建国前，本市卫生事业落后，机构不健全，医务人员少，西医传入较迟。民国23～38年（1934～1949），巢城有教会办的普仁医院1所，院址在现巢湖量具厂内，设病床20～30张，医务人员十余人，不分科室。前期院长魏慕华（山东人，齐鲁大学毕业），后期由张文林代理。医生有袁冠英、孔础恒、孔光佑等人。以治内科疾病为主，也处理一些难产手术。该院于巢城解放时停办。日伪期间，巢城设有公办卫生院1所，院址在北大街，院长郑志鹏（南京人）。抗日战争胜利后，县办卫生院继续开设，直到民国38年巢城解放。院址在东门城外。先由葛柏林任院长，后由张良士继任，医院人员不足10人，实际相当1个诊所，只可治些小伤小病。此外，民国34～38年，还成立有医师公会（会长孔础恒）和中医公会（会长汤笠夫）两个医务组织。开展一些轮流施诊活动。建国后，逐步建立起各级卫生机构。
一、血防领导小组
1956年，成立巢县血防领导五人小组，作为常设机构，领导全县血防工作。血吸虫病流行区的区、乡、行政村建有相应的领导组织。1960年前后，浮肿病严重，血防领导小组和爱国卫生运动委员会合并成立除害灭病领导小组，重点开展浮肿病和妇科病的防治。1963年以后，恢复血防领导小组。“文化大革命”初期机构瘫痪。1970年重建。1983年底随着血吸虫病被消灭，改为地方病防治领导小组。
二、血防站
1956年3月成立巢县血吸虫病防治站，行政业务人员共54人，下设银屏、槐林两个防治组。1957年人员增加到75人，增设半汤、夏阁、司集血防组。1959年2月，县血防站与防疫站合并为地方病防治站，下设血防股。1962年两站分开，恢复巢县血吸虫病防治站建制。1968年底机构再次撤销，血防干部陆续下放到血吸虫病流行社队。1970年4月，重新组建县血防站，编制35人（实有20人），下设高林、槐林、半汤三个血防组。1980年后，工作重点逐步转为消灭血吸虫病后的疫情监测和地方病防治。1983年人员增加到64人，设人秘、血防、地方病三个股。
三、卫生防疫站
1954年前，在县卫生院设卫生防疫股，承担爱国卫生和卫生防疫工作。1956年1月，防疫股分出，成立县卫生防疫站，人员7名。由县卫生院统一领导。1959年与血防站合并成立巢县地方病防治站，内设防疫股。1962年恢复成立巢县卫生防疫站，人员9名。1963年后增添化验室，人员增加到15人，分设两组（卫生、防疫）、一室（化验室）。1964年增建化验室4间，配备了部分大型化验器械，开展冰棒冷饮测定、血钾测定、流脑带菌检查等检验项目。1968年底机构撤销，人员全部下放。1971年6月，重新组建巢县卫生防疫保健站，编制27人。1974年防疫、保健分开，成立巢县卫生防疫站。1985年人员增加到49人。设四科（防疫、卫生、食品卫生、检验）、一室（办公室）和专科门诊部。新建检验办公楼1幢，面积400平方米。可正常地开展传染病的病源检索、食品理化检测、细菌学检验、水质分析、毒物分析等项工作。
四、妇幼保健站
县保健站于1952年成立，有工作人员4人，下设柘皋、槐林2个分站，各有1名工作人员，主要任务是培训接生员，推广新法接生。1959～1961年期间，重点开展妇科病查治工作。1965年，人员增加到31人，主要指导基层妇保人员。1968年机构撤销。1971年重新组建巢县卫生防疫保健站，固定人员开展妇幼保健工作。1974年单独成立巢县妇幼卫生站，兼管计划生育工作。1977年后，成立专门机构负责计划生育工作，妇幼卫生站仍负责妇保工作。至1985年，有工作人员17人，设有妇保组、儿保组、办公室和门诊部，除指导基层工作外，常年开展儿童保健、婚前检查、孕产妇和一般妇女的保健任务，以及计划生育的指导门诊业务。
五、医药公司
建国前夕，巢城有18家私营药铺，以经营中药为主，有的也兼营少量西药和小型医疗器械；从业人员多的5人，少的只有店主1人。柘皋、烔炀等集镇也各有一、二家中药铺。1953年，巢县百货公司西药柜组零售和批发西药，为国营药业的开始。1955年，成立安徽省巢县供销社土产药材经理部。1956年5月改名为中国药材公司安徽省巢县药材公司，收购、批发中药材。同年，成立巢县医药公司，素属商业局；县百货公司西药柜组划归医药公司，年销售额10万元。1958年医药公司撤销，业务划回县百货公司。1956年对私营医药商业进行社会主义改造，将巢城12家私营药店联营，成立公私合营巢城国药商店，从业人员30多人（1959年并入巢县药材公司）。柘皋成立国药商店，业务归药材公司领导，单独核算，实行报帐制。1960年，巢县药材公司和巢县百货公司西药柜组，合并为巢县医药公司，隶属卫生局领导；并开发一中药材生产基地——汤山中药材培植场（半汤乡汤山），不久荒废。1964年，县医药公司划归商业局，1981年元月又划归计划委员会。1985年有工作人员184人，设7个企业科室；下辖中药饮片厂、市医药商店和柘皋、烔炀两医药分销处。固定资产23万元，库存资金119万元，年收购中药材19.5万元，年销售额377.9万元。
