民国15年（1926年）2月，中国国民党安徽省党部派特派员高培来巢城组建中国国民党巢县筹备委员会。筹委会设主任1人，委员5人，主任为郑畅初。筹委会主要任务是发展国民党员，建立机构。
民国16年夏，国共两党分裂，国民党省党部命令巢县筹委会停止活动，进行“清党”运动。筹委会改为登记委员会，省党部派李东屏来巢负责“清党”登记工作。民国18年，登记委员会改称指导委员会，省党部派虞荫王来巢负责指导委员会工作。民国19年，指导委员会改称执行委员会，省党部派周卿云、刘治昌两人来巢负责。此时，全县有4个区党部、12个区分部。
民国20年执行委员会取消，国民党员重新登记，改称整理委员会，省党部派李天道来巢负责。民国21年，省党部又派谷光铎来巢任特派员。民国22年，巢县县党部在巢城正式成立，柏巢鉴任县党部书记长；两年后，由谷光铎接任。
民国27年，日军侵占巢城，县党部迁往柘皋镇，阮贞渠任书记。不久，县党部及其基层组织停止活动。
民国35年，省党部派沐爱华来巢任县党部书记长。第二年，由孙家佛、万长乐分别任县党部书记长、副书记长，执行委员会由12人组成。民国36年10月，县党部与县三青团合并，成立统一委员会，所有三青团员都转为国民党员。党团合并下的县党部设23个区党部，其中巢城县直属机关设12个，农村设11个，共有国民党员700余人。
民国36年底至1949年元月，国民党巢县县党部基层组织以行政区设区党部，以行政乡设区分部，每个区分部下设3个小组。
1949年元月后，国民党在巢县的组织全部解体。