一、水面
全市水面11.75万亩，其中可养水面10.93万亩，可养水面中池塘7.75万亩，水库、大坝2.17万亩，河沟9834亩，可养水面占耕地面积的11%。
境内主要河流12条，千亩以上水面的有裕溪河、柘皋河、兆河，千亩以下水面的有烔炀河、夏阁河、鸡鱼河、双桥河、环城河、清溪河、滁河、东新河。
建国前，没有水库。建国后，先后兴建起中型水库1座、小(一)型水库7座、小(二)型水库62座、百亩以上的大坝374座。水面大的或较大的水库有下汤、大衖、洪桥、尖山、永丰、小陂塘、蒋冲、联洼、跃子山、龙华、陈桥等。
二、水产种类
（一）鱼类
据1979年调查，全市鱼类品种共60余种，其中鲤科鱼类约占70％，其它鱼类占30％。主要鱼种有刀鱼（又称鲚，俗称剂刀鱼及杨基鱼）、毛刀鱼（又称毛草鱼、刨花鱼）、银鱼（俗称面条鱼、面鱼）、鳗鱼（俗称白鳝）、泥鳅、青鱼（又称青鲲、黑）、草鱼（俗称草鲩、白鲲）、鳡鱼、鱼（亦称马头、鸭嘴）、鳟鱼（俗称红眼鱼、野草鱼，学名赤眼鳟）、鲌鱼（又名白条，学名白鱼）、鳊鱼、鲂鱼、鱼、黄条鱼（俗称黄骨鱼）、鲢鱼、鳙鱼（俗称胖头鲢、黄鲢、花鲢）、鲤鱼、鲫鱼、金鱼、黄鱼、鲶鱼（俗称鲶胡子、上鲶）、乌鳢（俗称黑鱼）、黄鳝（俗称鳝）、鳜鱼（俗称桂鱼、桂花鱼、季花鱼）、琴鱼等。
银鱼，为本市名特产。体细长二、三寸，身圆光滑，洁白如玉。每年5至7月捕捞，产量约二、三十万斤。
近年来，本市曾先后引进合肥良种场的“杂交鲤”；日本的“大阪鲫”及非洲的“莫桑比克”和“尼罗罗非”鲫鱼等优良鱼种。
（二）甲壳类
主要有淡水虾和蟹两种。
淡水虾品种繁多，本市常见的有白米虾和青虾两种。
蟹，本市有螃蟹、石蟹两种。前者，在河中称“河蟹”，在江中称“江蟹”，在湖中称“湖蟹”，肉质细嫩，滋味鲜美，营养丰富。经济价值很高，是本市名贵水产品之一，近年远销港澳等地。石蟹广泛分布于山溪之中，经济价值远不如螃蟹。
（三）贝类
主要有三角帆蚌、褶纹冠蚌、背角无齿蚌、田螺、铜锈环棱螺、河蚬等。
三角帆蚌，俗称翼蚌、三角蚌、江贝、水壳、扯旗蚌。栖息于江河湖泊，巢湖及其湖汊均有分布。因其珍珠层光泽强，近年除满足本市河蚌育珠外，还支援无为县和江苏等省。
褶纹冠蚌，俗称鸡冠蚌、湖蚌、大江贝、棉鞋蚌、尖顶蚌。壳面多为黄褐色、黑褐色、淡青绿色，壳内的珍珠层呈乳白色、鲜肉色或淡蓝色。分布于巢湖湖汊及裕溪河等河流中，为淡水育珠优良品种之一。成珠快，产量大，珠椭圆形，白色或粉红色。贝壳可作钮扣、镶嵌、螺钿及贝雕等工艺品的原料，也可作中药珍珠母。
背角无齿蚌，俗称河蚌、菜蚌、圆蚌。壳面绿褐色，壳内面珍珠层为乳白色。栖息于江湖及池塘等水体。可作淡水育珠蚌。壳可作中药珍珠母。
田螺，俗称螺狮。生活于湖泊、河流、沼泽及水田等处，产量较多。肉可食，味鲜美。是鱼类的天然饵料，也可为家畜、家禽的食用料。肉、壳均可药用。近年来冻田螺大量出口日本和法国等国家。
