由于境内地形和地质构造复杂，气候多变，水、旱、风、雪、雹、火、清风（低温阴雨）、病虫害、地震及泥石流等自然灾害频繁，有时交替出现，有时几种灾害同时发生（其中水、旱、清风、病虫害和地震是本县发生次数最多，危害最大的主要自然灾害），从而限制了各种资源的充分利用，影响了工农业生产，并威胁着人民的生命和财产安全。
一水灾
水旱灾是本县发生次数最多，危害最大的主要自然灾害。水灾一般同暴雨有关，灾害的大小取决于暴雨的强度。本县是多暴雨区，年均4次，从春3月到秋11月都会出现，以5——8月汛期最多。1954——1985年，就出现暴雨122次，其中大暴雨20次，特大暴雨3次（1954年12次，是暴雨最多的一年）。1969年特大暴雨发生在7月中旬。不同季节形成暴雨的原因也不同，春末、初夏多由低槽冷锋造成，梅雨时节和盛夏多由切变低温产生，夏末、秋季是受台风影响的结果。本县水灾之多、灾情之重，在邻县较罕见。从明成化七年（公元1471年）到1985年的515年间，发生水灾162次，五年一遇（其中解放后20次，近两年一遇，五年一遇的特大水灾3次），水灾的重现期比全省短（全省500年来水灾的重现期4年左右）。1954年和1969年的特大洪灾更为罕见。
千年来，严重水灾实录
宋开宝六年（公元973年），淮淠水溢，淹民田庐。
明隆庆三年（公元1569年）秋，大雨，山谷伏蛟尽起，水溢入城，市人作筏以济，漂溺者无数。水退，积尸盈野。
明万历十四年（公元1586年），大水，比隆庆三年高3尺，为害益甚。
清顺治八年（公元1651年）四月，蛟发南山、上青一带，水势滔天，河狭不能容，暴水冲出，漂没熟田，立成沙碛；包陵震谷，民居荡折，漂没人畜以壑量。北河水犯城，坏城垛17处，裂城垣20余丈，可撑船入市，淹没一昼夜始退。
清雍正五年（公元1727年）七月十三日，大雨，十四日申时水入城，亥时西南诸山起蛟，水高数丈，淹没田庐、人畜无数。
清道光三十年（公元1850年）五月二十九日，大雨，山洪暴涨，城内外水深数尺，到六月初一日，城内积水仍未退。西南诸山起蛟，水高2丈。
清光绪三十年（公元1904年）1月，大雷雨，百草怒生。
民国20年（1931年）7月初，连日暴雨，山洪暴发，鳌山、永安、东岳庙3圩缺口，大水入城。受灾农田9万亩，全塌房屋4000间，淹死牲畜200头，财产损失约10万元，2000余人流离失所。
1954年5——7月，三个月下雨65天，总降水量1434.2毫米，其中7月连续13天降水372毫米，7月2日一天降水117.7毫米。山洪暴发，冲毁房屋田地无数。
1958年，水旱灾、病虫害同时发生，受灾田地19.44万亩。
1963年4月16——23日、26日、5月5日，两次连续降雨，烂秧3633亩、烂种60万公斤，全县2万亩春播任务只完成三分之一。6月29日20时30分——30日2时30分，强雷暴大风，1小时降水57毫米。雷殛，电伤4人，10.73万亩田地受灾，绝收的1.12万亩，冲毁塘61口，坝埂737处。
1964年5月17日，特大暴雨，日降水170.4毫米，全县76.3％的田地被淹（重灾占30.3％），毁田地9204亩、塘743口，堰1663道，堤岸350处，倒塌房屋686间，损失粮食1.3万公斤，家禽817头；伤3人，死3人；冲走木材315方，毛竹6196根。仅下符桥区就损失茶叶3250公斤（其中干茶250公斤）。大沙埂供销社冲走食盐0.8万公斤。县鱼场冲走鱼种、鱼苗数十万尾，价值近4万元。
1966年7——10月，先后发生水旱和强雷暴灾，受灾田地11万亩，雷击烧掉房屋96间，粮食近万斤。
