建国前，境内河道年久失修，普遍浅窄淤塞，河道弯曲，宣泄不畅。两岸河堤低矮单薄，行洪防洪能力很低。建国后，对主要河流进行了多次治理。
一、裕溪河
1955年省航运局对裕溪河中严重影响通航的河段进行了治理。首先对钓鱼台河段的弯道进行裁切，加大曲率半径，拓宽航槽，将河底高程疏深至3.76米。其次在翟家湾开挖长1700米的新河，使航道可从万石仓不经蟹子口直通黄雒河。1959年省航运局又对落蓬湾河段进行了切滩处理。
1962年12月巢湖闸建成。在巢城西门筑坝堵塞裕溪河通巢湖的原河道，将官圩的邓埠河拓宽改造，引巢湖水通过巢湖闸沿邓埠河流入裕溪河。巢湖闸建成后，裕溪河上游水源受到控制。但由于下游裕溪闸尚未建成，在枯水季节，水位偏低，不利灌溉。沿河农民常拦河筑坝，蓄水灌田，所筑坝埂，未及时清除，汛期被洪水冲散，淤积河底，堆成大小浅滩十余处多影响通航。1963年至1965年，省交通部门对这些浅滩逐段进行了疏浚，疏浚总长48.63公里。
1969年裕溪闸建成，控制了长江洪水。枯水季节，闸上控制水位6.0～6.5米，满足了航运和灌溉的需要。现裕溪河的泄洪能力还很低。
1971年冬至1972年春，巢湖地区革命委员会组织巢县、无为、和县、含山4县16万余人投入裕溪河整治第一期工程施工。对巢湖闸至裕溪闸河段进行治理。计划河底高程3.6～2.5米，底宽100米，堤顶高程13.0～13.5米。经过一冬春的施工，完成了这段河道的水上部分（4.2～5.0米高程以上），总计完成土方1009万立米。经过对多处河床的切滩处理，以及对钓鱼台、东关、黄雒河三处大弯道河段截弯取直，巢湖闸至裕溪闸航道由64.1公里缩短为56.5公里。
1973年冬，巢湖地区革命委员会水电局组织肥东、含山、巢县、无为、和县等5个县民工继续完成第一期未完成的4.2米至5.0米高程以上的水上土方工程。上堤民工6万余人，于1974年春结束，完成土方约140万立米。通过两个冬春的施工，虽然基本上完成了第一期工程任务，但还有局部河段没有达到设计标准。1977年至1982年，航运部门又先后6次对裕溪河的水下部分进行局部疏浚。
裕溪河经过治理后，河道拓宽，堤身断面加大，航道较前顺直，枯水季节保持水深1.5～2.5米，提高了防洪、防涝、灌溉和航运能力。
二、柘皋河
由柘皋镇至河口约24公里，建国初河道弯曲狭窄，水深不足，柘皋镇至龙王庙段6公里，河宽10米，底高程7.6～6.7米，坡降为万分之二点四，枯水季节水深降至0.7米以下，入巢湖的河口段则呈现淤泥浅滩。
1956年，由巢县水利部门对自柘皋镇到河口全段24公里河道进行人工疏浚。1965年又一次对柘皋河进行拓宽挖深，加高培厚两岸河堤。1971年将柘皋镇西街柘皋河上的石砌玉兰桥改建成水泥拱桥，解决了兜水阻水，增大流水过断面，保障了泄洪和引水的需要。1976年冬到1977年春，由省水利、航运部门共同投资40万元，巢县组织10万民工，进行全线综合治理。拓宽挖深河道，加高培厚河堤，在塘坝圩、蒋家圩、冯家渡及河口村等4处切弯扒宽。柘皋镇至夏阁河口段河底宽由原来10米加宽到20米，夏阁河口至河口村一段加宽为50米。河底高程由原来7.6～6.7米降低为5.5～4.5米。施工40天，计挖土方410万立米。同年8～10月省航道工程处在河口入湖的河段，用挖泥船疏浚2.5公里，挖土1.8万立米。经治理后，巢湖水位7.5米以上时，柘皋河水深可抬高2米以上。
三、滁河
滁河上游为本市与全椒县的分界河，未治理前，河床弯曲狭窄，淤积严重，汛期可通航，冬季河水干涸。1974～1978年由省水利厅组织有关县民工，对滁河上游进行了疏浚。治理后河堤顶高程16.5～17.0米，河底高程3.5米，河口宽180米，河底宽10米，最大安全泄量700秒立米。
四、夏阁河
1977年春，巢县组织民工对柘皋河支流夏阁河下段4.5公里进行了整修疏浚，完成土方70万立米。1981年冬，夏阁河上段8.5公里整修疏浚，完成土方72万立米。随后将跨越夏阁镇上的石拱桥改建成钢筋混凝土双曲拱桥，抬高桥面，扩大了过水面积，保障行洪。
五、双桥河
1981年兴建城区防洪工程时，对双桥河全长1.4公里挖深拓宽，完成土方60万立米。