铜锈环棱螺，俗名也称螺狮。分布广，数量较多，作药用时，有“清热、利水、明目”之功能，主治“黄疸、水肿、淋浊、消渴、痢疾、目赤翳障、痔疮、肿毒”等。
河蚬，俗名沙蜊、金蚶、扁螺、黄蚬。栖息于淡水、咸淡水的河流、湖泊、沟渠、池塘等水域。巢湖数量较多。肉可食用，也可制成蚬干或冷冻肉远销国外。蚬肉有“清热、利湿、解毒”之性能，蚬壳有“化痰、去湿”之作用，也是烧石灰及制螺钿工艺的原料。
（四）两栖类
有石鸭、虎纹蛙、乌龟、鳖等。
石鸭，俗名土鸡、石蛙。黄山、银屏等山区溪涧中有少量栖生，其肉味胜于家鸡，能入药。
虎纹蛙，俗名水鸡、田鸡。生活于近山旷野、水田、池塘等处，成体肉味频佳。
乌龟，俗名山龟、草龟。生活在川泽、湖泊、池塘中，过去分布甚广，近几年来产量锐减，几乎濒于灭绝。肉可食用，龟肉、龟血、龟壳、胆汁均可入药。龟板有滋阳潜阳、柔肝补肾、消火明目、养血补心和退散虚热之功能。用龟板加工制成的龟板胶（乌膏），为珍贵补品。
鳖，俗称甲鱼、脚鱼，亦称团鱼，多生活于湖泊河池边的泥沙里，巢湖及沟湖河汊出产很多。肉味鲜美，有滋补作用。其肉、壳、血、脂肪、卵、胆、头皆可人药，是传统的国药。近年来由于化肥、农药的大量使用，水质污染严重，产量日趋下降，市价每斤15元左右。近期已有人工饲养。
（五）鲸类、水兽类
鲸类有江豚，俗名江猪。60年代前，裕溪闸、巢湖闸尚未兴建，长江中的江豚，偶有溯裕溪河而上，至巢湖进行觅食洄游，现已多年不见。
水兽类有水獭、水貂两种。
水獭俗名水狗，毛板珍贵，具有毛稠、轻柔的特点。从小驯养，可以捕鱼。獭肝入药，治虚痨、盗汗、咳嗽、夜盲等症。本市各水域均有少量分布。已有人工驯养、繁殖。皮毛加工出口。水貂俗称水老鼠，毛质甚优，属珍贵皮毛兽。近年本市下汤乡等少数地方开始引种养殖。
（六）蕨类植物
满江红，亦称红藻、绿莲，生于水田或沼泽中，可作绿肥，能抑制杂草生长，对水稻增产有良好作用，还可作鱼类及家畜的饲料，可药用，能发汗、利尿、祛风湿、治顽痒。
槐叶藻，生于稻田、池塘、湖沼中，多用作绿肥及鱼类、鹅、鸭、猪等的饲料，还可药用，内服治虚痨发热、湿疹，外敷治丹毒、疗疮及烫伤。
（七）单子叶植物
有蒲草、菹草、马来眼子菜、慈菇、黑叶轮藻、苦草、芦苇、菰、稗、荸荠、水浮莲、菖蒲、芋、紫萍、青萍、水葫芦等。
蒲草，又名香蒲，多年生挺水植物。嫩叶可做牲畜饲料，成草可编席，，制蒲包、草鞋，又是造纸和人造纤维的原料。叶是利尿剂；花粉内服可消炎，外用可止血；花絮的绒毛称蒲绒，可作枕芯。
菹草，亦称虾草、扎草，多年生水草，可喂猪养鱼，或作绿肥。
马来眼子菜，多年生沉水植物。在底质较硬的河边或湖泊中成群生长，沟渠、浅水处也有分布，产量可观。可作猪、鱼饲料，亦可作沤肥。
慈菇，俗称剪刀草、燕尾草，多年生挺水植物，沼泽地区及浅水带多见。其球茎含有较多的淀粉，可供食用，少数农民常种植出售。
黑叶轮藻，多年生沉水植物，境内河汊、圩沟、池塘等水域均有分布，是鱼、猪的好饲料。
苦草，俗称鞭子草、扁担草，多年生沉水植物。多生于河流湖泊中，本市分布极广。为鱼类、家畜上等饲料，也可作绿肥。
