本区水路交通四通八达，历史悠久。池州港从汉代古石城的出现到现在，已有2000多年的历史。古代池州港（石城港）主要是漕粮、茶、盐以及铸铁、铜钱等运输，战时则主要是兵源、兵器、粮草等运输。随着江南经济的发展，区境内水路交通主要靠池州港，它具有优越的地理位置。全区现有港口18个，其中隶属于池州港务局有5个，属池州航运局的有13个。年吞吐量5万吨以上的港口6个。其中有4个年吞吐量在20万吨以上。共有码头28个，码头总延米1327米。全区现有渡口141处，其中汽车过江轮渡5处。池口、大渡口、东流、香口、梅埂等长江口岸自古就是天然良港，靠泊能力均为千吨以上，尧渡、殷家汇、蓉城和木镇等地曾是历史上著名的船舶集散地。池州港最大泊位为5000吨段，年吞吐能力超过二百万吨，系池州最大港口。现已开辟为国家二类开放口岸，1993年6月，池州港开海轮载白云石4500吨直航日本，首船白云石（4500吨）直航日本。
区内现有各种机动船舶556艘，其中客船58艘主6336个客位，拖轮38艘功率约5766千瓦、货船470艘计24744吨位，另外地方水运企业押有各类船舶288艘共409290吨位。1993年全区各港口（未含港务局所辖港）共完成客运量为29.09万人次，货运量为199.88万吨。
（一）航道
长江航道上段起于香口，下抵大通。沿岸有香口、东流、大渡口、牛头山、乌沙、池口等港口十多处。本区水路运输主要是航道，历代的驿运和漕运，都是以长江为依托的。建国后，随着长江防护堤的不断加固，航道的治理疏浚，水运条件优越，沿江流径水深，流速平缓，以5000吨级的货轮到最小的木质船均可四季通行。现航道属于国家一级航道。武汉、上海等轮船公司经营的渝申线、江申线、江宁线等大型客轮可常年在池州港靠泊通行。
内河航道区境内青通河是青阳县主要水运渠道，通行里程51公路，汛期小客轮和百吨左右的船舶可直抵县城蓉城。枯水位可到童埠，航程为28公路，通航期为11.5个月。七里河（木镇河）境内通航里程有66公路，汛期150吨以下的木帆船和轮驳船均可通行。经过历年疏浚治理，拓宽加宽，截弯取直，缩短航程有11.8公路。到1993年底，通航里程为18.2公路。汛期百余吨木帆船和驳船均可抵达木镇。秋浦河区通航里程为99公路，后因石台建造了东方红水电站大坝而缩短了13公路，现通航里程86公路。贵池市灌口以上的河道适宜季节性流放竹木筏和通行1.5吨以下的小驳船。目前，灌口至杜湖段为6级航道，季节性通行机帆船。杜湖以下，江水回水，航道较深，可常年通航，属五级航道。尧渡河，五、六十年代担负着东至县内外交通运输，东流至尧渡有季节性客轮运输，年运量为2万多人次。每年汛期，百吨左右的船舶可由长江直抵罗家亭。其他时期，沿途轧乌排过驳运输，年运量可达十余万吨。六、七十年代，经过治理，通航缩短为22公路，通航能力为100吨级。1976年7月，水电交通部门联合投资在东流河口按六级航道标准设计建造100吨级船闸，到1984年4月竣工时，因引航道未达到设计标准，而致使江河水运业务中断，现在，已基本断航。九华河通航里程为53公路，60年代因上游水土流失，泥沙淤积，汛期只能有一吨左右的小驳船抵达庙前。1984年，省航道局投资进行人工疏浚，使航道缩短3公路。目前观前以下河道为六级航道，通航里程21公路，它与秋浦、青通河构成本区盛产黄砂的三大河流之一，每年黄砂中转船舶约4000吨左右。升金湖和黄湓河，下游湖宽水深，通航里程为89公路（复线），它并经黄湓闸和新河口汇入长江。黄湓河流经跨石台、东至、贵池等地，干流全长102公路。该河通航条件较好，木帆船常年可抵张溪。50年代，安庆至黄盆客轮汛期直达张溪。木帆船由升金湖东、南两支流可分别抵达唐田、坦埠、洋湖、板桥等地，河道通航里程曾达61公路。张溪以上河道汛期可放竹、木筏。1964年因农田水利建设需要，在黄湓河口建造一座泄洪节制闸，1972年又在新河口修建了一座泄洪闸桥，从而，将江、湖水运业务切断。目前该河失去航运价值。白洋河在历史上具有重要的水运价值，民国时期主要通行排筏，汛期20吨级船舶可抵上清溪，现基本断航。
