一、地表水
县年平均降水总量10.69亿立方米，年径流量246.8毫米，年径流总量2.55亿立方米。人均占有632.4立方米，亩均占有601立方米。低于全国(人均2630立方米，亩均1506立方米)、全省(人均1283立方米，亩均922立方米)和长江流域(人均2800立方米，亩均2600立方米)的水平。高于淮河流域(人均480立方米，亩均260立方米)的水平。
地表径流调节，主要依赖于水库、塘坝。全县共有水库48座，其中1000万立方米以上库容的中型水库3座，小型水库45座，塘坝16962处(口)，丘陵山区蓄水面积44.14平方公里，蓄水量7510.8万立方米。全县蓄水面积54.41平方公里，蓄水总量1.19亿立方米(包括圩区沟河3194万立方米)，占地表径流总量的46.7％。平均每亩耕地可供水量280立方米，为需水量(农业灌溉定额每亩需水量600立方米)的46.7％。5——10月是农业用水季节，尤其是6、7、8三月更为突出。由于蓄水工程容量小，水资源浪费严重，利用率仅为40％左右。
根据耕地灌溉率和作物综合毛灌溉定额，对全县丘陵山区进行供需平衡计算：蓄水工程含北比含南好，但含南引用过境水的条件比含北优越。当50％保证率时全县可保丰收；当75％保证率时，含北含中利用现有提水设备调节，可保丰收，含南缺水429.6万立方米；当90％保证率时，全县缺水3421.9万立方米；当95％保证率时，全县缺水8967.5万立方米。利用当地地表水资源只能维持偏枯水年(75％保证率)用水。如果要求达到枯水年(90％保证率)的用水标准，尚需大量引用江、河水补给和兴建配套工程。
县境河流属长江水系，有滁河、得胜河、清溪河、牛屯河、裕溪河5条主干河流和25条支流。滁河、得胜河、牛屯河、裕溪河皆通长江；清溪河入裕溪河，全程在境内。县境内5条主要河道长93.71公里，流域面积1032.8平方公里。
滁河
滁河位于县境北部，又名“后河”。发源于肥东县，自小金庄流入县境后，以中流为界，北属全椒县，南属含山县。治理后的新河，自小金庄入境东南流，经河南刘至大萧村，折向东至柴湾进入全椒县。境内河道长10.6公里，流域面积250.1平方公里。
得胜河
得胜河发源于县西北部巧脉岗、横龙铺及西南苍山，境内河道长10.9公里。县内流域面积219.8平方公里，占全县面积21％。
牛屯河
牛屯河系天然古河道，汉朝以前就已形成，属“古濡须水支津”，其入江口称“牛渚”，为古代江淮战略要地。三国时，因周瑜自溧阳移兵屯牛渚，遂得名。
牛屯河发源于县南太湖山、乌龟山、石门山等地。主河道起自铜闸镇南水姑庙，经铜闸镇北流至姑庙桥，折向东进入和县境内。其支流有铜庙河、鲁桥河、东河。境内河道长7.54公里，流域面积123.1平方公里。 清溪河
清溪河位于县西南部，以河水长清而得名。源于长山南麓，由巨兴集南流至清溪镇，汇横龙铺及苍山西麓来水，西南流至东沈村入裕溪河。河道长25.38公里，流域面积175.6平方公里，占全县面积17％，
裕溪河
裕溪河位于县南部，亦名漕河，古称濡须水，是含山与巢湖市、无为县界河，又是巢湖唯一入江水道。自巢湖闸流至东沈村，进入县境，东南流经东关镇、运漕镇，由三汊河出县境至裕溪口入长江。境内河道长39.29公里，流域面积264.3平方公里，占全县总面积26％。
二、地下水
县境有泉水多处。主要有：昭关的马跑泉、太湖山的飞锡泉、东关的卓刀泉、白石洞泉、褒山的女儿泉、白龟泉、谢集乡的陈村汤泉、六宕山的三石板泉、清溪镇的西王汤泉、张公乡的泉水井等。少数地方将地下水充作部分生活用水和工业用水。褒山华阳、巨兴姚垄、半湖汤山、东关毛滩、张公泉水井等地枯水年曾利用地下水灌溉。
据安徽省321地质队1985年提交的地质报告：县城南、东山水库下游，侏罗系沉积盆地以南及其盆缘附近的下伏地层二迭系下统栖霞灰岩，是县城地区主要含水层，所含地下水为岩溶、裂隙水。含水层富水性强，平均渗透系数KCP为2.85米／日，单位时间内涌水量为1.221～1，457升／秒米，矿化度0.352～0.379克／升，PH值7.1～7.2，水化学类型为HC03——Ca型，有待开发利用。