(一)地表水
主要来自大气降水，其次是地表径流客水。降水年径流深度200—300毫米。年际和季节性变化较大，降水时空分布不均匀。1950年冬以来，先后治理一批河道、大沟，新开一些大塘和兴建西淝河阚疃闸、苏沟闸等水利工程，1965年蓄水量达1000万立方米。其中塘坝、沟河闸蓄水各为500万立方米。建县以后逐年完成一些水利工程，1972年起以茨淮新河和阚疃闸水利枢纽工程为重心，整修骨干河道18条，共长339.81公里，大沟53条，共长558.95公里，蓄水亦随之增加，1985年已达到6555万立方米，比1965年增长5.5倍。
(1)河流
西淝河古称夏肥水。《水经·淮水注》：“淮水又北，夏肥水注之。水上承沙水于城父县，右出东南流，迳城父县故城南。”《明史·地理志》称西肥水，《清史稿·地理志.》已称西淝河。源出河南省鹿邑县西北安平集西温渡口，上游称清水河。东南流经唐岗集东、刘集北、汲水集北，于淝河口入皖，至亳县孟家桥以下始称西淝河。1951年治淮工程，将上段于亳县淝河集樊桥西从油氵名河截引入涡河。今西淝上源为油氵名河南岸淝河集，东南经太和县境，再东南流经涡阳县高公庙西，于四庙入利辛县境，再东南流经王市集北、阚疃集南，于展沟集东出境入颍上、凤台县地，至峡山口注入淮河。西淝河原长265公里，其中河南省境长85公里。自淝河集堵断后，尚长178公里。1976年茨淮新河开挖至贾桥乡后刘营东，将西淝河截断，上段注入茨淮新河，下段仍注入淮河。西淝河在县境内长83公里，其中上段长57公里，下段长26公里。
芡河古称沙水，亦称濮水。《水经·渠水注》：“(沙)水东注，即濮水也，俗谓之父水也。”故道久已不寻。今芡河源于涡阳县花沟集南杉木桥，东南流经公吉寺至至郭寨东入利辛县境，再东南流经旧城集西、过芦沟集入蒙城县地，再东南流至怀远县荆山以西注入淮河。芡河全长150公里，其中县境内长34公里。1954年引芡入涡工程，将境内的芡河截为3段：上段于盛黄乡康桥以北由北凤沟引入涡河；中段自康桥至望疃乡张营子，由孙沟湾引入涡河；下段自张营子以下仍入淮河。1971年开挖茨淮新河时，芡河下游被截断4公里，于怀远县上桥附近注入茨淮新河。
阜蒙河1958年开挖的人工河道。西起阜阳市颍河，东流经阜阳县地，于永兴乡西前营入县境，东流经谭铺、马店北，于小泥沟入西淝河；再向东经城关镇、董集、中疃、望疃集，至望疃乡小张庄出境入蒙城县地，再向东注入涡河。全长77公里，其中本县境内长43.1公里。茨淮新河20世纪70年代开挖的人工河道。西起阜阳县茨河铺，东流，于大李集乡白庄入县境，再东流经叶寨、祝楼、李庄，再东流经阚疃集，至八里乡篦子宋庄出境入凤台、蒙城县地，于怀远县上桥集注入淮河。全长134公里，其中县境内长31公里。
(2)水系
县境内旧有西淝河、芡河两条水系。西淝河流域占总面积的84.4%，芡河流域占总面积的15.6%。由于引芡入涡及茨淮新河的开挖，水系变化，今有4条水系：茨淮新河流域占总面积的64.1%，西淝河下段流域占总面积的20.3%，涡河流域占总面积的11.2%，芡河下段流域占总面积的4.4%。
茨淮新河流域由西淝河上段、利阚新河、港河上段、郑沟4条水系组成，境内流域面积1258.6平方公里。
1.西淝河上段水系。自亳县淝河集至贾桥乡后刘营注入茨淮新河，全长101.6公里，流域面积1871平方公里，其中县境内长57公里，流域面积859.6平方公里。支流沟河有20条，其中淝右大沟有11条注入，淝左大沟有9条注入。