（二）港口
早在唐代，池州港就已成为漕运中转港和水驿中心。宋代之后，随着江南经济发展和九华山佛教圣地开发，客货运又出现了池口、大通、黄湓、梅龙、永丰等7个运输港口。根据明代嘉靖《池州府志》记载：“百牙山，又日落蓬湾，货舟辏泊于此”可见明代的池州，百牙山一带是个水运发达的商港。明清时期，池州除继续承担官府的“漕粮”运输和民间食盐等商品运输外，驿运有所加强，当时池州的水驿栈（递运所）有池口、大通、五溪、黄盆、东流等。鸦片战争以后，随着帝国主义的侵入和清末洋务运动的兴起，以轮船运输为特征的近代水运在池州也逐步发展起来。当时池州府所属的池口、江口、大通等港口先后开办客货轮船运输，尤其是大通港，作为英帝国主义国家的“寄泊港”，曾设有趸船和石砌码头，可泊大、小客货轮船。1901年，芜湖私营轮船公司承办安庆至芜湖客运班轮，沿途停靠池州的大通和池口。后来，望江和营轮船经营安庆至九江班线，也曾靠泊东流、尧渡等。池州的港口在抗日战争和解放战争期间曾两度被破坏。现在，池州的港口建设随着经济的发展而大幅度地提高。到1993年底，池州先后建成池州、东流、香口、大渡口、童埠、牛头山、梅龙、乌沙等大、小港口十多处，并初步实现港口生产的机械化和专业化。
池州港座落在贵池市北郊的秋浦河与长江的交汇处，即北纬30.48°，东经117.5°，陆上通过3公路的市区长江路与318国道相接，水上通过秋浦河与石台、祁门等相连。港区气候温和，雨量充沛，四季发明，全年无霜期为250天，系常年不冻港。港内水域宽深，水流平缓，是天然良港，汛期最大水位曾达17.2米，常年水位一般均在8.7米左右，枯水期最低水位为3.74米。港区常年风向为东北风，最大风力为8级，年均风速为3.2米/秒。
池州港现已成为全省最大的港口之一和外运出口港，已被辟为国家二类开放口岸。整个港区从外江到池口有各种固定码头泊位22座，年吞吐能力可达450万吨，分为内河港和外埠港。
最大的内河港即池口港，隶属于安徽省航运管理局池州地区分局，位于秋浦河入江处，古称鱼贵口，因曾是渔港，素有“鱼贵口归帆”胜景之称。建国前，芜湖私营轮船公司（后来由安徽公路局芜湖航运站取代）经营芜湖至安庆班轮曾在此设立代办站。1951年，贵池县航管站成立，62艘木帆船移泊此处，形成商港。1952年2月，华东内河轮船公司皖南区公司（省航），中国人民轮船公司芜湖分公司（长航）分别在此设立营业站。1954年建成简易踏步条石码头一座。1956年，芜湖内河航运局投资2.4万元建成480m2的客运室专营客运工作，直到1962年外埠港码头建成投产。从1958年至1972年，港自资相继建成一、二号货场和仓库，并分别在两货场修筑30米长直立式浆砌块石码头和124米长斜坡式水泥混凝土码头各一座，同时配置了3吨的固定吊车两台。1974年，开辟了西门货场。翌年，相继扩建了120米中、枯水位码头和170米隔墩梁板式高水位码头。目前，池口港码头岸线434米，装卸作业岸线2000米，仓库2270m2，各种装卸车辆15台。枯水期，码头前沿水深2～3米，航道宽20米，中、高水位时，航道宽100米，500吨级的轮船泊位有27个，千吨级船舶可进港作业。港口吞吐量逐年递增，1993年为18.70万吨。