1969年7月初起，连续下雨近半月，7月14日一天降水480毫米以上（相当于常年年降水量的三分之一），发生百年不遇的特大洪水，东淠河上游山洪暴发，仅漫水河流量就达9000m3／秒，储水4万立方米以上的27座小型水库同时破坝。中午11时左右，洪水漫过佛子岭水库大坝坝顶1. 5米，持续25小时。12时前，洪水涌进县城，城内积水最深处达3米，4000余人被水围困。国家两次派直升机空投救灾物资。山洪暴发造成泥石流，摧毁大片田地和房屋。上土市公社境内海拔900多米的龙凤山的泥石流冲出5公里以外，把横排生产队的田地、房屋全部埋没。胡家河公社境内的乌龟头山大面积下沉1米多。漫水河、大化坪、诸佛庵等区沿河集镇的街道多被冲毁。许多地方河流改道，城北淠河比原河道升高近2米，河道北移数十米。全县有24个公社受灾，7684户的近3万人口受重灾。死71人，受灾田地9.47万亩（其中2.3万亩稻田和1.36万亩旱地绝收）。毁小型水库27座，机电站21座、堰坝7268道、房屋8089间。冲走粮食20.8万公斤，棉花、食盐和化肥几万公斤，水泥数百吨。淹死耕牛25头、猪124头。冲走毁坏家具、农具和其它物品不计其数。
1975年8月13——16日，受台风影响，全县普降大暴雨（城关地区400毫米、佛子岭、磨子潭库区500余毫米）。全县42个公社的269个大队（占总数的94％）受灾，受灾田地6万多亩（其中1.24万亩绝收）。损失粮食8万多公斤，毁房1780间；冲垮小型水库2座，电站、排灌站29座，桥91座；冲走木材4000立方，毛竹3万余根；死9人、伤21人。戴家河公社高桥湾大队冲出一条长7.5公里的新河。
1984年8月，两次特大降雨，部分地区几小时降雨280毫米，全县30多乡的21万多人口受灾，受灾田地近19万亩（其中1.1万亩农田被冲成河道或淤积成沙滩），减产27万公斤。毁房1.3万间（其中学校65所）。公路40公里，桥7座，小水电站9座（白莲岩、青枫岭两站全部报废），排灌站25处，山塘1043口，堰2087处；冲走牲畜791头，家禽35万只；成鱼219万尾，鱼苗2000尾，损失近3000万元。
二旱灾
本县旱灾的季节分布也同水灾一样，大部分发生在夏秋两季，占全部旱情的80％以上。持续时间短的一个月左右，长的有三季之多（如1934年春、夏、秋连旱）。从明成化七年（公元1471年）到1985年的515年间，发生旱灾114次，4年半一遇（其中解放后19次，近两年一遇，10年一遇的大旱3次），重现期也较全省短（全省500年来旱灾的重现期6年左右）。
400年严重旱灾实录
明万历十七年（公元1589年），大旱，升米百钱。人相食。
明崇祯十三年（公元1640年）夏，大旱，飞蝗满天，……。至秋，田禾尽蚀、疫病大作。人相食，有父母食其子女者。次年夏旱，飞蝗所至，野无青草，山中草粮树皮皆尽，斗米千四百钱。人相食。
清顺治九年（公元1652年），三月至七月不雨，民采橡子、蕨根为食。
清乾隆五十年（公元1785年），大旱，三月至八月不雨，川竭草枯，斗米千五百钱，民掘草根树皮为食。
清咸丰六年（公元1856年），五月至八月不雨，赤地数百里。
民国23年（1934年），春、夏、秋连旱，塘堰干涸，禾苗尽枯，旱情之重百年罕见。全县受灾田地20万亩，损失稻谷36.68万担，杂粮9.92万担。10万人受灾，饿殍遍野。
1963年1月1日——2月5日不雨，9万亩越冬作物中的6万亩受旱（其中干死1万余亩）。
1966年秋旱，干死水稻和旱粮5.5万亩。
1978年6——12月，大旱。总降水量比常年减少6成以上，7月只有常年同月降水的十分之一。受灾田地近11万亩（其中2.3万亩无收），8万亩幼林枯死。3万人受特重灾。
历年水旱灾害统计表
三清风灾
清风灾的特点是低温多雨，致使禾苗腐烂或不结实。以4月上旬出现的“倒春寒”（4年一遇）和9月中、下旬出现的“秋分寒”（3年一遇）最严重。1985年10月的“秋分寒”22天时间最长。清风灾春季造成早稻烂秧、茶芽受损、小麦和油菜受渍；秋季主要影响晚稻抽穗养花，并易造成中稻中风，产量锐减。
解放后严重清风灾实录：
1963年4月16——23日、26——5月5日两次连阴雨，烂秧3636亩，烂种近30万公斤。午季作物赤霉病发病率达30％。全县2万亩春播任务只完成三分之一。
1980年秋的“秋分寒”，使全县晚秋粮食作物减产3500万公斤。
