一、航道
区内有自然河流航道23条。1949年航道长1249公里，其中常年通航里程仅268公里。50年代，佛子岭、梅山、响洪甸、磨子潭、龙河口水库和淠史杭沟通综合利用工程相继建成后，淠河、史河、杭埠河，先后断航。1966年以后，增辟淠史杭人工渠和水库航道977公里。1970年，区内航道长1512里，其中通航里程652公里。1985年，航道减到1029公里，其中常年通航里程391公里。
1.河流航道
淮河：区内淮河段自三河尖至寿县郝家圩，长125公里，为境内水运的主要航道。淮河水运历史悠久，据1955年寿县西门出土的春秋时期蔡候墓文物证实，2000多年以前，淮河便是我国南北政治、经济交往和军运要道。自南宋绍熙五年至清咸丰五年(1194——1855年)，由于黄河多次决口改道，夺淮入海，致使淮河航道淤积日甚。清光绪三十三年(1907年)，正阳关利淮河工小轮有限公司，购4艘挖泥机船，在方家坎处挖泥疏浚。民国25年(1936年)，国民政府导淮委员会，亦曾用3艘挖泥机船，再次在方家坎处疏浚，均收效甚微。民国27年，国民党为阻日军西侵，于河南中牟县花园口决堤后，黄水泛滥于淮河达9年之久，更使淮河河床宽而浅。到建国初，区内淮河航道，有郜台、王截流、润河集、垂岗集、正阳关、沫河口、鲁台孜、方家坎等严重碍航浅滩10多处。1950年，治淮委员会委托华东建筑公司，用6艘挖泥机船和106艘木驳船，于溜子口至张台孜6处浅滩进行疏浚，时达3年。1966——1967年，六安专区航运部门，对老鼠尾巴、六里台、润河集、鲁台孜、冯渡口、方家坎等处浅滩，共建透水楔屏坝74道，总长6540米。至此，淮河航槽渐趋稳定，边滩逐渐形成，水深增加，航运畅通。境内航道，上段自三河尖至正阳关，航程93公里，河底比降0.033％，枯水期航道水深0.6——1.2米，宽30——40米，最小弯曲半径200米，可常年通航50吨级驳船，季节性通航轮船；下段自正阳关至寿县郝家圩，航程32公里，水位受蚌埠大闸控制。当大闸最低水位在15.5米时，航道最浅处水深2.3米，底宽60米左右，最小弯曲半径700米，可常年通航500吨级轮驳船。
淮河航道原无航标。1958年，在正阳关、鲁台孜、方家坎、石家窝4处，设航标站，配备两艘航标船，设岸标38个、水面三角浮标13个，以及导航电池灯等安全设施。1964年，将原5米木质标杆，改为高7.5米钢质标杆，标牌亦改为钢质。标灯全部改为电闪仪，配有自动换泡装置。到1985年，区内航道标志设施完备，确保了航行安全。
淠河：民国时期，是大别山区通往外地的水运要道。建国初，两河口以上能通排筏和小船，溯东淠河而上，经霍山、佛子岭、管家渡，可抵石槽，航程81公里；溯西淠河而上，经独山、麻埠可抵流坡，航程59公里。两河口以下至迎河集，可常年通航木帆船。迎河集至正阳关可通小轮。由于上游水流湍急，夹沙而下，下游流沙淤积，河床宽阔，枯水期航槽宽不足7米，水深仅0.4米左右，载量少，航速慢。六安至正阳关，航程103公里，时需10天左右。1956年，六安水运合作社成立清航队，在田家老埂、鲍窖等处，进行清航扒浅，开辟航槽。1959年，横排头拦河坝建成后，水源被切断，其下航道断航。
史河：为大别山区北部又一航运线。自红石嘴至三河尖，航程138公里。建国初，可季节性通行排筏。1956年以后，梅山水库和红石嘴、固始黎集拦河坝相继建成，航道常年干涸。