外埠港也就是长江航务管理局的池州港，系池州港务局管理。池口外江码头建设始于1959年冬，当时由省交通厅、安庆港务局等合资建造的简易铁矿石专用码头，其设施主要是2艘木质趸船，20块跳板和2座简易栈桥，该码头由安庆港务局代管，翌年的外运量就近50万吨。1962年长航投资修建候船室，此码头改营客驼。1966年初，成立长航池州港务局，从安庆港抽调一艘趸船，同时配置了栈桥，来靠泊浔宁线和区间客轮，将原码头改为临时货运码头。是年，在长航等有关部门的支持下相继建成1号货运码头，2号散装码头，3号大轮码头和5号临时重件码头，除相应配置了趸船、吊车，固定拉坡机及钢引桥、卷扬机和板车等设备外，还完成500米护坡工程，800m2仓库等。1970年初，4号重件码头竣工投产，系钢筋混凝土斜坡式平台码头，配有40米水泥趸船一艘，拉坡机一台。10吨、15吨吊车各一台等设备。1993年池州港局开始筹建10号综合码头。该工程从1975年4月开始，历时五年，1979年11月竣工，建成一座大型高桩框架码头，泊位全长78.75米，拥有货场2900平方米，1740米公路和相应水电设施。同时购置3门座式起重机2台，挖掘机1台，牵引机3台，5吨平板车18台等机械设备。随后，池州港又相继迁建一条机械化卸煤作业线，新建两条固定式黄砂生产作业线，基本上实现了装卸作业机械化。在扩大港口货物吞吐能力的同时，池州港也加强客运基础设施的更新。1978年8月建成的一幢占地2140米2的客运站房，拥有能一次性容纳千人的候船厅和两百人左右的售票厅。翌年，新建一艘90米长的在型钢质趸船来靠泊大型客轮。外埠水运条件优越，终年可通航3000吨级和船舶，1993得底货运泊位10个，总长1700米，其中10号综合码头可泊9000吨级的海轮，货场总面积为124000平方米，仓储面积为2200平方米，各种装卸机械30多台。吞吐能力已达150多万吨，每日发送大型客轮十几个班次，客运量为200万人次。
此外，全区境内还有东流、大渡口、香口、童埠、梅龙、牛头山、大渡口等大小港口多处。
五Ｏ七码头位于池州港10号综合码头下游，原为上海后方基地八五钢厂专用码头。1971年6月动工修建，翌年竣工，耗资700多万元，占地128亩，属坡式浮码头。船岸长360米，年吞吐能力为42万吨，拥有配套齐全的码头机械设施，其中一艘钢质趸船为杂货码头，双坡道，双引桥，可便于荷载10吨汽车上下作业；主要中转钢材方面的原料与产品；另一艘42米长的水泥趸船，系煤炭专用线码头，配有25台皮带机组成的长达400米的运输流水线以及大、小吊车6台。现为贵池钢厂专用码头。
（三）渡口
区境内的渡运由原始的独木渡，排筏渡发展到现在的航渡、轮渡已经历了漫长的岁月。据各县志记载，明清时期，池州有古渡口100处，其中青阳7处：芭芒港渡、管埠渡、洛家潭渡、查河渡、朱家渡、塔潭渡和河口渡等，分布在七星河及其上游北河上；石埭县境16处：柏山渡、杨家渡、钓鱼台渡、横船渡、杨潭渡、唐家渡、东庄渡、香口渡、掘珠渡、杨坑渡、矶滩渡、沟汀渡、舒溪渡、迎春渡、柳家梁渡、龙王渡等，主分布在秋浦河及其上游各支流河上；贵池县境内51处，其中官渡10处，民用渡口41处，官渡有上清溪、下清溪、池口渡、白面渡、灌口渡、黄盆渡、虎子渡、罗田渡、胜公渡，这些官渡和民间便渡主要分布在长江及秋浦河、九华河、白洋河上；东至县境内有26处，其中《东流县志》载12处，《至德县志》载14处，经查证核实的11处，它们是港口渡（河口渡）、石潭渡、尧渡、赤头关渡、香口渡（包括河渡和江渡），大口渡，段家河渡、昭潭渡、铁山渡、槽公义，它们主要分布在尧渡河及长江干流上。随着现代交通运输事业的发展，在部分渡口被桥梁涵闸取代或被废弃的同时，池州的民间渡口仍在为断增多，其规模也在为断上升，渡船的质量由传统的木质型向钢质型和钢筋混凝土型改进。截止1993年底，全区共有渡口141处。