1985年2月底——4月初“倒春寒”，9——10月连阴雨，严重影响农作的播种、生长和收获。全县受灾田地11.1万亩（其中1.2万亩绝收）。
四病虫害
解放前病虫害以蝗虫危害最大，来时铺天盖地，禾苗一扫而光。解放后蝗虫已绝迹，由于不断从外地引进新的作物品种，其它病虫害却明显增多。农作物主要有枯病、瘟病、斑病、黑穗病、螟虫、蚜虫等病虫害。危害森林最大的是松毛虫害。家禽、家畜、鱼类以瘟病发病率最高。
450年严重虫害实录
明嘉靖十九年（公元1540年）秋，蝗虫落地深2尺，树枝多被压断。
明万历四十三年（公元1615年），蝗灾，谷物腾贵。
明崇祯十三年（公元1640年）夏，飞蝗蔽天，落地盈尺，飞扑人面，堆街塞路，践之有声。至秋，禾苗尽蚀，疫病大作。十四年夏，蝗虫所至，野无禾草。十五年春斗米千四百钱，山中草根、树皮皆尽。
清咸丰八年（公元1858年）春，大饥，夏瘟疫盛行，又遭虫害。灾民“填沟壑者相籍，存者大半鬻妻子以自活”。
五震灾
本县位于郯城——庐江地震带西侧，桐柏——磨子潭深断裂东南段，是安徽省的多震区（石家河、桃源河、诸佛庵、落儿岭、烂泥坳、土地岭、大化坪—线最严重）。从晋惠帝元康四年（公元294年）到1973年，发生m≥4.75；级、烈度大于6度的地震5次，其中6级以上、烈度7——8度地震3次，分别在1652年3月23日，1917年1月24日、2月22日。1917年1月24日发生的6.25级地震，是安徽省近代史上最大的一次地震。1951年以来，共发生3——4.9级地震44次，以1973年发生的地震4.5级最大，震群最多，有时一天发生数百次小震。
650年严重地震实录
元顺帝至元二年（公元1336年）一月十二日，县西南北纬31°2′，东经116°1′发生5.25级地震。
明万历四十三年（公元1615年）三月中旬，地震，逾月不止。
清顺治九年（公元1652年）二月十日，北纬30°04′，东经116°3′发生5.5级地震，极震区烈度6度。清顺治《霍山县志》记，“（顺治九年）元旦之夕，地震有声，自西南而东北，屋瓦皆坠。十四日复大震。”三月二十三日，县东北北纬31°5′，东经116°5′发生6级地震，极震区烈度7——8度。“床如倾仄，碗碟皆碎，州界石桥（六安、霍山交界处）尽烈，庙中塑像有（断）头扑地似刀截者。”
清乾隆四十三年（公元1778年）一月十六日，北纬31°4′，东经116°3′发生53〖〗4级地震。清《霍山县志》记，“霍山地大震，日凡数十次，自后间数日辄震，经七八年仍时微震不已。”
民国6年（1917年）1月24日晨8时47分，北纬31°3′，东经１１6°2′发生614级地震。极震区烈度8度，等线呈北东向椭圆形态，长轴26.6公里，短轴15.4公里（东至古城、通水灌，南至王家河、大河北，西至落泪红、茅山，北至诸佛庵、新店河），面积250平方公里。持续约两小时，最烈时一刻钟左右。极震区40％的房屋遭严重破坏或倾倒，死36人、伤数百人，同时出现地陷、地烈缝（长的有数十丈，缝内喷水或黑沙）。中华民国农商部地质调查所刘季辰“民国六年一至三月地质调查报告”称，“（霍山）震力自下而上，屋瓦揭飞，墙壁倾颓，山石崩坠，声如雷鸣。全境人民以死伤闻者约及数十，最烈之处在两南乡之落儿岭。”翁文灏《近十五年中国重要地震记》，“在霍山、英山间坠石有大于一屋者”。1954年，中南区地震调查工作组霍山小组调查称，“正月初二早晨地震，自西向东北，山摇树摆，路上行人立足不定，鸡飞狗走，猪牛惊，鼠奔鸣，塘水震荡，游鱼飞跃，锅台及间壁墙亦有倒塌者。尤以县之西南境为最烈，如黑石渡、诸佛庵、鹿吐石铺、佛子岭等区，山崩地裂，岩石崩坠，墙倒屋塌，压伤人畜者有之。”2月22日11时，县西南北纬31°3′，东经116°3′发生534级（一说6级）地震，烈度8度。鹿吐石铺、桃源河、诸佛庵等地灾情严重。民国12年《东方杂志》第20卷16号载，（震时）“隆然有声，霍山、麻城、罗田诸县境内房屋率多倾倒，感震之地延及数省，六至四十余万平方公里。”