淝右大沟11条天泉沟，西起太和县南王寨，东流至四庙乡王庄入淝，长9.5公里，流域面积16.5平方公里，其中县境内长1公里，流域面积0.5平方公里。
刘沟，西起太和县玉皇庙北，东流至四庙入淝，长9.5公里，流域面积15.2平方公里，其中县境内长2.4公里，流域面积2.2平方公里。
踩钯沟，以四庙乡袁堂东为分水岭，袁堂以南入老母猪港，以北入西淝河。长5.3公里。支流鸵沟西起太和县小韩庄，东流至四庙乡秦楼入踩钯沟，流域面积25.2平方公里，其中县境内流域面积6.7平方公里。
白玉港，西起四庙乡袁寨，东流至朱集入淝，长8.5公里，流域面积27平方公里。
老母猪港，西起太和县袁沟涯，东南流，于四庙乡阎老庄入县境，蜿蜓曲折长38公里，至王市乡马高庄入淝，流域面积199.2平方公里。支流有巩马沟、红莲沟、高冲沟、阜涡河、小港沟、团结沟、黄流沟、中心沟、茨淝河、新建沟10条。
跃进沟，原名汝市沟。西起孙庙乡周长营，东南流，经王市集北于马场附近入淝，长7.8公里。富民沟，原名孙市沟，曾称大寨沟，西起刘寨乡汝西营，东流，经王市集南马场附近与跃进沟会合入淝，长12.5公里。两沟流域面积共39平方公里。菜花港，由北、中、南菜花港组成。北菜花港，西起孙庙集北，东南流，至东城乡大沈营与南菜花港会合，长8.5公里；中菜花港，西起孙庙乡田庙，东流，至东城乡王营与北菜花港会合，长8.7公里；南菜花港，西起王人乡汝老家，东流，至大沈营与北、中菜花港会合后再东流，至王市乡沈冲入淝，长15.5公里。总流域面积48.2平方公里。
茨淝河东段，西起王人集北，东流，经高堂乡，至东城乡后梁庄入淝，长18.3公里，流域面积22.8平方公里。
三义沟，西起东城乡前赵楼，东南流，至后李庄东流，于王营乡马小庄入淝，长10.7公里。流域面积14.6平方公里。
阜蒙河西段，西起阜阳县三姓庄，东流，至永兴乡西前营入县境，再东流，于马店乡小泥沟入淝，长14.8公里。支流有北黑土沟、干溪支沟、长流沟。流域面积共122.6平方公里。
新建沟，西起马店乡马耿庄，东流，至双沟集入淝，长7公里。支流有团结沟、龙凤沟。流域面积共25平方公里。
淝左大沟9条小龙沟，北起柳西乡高黄庄，南流，至刘小湾入淝。长5.3公里，流域面积11.7平方公里。
何沟，北起柳西乡刘庄，南流，至前何庄入淝。长5.8公里，流域面积13.5平方公里。
西柳沟，上游分2支：一支起涡阳县界洪河南岸，另一支北起高公庙南同和寨，南流，于柳西乡董庄会合，东南流，至张庄折向南流，至王营子入淝。长16.5公里，流域面积51.5平方公里，其中县境内7.5公里，流域面积19.7平方公里。
乾溪沟，俗写作干溪沟。北起亳县地韩家桥，南流，经涡阳县标里集、小王庄截引入花沟。自小王庄向南流，经孙店集，至张村镇崔庄入县境，再南流，经张村铺于管台子入淝。长29.5公里，流域面积120.8平方公里，其中县境内长12公里，流域面积24.4平方公里。
罗沟，北起涡阳县花沟南岸小唐庄，南流，至三里湾乡杜竹园入县境，再南流，经刘营庄，至刁楼入淝。长29.2公里，流域面积80.5平方公里，其中县境内长12.4公里，流域面积47.5平方公里。
安营沟，上游分3支。西安营沟、东安营沟分别北起涡阳县地龚大庄、龚小桥，南流，至纪王场乡入县境，于高寺会合，再南流，经管桥、郭桥至孙小庄南与直沟会合。直沟，北起涡阳县芡河南岸张庄，南流，至纪王场乡三里杨入县境，再南流，经纪王场、路集、孙集，至孙小庄南与安营沟会合，西南流，于关台子入淝。安营沟长19公里，直沟长18公里，流域面积共74.6平方公里，其中县境内安营沟长17.5公里，直沟长16公里，流域面积共56.6平方公里。
