一个铁环，供船舶停靠系缆用，现除大、小码头外，其余皆为单位专用码头。
运漕港出口货物以粮食、酒、砂轮、农副产品为主，进口货物有百货、化肥、煤炭、食盐、石油及农用物资等，港口年吞吐量5.4万吨。
东关港
濒临裕溪河北岸东关镇，港岸线长1公里，水域面积9000平方米，陆域面积370平方米。东关港客运码头，长24米，左右陡坡平台，中间3米宽台阶到底，配有24米长水泥趸船一艘。货运码头有四座：1、河沿码头，在客运码头右侧，长70米，宽30米；2、太平桥码头，长40米，系东关搬运站大水期间的备用码头；3、黄石山码头，位于东关镇西北，1973年建，80吨级船舶可常年停靠；4、刘湾村码头，位于东关镇西南刘湾村，1986年建，码头岸线长100米，常年可停靠30吨级船舶。东关港货运物资种类主要有：水泥、石料、钢材、陶瓷制品等。
林头港
位于林头镇，裕溪河北岸，水域面积900平方米，陆域面积600平方米，港口与林头火车站相连。客运码头，系混凝土台阶式，长18米，宽10米。
自然岸坡码头，位于林头火车站附近，岸线长200米，高水位时，可停靠50吨级船舶，低水位时，仅能停靠20吨级以下船舶七八艘。港口年均客运量约1万人次，年均货物吞吐量1.5万吨。
铜闸港
位于牛屯河西岸铜闸镇，是裕溪河后河入牛屯河的咽喉，因桥、闸限制，航运受阻，港口岸线长3公里，水域2500平方米，陆域面积1200平方米，港口内为自然岸坡码头和简易台阶码头，港口货物年均吞吐量1.5万吨，年均客运量约1万人次。
含城港
位于南门得胜河北岸。岸线长200米。民国25年(1936)始有机动船，不久仍为木帆船，80年代客运是机动水泥船，由县航运公司和一个体户每日分别开行两班和一班，日均客运量500人次，货物吞吐量年均2万吨。1966年，县木材公司在东门登科桥附近建一座专用码头。
清溪港 位于清溪镇，为自然岸坡码头。建国前，港口运输较多，后随柘乌路修建及河道受阻而衰竭。陶厂港位于陶厂镇南1公里，鲁桥河畔，岸线长50米。自然岸坡码头，年货物吞吐量近万吨。
三、运输工具
客运工具
由芜湖开往合肥、无为等地航线的轮船，清末民初，船体大多为木质结构，少数为钢质船，以蒸汽机作动力(个别的使用汽油机)，最大吨位56吨，最小吨位19吨，载客量最多164人，最少的43人。在裕溪河私人经营短途客运的船只大都是三五吨的木船，以挂帆、人背、撑篙作动力，一次能载一、二十人，设备较差。民国25年(1936)春，得胜河内有私人汽船从事含山至和县水上客运，一次载客20人左右，不久停运。
建国后，水上客运条件逐步改善。70年代，客轮全部改为钢质结构，以80至120马力内燃机作动力，航速加快。客舱宽敞明亮，安全舒适。
1985年以后，水上“农运客班”开始出现。船只大多为5至30吨位，船体有木质、水泥质、钢质。配以12至24匹马力挂浆机作为动力。船舱上盖有篷顶，舱内有座位，一次能载客二三十人。
货运工具
1966年以前，县境水上货运工具主要是木帆船，木帆船以风力和人力为主要动力，船型杂、吨位小，安全性能差，船型既有本省各地建造的焦湖划子、麻油壶、五舱子等，也有湖北的鸦尾子、五粮舟、实稍子等，江西省的江西船、江苏省的网船、鱼船等20种类型。
1961年5月，县境共有各类船舶219只，船型20种，最大吨位30吨，最小吨位5吨。1972年以后，水上运输机械化(拖带化、挂机化)发展较快，靠人力和挂帆航行的木帆船，逐步消失。
1975年，巢湖行署交通局和地区航运局为了全面实现水上运输机械化，先由含山县航运公司在江苏沙洲县引进挂浆机28台，安装在8至10吨木帆船上，并附拖2艘木帆船，总吨位不得超过30吨，在内河航行试拖，一年后，巢湖地区航监处批准核定，在全区各县水上推广。到1978年，取消挂机船拖带化。单船普遍使用挂浆机。
挂机船体结构有木质、水泥质、钢质三种，最小装载吨位5吨，最大装载吨位85吨，挂机船以单船航行为主，自由灵活，航速快，稳定性好，运输效率高，适宜于内河、长江、湖泊航行。
县航运公司
1956年有木帆船269艘，总吨位2040；1967年有木帆船175艘，2152吨位，拖轮1艘，48吨位；1973年有木帆船107艘，1157吨位，拖轮4艘，368吨位，货驳45艘，1235吨位，货轮1艘，60马力，35吨位；1979年有客轮2艘，24马力，客座110，拖轮6艘，623马力，货驳114艘，2410.5吨位，货轮3艘，120马力，85吨位，挂机船24艘，288马力，219.5吨位；1988年有客轮3艘，48马力，165客座，拖轮6艘，820马力，货驳53艘，3942.5吨位，货轮1艘，20马力，60吨位，挂机船84艘，1540马力，2638吨位。
1988年全县乡(镇)社会船舶情况统计表

四、水路运输
清末、民国及建国初期，航行于裕溪河的客运轮船，船体以木质为主，以风力、人力为主要动力。60年代中期以后，水上运输机械化(拖带化、挂机化)发展较快，以人力、帆力为主的木帆船渐少，钢筋水泥船渐多，80年代水运企业船舶向钢质化发展。
建国前，客运主要集中在运漕、东关一带。1949年后，水上客运发展较快，主要分布在裕溪河、牛屯河、得胜河上，航线为；运漕——东关——林头——巢湖市；铜闸——荡子圩——鲁桥；含城——张公桥，每天定时航行。
1949年，全县港口货物吞吐量6.5万吨，1956年，县木帆船运输合作社成立，从事专业运输的个体都走上集体化道路，1957年——1966年十年间，年均货运量12万吨；1978年，货运量20.55万吨，周转量1883万吨公里；1988年，货运量22.7万吨，周转量7800万吨公里。
建国前，县境水运货物主要为粮食、食盐、石料及五金杂货等。建国后，工农业生产不断发展，水运大宗货物以砂石、水泥、石灰等建筑材料和矿产品出口为主，粮食次之；进口有化肥、农药、机械、钢铁、煤炭、木材等。
1950年，华东联运公司皖北区公司在县境设立运漕联运站，办理水运、汽车、铁路、人力车等水陆运输货物联运业务；同时在含城、铜闸分设两个联运组，联运实行一次托运，一票到底，统一结算，全程负责，取货上门，送货到家。1953年，运漕联运站与运漕航管站合并。
县内水上运输，除县航运公司外，还有“县渔业开发公司”、“黄墩乡水上运输公司”。前者由海口乡渔业大队于80年代初开展多种经营转化而来，后者由黄墩乡个体船舶入股组成。
县轮船客运实绩表

五、渡口
县境内河道纵横，渡口遍布各条河流。1961年7月有渡口33道；1980年11月为41道；1984年10月为40道；1987年6月则为38道，其中裕溪河7道，裕溪河后河9道，得胜河9道，清溪河6道，滁河3道，牛屯河2道，昭关水库1道，和平水库1道，另有邻县始发渡口8道。渡运工具，一般是1吨左右小木船，少数为大盆。80年代有水泥质及钢质渡船。