芦苇，多年生草本植物。境内均有分布，尤以巢湖沿岸滩脚为多，为保土固堤植物。杆可作造纸和人造棉、人造丝的原料，也可织席、帘。花序可作扫帚，花絮可作枕芯。芦根可入药，性寒、味甘，功能清胃火、除肺热，主治热病烦渴、胃热呕吐等症。
菰，又名蒋，多年水生宿根草本植物。有夏秋双季茭和秋季单季茭两种。其茎，俗称茭白、茭笋，可食。果名菰米。可入中药，有止渴、疗饥、解热、润肠胃之功效。叶可编草包或造纸，亦为奶牛的好饲料。
稗，一年生草本植物。有水、旱两种，为稻田主要杂草，籽可制糖饴、酿酒，也可作饲料，古代曾作为栽培植物供食用。
荸荠，俗称地栗、马蹄，多年生水生草本植物。球茎富淀粉，可生食或熟食，也可入中药。全草体晒干后制成“通天草”，可除湿热，利尿通淋。
水浮莲，亦称大藻，多年生漂水无茎草本植物。喜高温多雨气候，繁殖迅速，产量高，是养猪、养鱼的一种高产青饲料。
菖蒲，亦称白菖蒲，多年水生草本植物，全市均有分布。体内含有细辛脑、丁香粉等挥发性物质，可作香料。民间在端午节常将菖蒲叶与艾草结扎成束，或烧其花序，以熏蚊虫。茎根入药，具镇静安神、化痰、健胃的功效。又常作为农作物驱虫剂。
芋，俗称芋艿、芋头，多年生草本植物。茎可食或代粮，也可以入药；叶柄可作饲料。
青萍、紫萍、芜萍，多年生漂水草本植物，均可做鱼类、家禽、家畜的饲料。青萍入药，可制发汗、消肿剂；紫萍入药，也有发汗、利尿、消肿的功能。芜萍在人工栽培下生长极快，是高产饲料。
水葫芦，亦称凤眼莲、凤眼兰，多年生漂水植物。多生于池塘、水沟等处。生长迅速，产量高，可作青饲料，亦可打浆喂鱼。
（八）双子叶植物
主要有水花生、金鱼藻、莲、芡、菱、水芹、半边莲、莼菜等。
水花生，学名空心莲子草，多年生水生匍匐草本植物，本市农村各地均有分布。亩产坷达三、四万斤，为猪、鱼的主要青饲料之一。
金鱼藻，多年生沉水草本植物，本市的湖河沟池到处都有，可作绿肥，也是猪、鱼的主要青饲料之一。
莲，在本市约有3千年的栽培历史，栽培品种可分三种：以采莲子为主的“子莲”；以收地下茎为主的“莲藕”，供观赏用的“花藕”。
芡，亦称鸡头，多年生水生草本植物。种子球形，称芡实或鸡头米，供食用或酿酒。中医作健脾、涩精药用，具有优良的滋补功能。本市亚父、中等垾乡所产仁米品佳，畅销省内外。
菱，俗称菱角，一年生水生草本植物。类型很多，可分为四角菱、二角菱和乌菱。果实含淀粉，供食用，鲜嫩者可作水果。茎、叶还可作饲料，其茎可作菜吃。利用空闲水面种菱，经济收益大，且不与农业争地。
水芹，多年生水生宿根草本植物。性喜温暖湿润，生长于沟渠、河汊或水田中，可人工栽培，在寒冬早春蔬菜淡季时，对市场供应起良好的调节作用。
半边莲，一年生湿润植物，田边、河湾到处都有。能人药，治咬伤或蜂蝎螯伤，具散瘀、消肿、解毒、平气功能。
莼菜，亦称淳菜、水葵，多年生浮叶植物。性喜温暖，宜于生长在清水池中。富有胶质，茎叶幼嫩甜美，柔滑可口，具有特殊清香味。本市许多地方都有生长。