航道
芡河、北淝河古航道，明清以后泥沙淤积，堵塞断航。
涡河建国后6次疏浚，8次清航，正常水位可通300吨级，汛期500吨级货船。航道技术标准6级，营运标准2级，境内长52公里，是蒙城境内主要水上运输航道。
茨淮新河1979年10月1日全线挖通，客货营运，境内长35公里，可通500吨级货船。
津渡
1985年境内有渡口59道。分布在涡、茨、芡、淝4条河道，渡船81只（平板18只、划子63只），256.4吨位，1272客位，渡工164人，其余属季节性渡船。较大的双涧渡，拥有27吨位平板机械渡船一只，定员110人；小涧渡，25吨位平板机械渡船一只，定员120人，12.5吨位一只，定员45人。均可载渡汽车和拖拉机。
码头
建国前，县城、集镇码头利用自然岸坡装卸、堆放货物。建国后，相继建设客货运和专用码头17座,其中涡河12座(货运8座、客运1座、专用3座)。港口均无明显的区域范围，一般装卸货物利用自然岸坡。1972年省航运局批准投资15万元，兴建涡河李庵桥码头，浆砌块石直立式，2000平方米露天码头货场，3个60吨级货台，2个泊位，正常水位可停靠500吨级货船。3吨吊机2台，日装卸200吨，年吞吐量5万吨。
1975年蚌埠航运站投资3万元，在涡河船闸引航道出口处建客运码头，12米台阶式，低、中、高水位3个平台，22个阶梯及高、中、低水位3条斜坡水泥路,24米水泥趸船一艘。1980年10月蒙蚌客轮停班，1983年4月上游蒙涡客轮停班，趸船调走。
此外还有粮食专用码头，位于涡河北岸，节制闸西侧，斜坡式，5个货台，两栋仓库，堆货量2000吨，可同时停泊4艘100—300吨级的货船，年吞吐量6万吨。县磷肥厂简易码头：长50米，货场1800平方米。
茨淮新河的港河、薛集、大兴、罗集、唐路沟码头，均可停靠300—500吨级货船，年吞吐量5万吨以上。