杭埠河：民国8年(1919年)，三河镇至岳西主簿园，可季节性通航木帆船。民国29年，木帆船只能季节性通航至晓天。后因河床淤积日甚，到建国初，仅七里河以下，可季节性通航木帆船。1970年，龙河口水库建成后，仅杭埠镇至三河镇16公里，靠巢湖回水顶托，可季节性通航10吨级木船。1976——1978年，将军垱以下河道进行全面整治后，下七里河至新河口，航程26公里，可常年通航20吨以下船舶，季节通航100吨级船舶。
丰乐河：1954年以前，桃溪以上航道因淤塞不通航。桃溪以下有14处碍航浅滩，枯水期减载运输。1973年，对丰乐至三河22公里航道，进行疏浚，河底标高由原7米降为6米，河宽30——40米，水深2米，可常年通航100吨级驳船。1975——1977年，又切去桃溪镇的西河嘴，桃溪至丰乐，枯水期航道水深0.6——0.9米，可季节性通航20吨船舶。
2.河湖航道：
汲河、城东湖：是霍邱县东部、六安县西部水运航线。洪集以上不能通航。洪集至固县寺，航程55公里，可季节性通航小木船。固县寺至三流集，航程46公里，河底宽35米，河道多弯曲，可季节性通航5——15吨级木船。三流集至溜子口为城东湖航道，航程67公里，可季节性通航30吨以下木船。其中刘台孜至四马套，有浅滩长约10公里，枯水期水深0.1米，航槽宽2米，只能通航3——5吨小船。
沣河、城西湖：沣河至沣河桥入城西湖。建国前，河口集以上不能通航。河口集至张集，航程15公里，可通航15——20吨级木船。张集至沣河桥，航程18公里，可通航20——30吨木船和小型机动船。城西湖航道，建国初可季节性通航木帆船，由任家沟入淮。1950年治淮时，堵任家沟入淮口门，水运物资改由万民闸翻坝入淮。1960年，开挖临淮岗至老坝头入淮引河，并建临淮岗船闸，船闸室长180米，净宽12米，门槛水深2米，1962年临淮岗水库停建后，闸宽改为7米，可通行500吨级船舶。1966年，中国人民解放军南京军区，围垦城西湖，上自周集，下至临淮岗，沿湖东南岸岗岭，开挖一条人工河(沿岗河)，全长56公里。周集至沣河桥航程36公里，可季节性通航10——30吨级船舶。沣河桥至临淮岗，航程20公里，因受临淮岗枢纽工程回水影响，水深常年保持在1.5米以上。临淮岗至老坝头，航程12公里，因受淮水顶托，两段航道均可通航300吨级船舶。
东淝河、瓦埠湖：东淝河上游流至开荒集入瓦埠湖。建国前，董埠以上不能通航；下游从钱家滩至入淮口15公里，河道淤塞严重，航运条件差。1950年，为增强排洪能力，在河道北面开挖一条新河，底宽15米，水深2.2米，从入淮口至邵老湾，航程58公里，可常年通航100吨级轮驳船。邵老湾至董埠35公里，可季节性通航50吨以下船舶，洪水期可上行到韩桥。1952年，在入淮口上游2.5公里处，建东淝节制闸，闸中孔为通航道，当上下游水位持平时，可勉强过船，因闸孔高度不够，并受老河道侧流影响，航行不安全，物资运输至此，仍必须翻坝。1965年8月，经交通部水运规划设计院设计，投资67万元，兴建厢式湿运斜面升船机，1966年4月竣工，机道322米，承船厢长18米，宽4.5米，深1.6米，最大水深1.3米，4个泊位，16个轮子，用电动卷扬机牵引，最大提升高度12.9米，设计过坝船舶吨位30吨，年通过能力25万吨。经10年运转，效果良好。1979年，上游轨基下沉，轨距变形，常发生脱轨现象，且因船舶吨位加大，原设计承船厢不适应需要，遂于1980年封存停用，恢复短途陆运过坝。