六、医院
建国前，巢城只有美国教会办的1所普仁医院和县办的1所公立医院。医疗设备和医疗水平较差。建国后（1949）县人民政府在柘皋筹建县卫生所，配备医务人员12人，只开门诊不设床位。为当时全县医疗卫生防疫的中心机构。
县卫生院1952年，在原县卫生所基础上发展成立了县卫生院，工作人员46人，设床位50张。1957年改称巢县医院，设备、技术力量仍较差，没有X光机；化验室只可做三大常规及肥达氏和康华氏反应；外科只可做阑尾、疝等手术；内科可解决一般常见病的诊治；妇产科可解决一般难产。1958年，为支援矿区建设，巢县医院人员和设备迁往淮北市，由淮北矿务局接收成立淮北矿工医院。
市人民医院前身为省第六康复医院，始建于1952年，1954年5月建成。1957年改为省立第三医院。1958年10月下放巢县，改称巢县人民医院。同时，在原巢县卫生院地址成立门诊部，后改为第二门诊部，次年撤销。1965年拨出50张病床，在柘皋区卫生所的基础上，成立巢县人民医院柘皋分院，1968年后撤销。县人民医院建院时人员有296人，1984年改称巢湖市人民医院。1985年底增至471人。其中副主任医（护）师2人，主治医（药、护、技）师57人。全院6个病区，有正规成人床位350张，另有门诊简易病床20张、小儿科新生儿病床24张。置内、外、妇产、小儿、传染、五官、口腔、中医、放射、病理、检验、药剂（下设制剂室）、预防保健、供应室等14个临床科室，有门诊部、护理部、医务科、人事、保卫、总务、计财、出入院管理、办公室、工会10个行政科室，成为一所设备较为齐全，各科力量比较配套的综合性医院。每年门诊病人约20万人次，治疗住院病人近万人。1985年，业务收入153.4万元，1984、1985两年连续获得省卫生厅授予的“文明医院”称号。
县供销社医疗所1955年，巢县供销社在原私营钟文澜诊所的基础上成立县供销社医疗所，对外应诊。1958年划归县卫生科领导，有人员20人。1959年并入县人民医院。
市中医院1984年7月，经市人民政府批准，在原城关卫生院基础上成立市中医院，下辖4个门诊所及1个针炙推拿门诊部，属集体所有制性质，独立核算，自主经营。
区、乡卫生院建国前，乡村卫生机构是空白。建国初，一面积极组建公办农村卫生所，一面将分散的个体医生组织起来，成立联合诊所。1952年，成立了柘皋、槐林、银屏3个公办区工生所，烔炀1个集体卫生所；另组织联合诊所10所。这些原先分散的医务人员在普种牛痘、扑灭疫情、防汛救灾等社会公益活动中发挥了作用。到1957年，公办卫生所和联合诊所发展到69所，遍布农村各集镇。1958年8月，随着人民公社化，联合诊所合并建立了4所区卫生院、22所公社卫生院。1964年以后，对农村医疗卫生事业建设的投资逐年增加，经过多年建设，区、乡医疗机构的房屋、器械、人员比较配套。1981年后，试行“责权利”相结合的经济责任制，改变了一些单位长期亏损的局面，每年完成近百万人次门诊，4万人次住院病人治疗和防疫工作。到1985年底，全市有区卫生院8所，乡卫生院40所（其中柘皋区卫生院为全民所有制单位，其余皆为集体所有制单位），有专业医务人员776人（全民139人，集体637人），床位597张。
行政村卫生组织建国初，行政村设接生员，推行新法接生工作。1956年农业社设保健员，配备保健箱，进行小伤小病的治疗和预防工作。1958年后，部分大队办了卫生所、妇产室。1960年前后下放百余名医务人员到大队卫生所工作。1968～1971年，全县农村普及合作医疗，96％的大队办了合作医疗室，初步形成从县到区、公社、大队，能防能治的四级医疗卫生网。1979年后，农村全面推行联产承包责任制，分配制度改变，合作医疗停办，医疗室由过去单一队办改为集体、联合、个体办等多种形式，适应了群众防病治病的需要。1985年，行政村有医疗点共416个，其中村办卫生室19个，联办医疗室29个，区、乡卫生院医疗点14个，乡村医生和卫生员个体办医疗点354个。无医疗点的空自行政村74个，占15.5％。加上部分个体医疗点技术水平差，不稳固，使过去已形成的基层医疗卫生网络出现漏洞。