民国23年（1934年）3月18日，霍山、潜山间北纬31°0′，东经116°4′发生5级地震。21日上海《新闻报》载：“震原约在安徽霍山、潜山间折断层，深度三、四十公里。”
1973年3月11日16时38分，境内北纬31°22′，东经116°10′发生4.5级地震，烈度6度。震中区落儿岭一些房屋的墙壁出现裂缝，屋瓦掉落。
六 其它灾害
风灾多出现于春、夏、冬三季（夏季最多，占全年的45％），春、夏两季大风多随雷雨、水雹出现，一般风向自西向东，历时短、强度大、局地性强，对易倒伏的禾苗损害严重；冬季多属寒潮大风，对山区林、茶损害较大。城关地区近30年8级以上大风平均每年6次，最多19次（1955年）。全县大范围的大风风力达10级左右，最大12级（1963年），瞬时最大风速36米／秒（1986年）。史料记载，明万历四十六年（公元1618年）三月中旬，有大风自西北来，伐竹折木，屋瓦皆飞。清同治十一年（公元1872年）四月大风，拔倒树木，屋瓦飞起。1954年8月15日14时7分——14时41分，8级以上大风，平均风速达20米／秒以上，吹倒房屋数十间，农作物数百亩。1959年7月30日15——18时的大风，吹倒房屋814间。1963年6月29日23时30分——30日2时30分的大风，吹倒、吹坏房屋1500多间；8月5——6日，山王河、但家庙两公社连续两次出现12级大风，持续2小时，吹塌房屋267间，损失粮食几万斤，数人受伤。1974年4月12日23时45分——13日零时10分的11级大风，房屋和农作物受到严重损失。
寒潮一般出现在秋末——春初，年均3次，最多7次（1968年）。寒潮来临时移动速度很快，伴有大范围的偏北大风，气温急剧下降。1980年4月出现的寒潮，24小时内降温9——11度，寒潮对农田水利和越冬农作物有严重影响。
冰雹出现的次数虽少（解放后4——11年一遇），但往往伴有飓风、强雷暴或强降水，危害较大。一般在4——8月出现，以4月和6月为多，持续时间十几或几十分钟。本县出现的最大冰雹粒重5克，直径20毫米。冰雹在境内外行进路线有两条，一条是戴家河——三板桥——下符桥——六安一线，一条是单龙寺——樊冲——与儿街——舒城一线。如明嘉靖二十二年（公元1543年）三月六日，雹大如鹅卵，毁庄稼、箭竹结实，民取而食。明万历四十六年（公元1618年）三月中旬，大雨如注，杂冰雹若鸡卵。清光绪三十一年（1905年）三月望日，大雨，雹如卵，坏庐舍，杀雉兔。1959年7月30日15——18时，柳林河一带降冰雹，最大的有鸡蛋大，打坏农作物2203亩，刮倒房屋814间，砸伤4人。1963年8月5——6日，山王河、但家庙两公社连续两次降冰雹，最大的有乒乓球大，损失粮食2.7万公斤。1974年4月12日23时45分——13日零时10分，全县25个公社受冰雹和暴风袭击，最大的冰雹有鸡蛋大，最大风力11级，持续25分钟，农作物成灾面积1500多亩，损失稻种1.5万多公斤，损坏房屋4000余间，毁坏水利设施5处，损失约20万元。
雪灾同冰雹一样，虽出现次数不多，但危害较大。如明弘治六年（公元1493年）九月十三日至次年三月大雪，“深丈余，有五寸似血，畜禽枕藉而死。”明泰昌元年（公元1620年）冬至次年四月大雪，积雪平檐，雪上多黑点似煤（黑雪）。清光绪十三年（公元1887年）冬大雪，平地深五尺，山谷深丈余，路不通。民国17年（1928年）冬，大雪，山区厚1米多、凹地深3米，阻碍交通月余。1984年元月，大雪，平地深49厘米，压倒房屋300余间，压断毛竹13万根，冻死耕牛13头（是1954年建测站后有记录以来的极值）。
此外，还有火灾、雷殛、泥石流等。自然火灾较少，森林火灾较大的有位于佛子岭林场和马家河林场之间的黄巢寺大火灾。雷殛为局部性的，危害不大。泥石流多在洪水期间发生，如元至正十二年（公元1352年）冬，“霍山崩，如雷鸣，鸟兽惊散，陨石数里。”