此外，瓦埠湖区尚有3条航运支线：一自冶河口至庄王墓，航程25公里；二自邵老湾至小甸桥，航程18公里；三自钱家滩至老庙集，航程31公里，均可季节性通航5——10吨木船。
3.人工渠航道：
淠河总干渠，自横排头至将军岭，航程112公里，渠底宽27——60米，弯曲半径750——1110米；将军岭至双墩集为滁河干渠，航程31公里，渠底宽15米，弯曲半径460米。1970年，省交通厅在罗管庙、将军岭，分别兴建船闸，水深2米，全线可通航100吨级轮驳船队。
此外，淠东干渠，自谢埠至戈店，航程36公里，季节性分段通航10——20吨级船舶；瓦东干渠，自新民坝至下塘集，航程67公里，可季节性通航20吨级船舶；汲东干渠，自高稻场至徐院墙，航程115公里，因水源受梅山水库控制，且无过航设施，只能季节性分段通航小船；潜南干渠，自官沟至五十里埠，航程50公里，可季节性通航20吨级船舶；杭淠干渠，自小高堰至打山，航程43公里，可季节性通航20吨级船舶。
4.库区航道；
梅山水库，自大坝至上码头，主航道37公里。佛子岭水库，主要航线2条：一自坝上至磨子潭水库坝下，航程32公里；二自梅家渡至吴家呼，航程24公里。磨子潭水库辟有航线2条：一自坝上至十里头，航程21公里；二自双河口至胡家河，航程22公里。响洪甸水库，自坝上至李家坪，航程38公里。龙河口水库，共辟10条航线：以寺冲口为起点，分别至五里桥乡白屋村，航程5.5公里；至茶山乡景山村，航程8.5公里；至景山乡杨岭村，航程11.5公里；至高峰乡朱湾村，航程8公里；至高峰乡白山岭，航程8公里；至高峰乡黑石村，航程8公里；至五桥乡花门村，航程9.5公里。此外，高峰乡新棋村至杜店乡，航程6公里；河棚镇新开村至姚河乡三江村，航程3公里；山七乡双桂村至范店乡王湾村，航程8公里。到1985年，全区五大水库库区航道达250公里，均可常年通航100吨级轮驳船。
二、港口
六安地区内河(湖)港口码头，由于兴修水利、河道变迁和公路运输事业的发展，兴衰起伏变化很大。金家寨、流波、麻埠、梅河等地码头，民国时期曾盛极一时，自梅山、龙河口水库建成后，均成泽国；霍山县的黑石渡，戴家河、霍山城关、六安县苏家埠、六安西门、寿县迎河集等地码头，建国前均为物资集散地，1970年以后，均因淠河断航而废弃；霍邱河口集码头，因城西湖军垦，引水入淮后，沣河淤塞而衰落；舒城、桃溪、杭埠等地码头，亦因河道变迁，航道淤塞和公路运输事业的发展而先后衰废。与此同时，随着新航道的开辟，于六安淠河总干渠横排头、佛子岭水库坝上，寿县城关新河、五里闸，霍邱城关、临淮岗、老坝头，金寨县杨家滩、鲜花岭、舒城县龙河口水库寺冲口、丰乐，以及长丰县双墩集等地，又先后新建了港口码头。1985年，隶属六安地区航运系统的港口9个，28座码头，84个泊位。年货运吞吐量130万吨，年客流量60万人次。还有社会专用码头9个，17个泊位。
六安港：明、清时代，为大别山区进出口物资的集散地。民国时期，有西门、便门、下龙爪3座自然岸坡码头，枯水期前沿水深0.7——1米。无固定泊位，无装卸设施。抗战期间，六安港曾盛极一时，泊靠船筏多达千只，年吞吐量10万吨左右。港口设有省公路局淠河船舶大队、六安县驿运管理站、六安水上保安所、六安港民船公会等机构。有私营船行10多家和装卸行会组织。建国初，私营船行停运，六安港先后成立皖北内河航务管理局六安办事处、六安木帆船联运公司等机构。1970年5月，淠河总干渠全线通航后，六安港由西门老淠河迁至今东市区淠河总干渠西岸，上通横排头港，下达双墩集港。1985年，港区自然岸线长404米，水域2.01万平方米，陆域3.31万平方米，有泊位13个，前沿水深2.5米，最大泊靠能力100吨级轮驳船。场库总面积3682平方米，道路长270米。码头装置吊车3台，皮带运输机1台，年吞吐量24万吨。主要进港物资为煤炭、盐、化肥等；出港物资为黄沙、铁沙、粮食等。
