民国16年（1927），本省隶属南京国民政府，县公署改为县政府，知事改称县长。改警察局为公安局，设财政科、教育局。翌年，撤销财政科，改设县财政管理处。民国20年，财政管理处改为财务委员会，同时税征机关从青（阳）石（埭）营业税局中分出，单设县地方税局。
民国21年，县政府裁局设科。民国23年，县政府设有秘书室、会计室及一、二、三科，另配承审员、政务督导员、警佐、督学等职，分理各项事务。
民国29处县政府行政机构序列

民国30年实施新县制，县政府内部改组，设县长1人，指导员3人，督学2人，警佐1人，军法承审员1人，军法书记1人；同时废除第一、二、三科名称，改为民政、财政、教育、建设、军事5个科，秘书、会计2个室。
民国32年，县政府所属机构有：
直属地方财务委员会、税捐征收处、银行、金库、农业推广所、水利工程委员会、电话管理处、度量衡检定分所、雨量站、赈济会、优待委员会等。
省系统县田赋管理处、县新生活运动促进会、县粮食仓库、县粮运分站、省地方银行石埭办事处等。
中央系统县邮政局、县电报局、县直接税局查征所、县直接税局查缉所等。
民国35年，复建警察局，增设社会科、粮政科。民国36年，恢复使用第一、二、三科名称，直至解放前夕。
民国时期，本县知事、县长失载甚多。据民国23年《安徽省年鉴》载，自民国16年10月至23年12月，石埭县计有11任县长，其中任期最短的仅1个月。现将仅知的县长列表如下：

民国初期，县内曾提倡“地方人民自治”，但并未真正施行，基层机构的权力仍然为保董和土豪劣绅所把持。民国20年，县政府始设5个自泊区公所，各区公所内设区长1人，区员2人，区丁4人，民国22年，本县推行保甲制度，户设户长，10户为甲设甲长，10甲为保设保长，保属区公所管辖。民国25年，改5个区公所为3个区署，区署下辖乡（镇）公所，乡（镇）公所下设保、甲。民国30年，整编县内乡（镇）保、甲，乡（镇）公所设民政、警卫、经济、文化四股，配有正、副乡（镇）长各1人，另有1人专办户籍。区、乡（镇）机构一直维持到民国38年民国县政府崩溃时止。
附：县参议会
民国35年（1946）4月25日成立县参议会，内设参议员若干人，参议长苏杰，副参议长陈兆篆。参议会自民国35年至37年共举行过6次大会。听取了县政府的工作报告，审议了县财政预、决算和议员提案。民国37年，参议会下设军民合作总站，由苏杰兼任站长。民国38年石埭县解放，参议会即告消亡。