正阳港：位于淮、淠、颍三河交汇处。明嘉靖年间，在此设立税收机构“收钞关”，嗣后渐为淮河主要港口之一。清光绪三十三年(1907年)，利淮河工轮船有限公司开办后，该港达鼎盛时期，上自清河口门，下至引水寺，约3公里河湾，泊满船舶。抗战期间，淮河被日军封锁而衰落。建国初，有自然岸坡货运码头7座，年吞吐量30万吨左右。1950年，成立正阳航运办事处，开展水陆联运中转业务。1954年水灾后，该地商业机构迁至寿县城关，港口货运量减少。1961年，投资6.3万元，客运码头兴建1幢1040平方米候船楼，可容旅客1000余人。1969年，投资7万元，将自然岸坡客运码头建为钢筋块石结构栈桥式码头，全长105米，宽3.5米，高5米。1970年以后，由于淠河断航和公路运输事业发展，客货吞吐量日趋减少。1985年，有货运码头3座，泊位4个，除南堤货运码头为石砌直立式外，余仍为自然岸坡码头，年均货运吞吐量10万吨左右。客运码头，仅有正阳至颍上、正阳至润河集2条航线，日均客流量不足100人。
寿县港：地处淮河、东淝河交汇要冲。古代为中原通往江南各地的交通枢纽，后因黄水夺淮，航道淤积日甚，水运不畅，港口日趋萧条。建国初，仅有城北自然岸坡码头2座、东淝河口客运码头一座，吞吐量不大。1954年，因水灾正阳关商业机构迁至寿县，此港货运吞吐量增大。1958年，兴建北门新河货运码头，为踏板式“T”型石砌体，长70米，3个泊位，前沿水深1.5米，可泊50吨级船舶。1962年，兴建北门新河客运码头，为踏板式条石砌体，长10米，宽2米，无候船室。河口客运码头，原为淮河客运售票点，1961年迁至栗台和戴家台之间，增设趸船1艘，建踏板式条石码头，长40米，宽20米，建候船室120平方米。1974年，兴建北门老桥直立式货运码头，水域11800平方米，陆域9600平方米，总长194米，5个泊位，前沿水深2米，可泊100吨级船舶，有3吨吊车1台，日均装卸量300——500吨。1987年，于北山集西侧，开始兴建高水位防汛码头，建高、中、低三级装卸码头各1座，全长180米，并开挖船塘，可泊60吨级船舶30艘，6艘船舶可同时进行装卸作业，1985年尚未竣工。此外，位于东淝河闸旁的货运码头，与淮河大堤相连，闸下两岸150米长均可泊靠船舶。洪水期码头淹没，可就淮堤自然岸坡停泊装卸。每逢汛期，关闸断航时，寿县城内物资从该码头中转运出。1985年，寿县港有货运码头5座，客运码头2座，已形成年吞吐货运量20万吨的内河中型港口。
霍邱港：明正德七年(1512年)重建霍邱城防时，于城西湖兴建长1000米、宽15米、高6米、石砌直立式岸壁码头1座。民国27年，因拆城墙被毁，无固定码头。建国后，1952年在西门南侧开挖引河50米，沿城墙遗址修建30米斜坡运输道1条，名一号码头。1971年，于引河终端建直立式块石垱土墙货运码头，前沿水深1.5——2米，可泊50——100吨级船舶20艘。同时，于西门口增建直立式块石垱土墙客运码头，船塘长35米，宽60米，可泊客轮4艘。1977年，建230平方米砖木结构候船室1幢。1978年，投资28.86万元，于一号码头北侧增建二号货运码头，开挖长120米、宽20米的引河和长270米、宽80米、水深5米的船塘，可泊100吨级船舶，建货场4000平方米。1982年，该港货运吞吐量由1975年16.5万吨增至30万吨。1982年以后，由于公路运输事业发展，1985年港口货运吞吐量降至22万吨，客运吞吐量15万人次。进口主要物资为煤炭、石油、食盐、化肥、矿建材料及日用百货。出港物资主要是粮食、农副产品、黄沙、木材等。
双墩集港：位于长丰县双墩集滁河干渠西岸，为六安地区航运局在境外兴建规模较大的港口，是六安水运与淮南铁路联运的中转港。1970年建成投产，建有铁路专用线1条，长2260米，与淮南铁路相衔接。码头总长572米，水域面积5.3万平方米；陆域面积5.63万平方米。利用天然水塘作港池，一面通滁河干渠，三面砌混凝土岸壁。通航时前沿水深2米，可泊100吨级船舶。干渠断航时，码头前沿无水。1985年，有直立式码头1座，岸线长400米；栈桥式码头2座，岸线长各9米，计18个泊位，年设计吞吐量48万吨。因干渠只能通航半年时间(4——9月)，港口设计能力不能充分发挥。除1975年吞吐量26万吨外，其余年份均为15万吨左右。1973年，港口成立集体专业装卸队。1985年，有装卸工136人，3吨吊车8台，500毫米移动式皮带运输机14台，电瓶车1辆，1吨铲车1辆，板车60辆；煤炭装卸作业线1条，长180米，日最大作业量130吨。全港日装卸能力750吨，仓库1660平方米，水泥货位3000平方米，煤炭堆场8万平方米。
三、渡口
区内渡口，主要有六安市上、下龙津渡、平桥渡，六安县苏家埠渡、读书台渡，韩摆渡，寿县东津渡，霍邱县庙台集渡、沣河渡、西隐贤集渡、南照集渡，金寨县梓口河渡，霍山县黑石渡，舒城县周公渡、中七里河渡、钱大山渡、桃溪渡、沙河渡等。上、下龙津渡始设于清乾隆二十四年(1759年)，均为官渡。上龙津渡建国后移至便门，1984年建为17艘水泥浮船，日客流量8000人次。平桥渡、苏家埠渡，因河道干涸废。韩摆渡古为义渡。民国37年(1948年)，六立公路通车后，列为甲级渡，官资设木船2艘，日均渡汽车4辆。1950年公路改道后，只渡行人。南照集渡，设于清同治年间，1982年改设汽车轮渡，现属颍上县渡运合作社经营。黑石渡，古称“黑石待渡”。原通往湖北英山、罗田、济水、黄冈等县必经之道。1956年8月，改建为钢筋混凝土公路桥梁。周公渡，原名沙硬渡，三国时设渡，延续至今，现有挂机渡船1艘，日渡千人次。中七里河渡，古为义渡，明万历元年(1573年)，杭埠河由县城南徙至此，遂设渡。因此处为交通要隘，行旅频繁，初为民渡，积弊甚深。清光绪二十五年(1899年)，改为义渡。后又分设官、义两渡，官渡专渡公文、饷鞘；义渡专渡来往行旅。民国37年，修复合安公路时，始建便桥，渡遂废。桃溪渡，清康熙年间，邑人孔圣二姓，捐资架设浮桥，现由10艘钢质船横跨丰乐河，上敷铁皮桥面。枯水期桥长30米，洪水期桥长70米。
1985年，全区计有渡口482处，渡船541艘。其中木质船420艘，水泥船89艘，钢质船20艘，排筏12只，渡工868人。日客流量1000人以上的渡口有六安市马巷渡、便门浮桥渡、五里塘渡，六安县韩摆渡、城西乡沙店渡、马头镇杨湾渡、陶洪乡兴龙渡、独山渡、西河口乡黄石岭渡、郝家集渡、石板冲油坊拐渡、西河口渡、寿县正阳镇淮河中渡、迎河渡、舒城县桃溪渡等。