青龙沟，北起纪王场乡纪大寨，南流，经祝长营、许沟口、冯寨、张营至马湾套入淝，长15.1公里，流域面积43.5平方公里。
黄龙沟，北起纪王场乡高庄，南流，经马桥、西潘楼，于大渡口入淝，长19.8公里，流域面积29.5平方公里。早阳沟，北起江集乡王大庄，南流，经老张集、冯板桥，于杜庄入淝，长16公里，流域面积29.8平方公里。
2.利阚新河水系。西北起于阜蒙河驻马沟口，东南流，至阚疃集北注入茨淮新河，长15.81公里，流域面积303.3平方公里。支流河沟有7条。
红丝沟，上段分3支：西红丝沟，北起江集乡江吴，南流，经桥西、王梁，于蒋大桥入阜蒙河，长20公里；中红丝沟，北起老张集乡孙楼，南流，经张寨、刘大庄，于倪庄入阜蒙河，长8.9公里；东红丝沟，北起春店乡杨大楼，南流，经刘小桥、王油坊，于韩寨入阜蒙河，长4公里。原3水南流于城郊乡苏小庄会合后，注入西淝河。1958年开挖阜蒙河，截断3水，注入阜蒙河后西流入淝。1976年春开挖利阚新河后，经阜蒙河转注利阚新河。流域面积共41.8平方公里。下段长4公里，经城郊乡苏寨电力排灌站注入西淝河。
车辙沟，上段北起涡阳县楚店集，南流，至纪王场乡四里桥入县境，于前贾庄截入勒马沟；再南流，经崔小集、江集、五里庄、春店，过县城，于李桥口入阜蒙河，长21.8公里，流域面积46.8平方公里。下段自利辛集西向南流，长4.5公里，于城郊乡武湾电力排灌站入西淝河。
驻马沟，上段北起灶沟，南流，经陆小楼、刘家集，于城东双桥入阜蒙河，长19公里，流域面积32平方公里。下段自双桥向南流，长6公里，经王寨电力排灌站入西淝河。
东柳沟，北起涡阳县地白膏沟南岸，南流，至纪伦寨乡李小桥入县境，再南流，于王倪家庄北截入勒马沟；再南流，于郑小集北截入灶沟；再南流，经刘桥、刘染、陈营、武寨，于后杨入利阚新河，长20.8公里，流域面积43.6平方公里。利阚河以下向南流，长7.2公里，经赵桥电力排灌站入茨淮新河。
界沟，上段北起徐小寨，南流，至张庄西北入利阚新河，长20公里，流域面积27.3平方公里，利阚新河以下，西南流，长4.7公里，流域面积25平方公里，经红砖寺电力排灌站入茨淮新河。
黄沟，上段北起灶沟，南流，经吕桥、康桥，于程集乡陈庄入利阚新河，长23.9公里，流域面积55.3平方公里。利阚新河以下经红砖寺电力排灌站入茨淮新河。
白洋沟，北起芡河南岸的戴东庄，南流，经周集、高皇庙西，于阚疃集北三里庄入利阚新河，长21.1公里，流域面积61.3平方公里。下段经阚疃集，于码头桥入西淝河。
3.港河(上段)水系。上游称凤凰沟，源于中疃和孙长营之间的阜蒙河南岸，东南流，经高皇庙，至刘营子始称港河，东南流，于前田寨入蒙城县地，再东南流入凤台县地李嘴子注入西淝河，长60公里，流域面积约528平方公里。上段于谷圩乡宋庄入茨淮新河，长21.5公里，县境内流域面积38.3平方公里。支流有汽沟、狮子沟。汽沟，北起中疃乡稀饭孙庄，南流，经高皇乡刘大桥分为2支，一支东南流入狮子沟，另一支西南流入港河。
狮子沟，北起望疃乡陆楼，东南流，过阜蒙河，再东南流，至高皇乡西刘板桥入蒙城县地，西南流，至谷圩乡张赵庄南入港河。县境内流域面积18.8平方公里。
4.郑沟水系。北起谷圩乡横河，南流，至五里郑折东再向南流入茨淮新河，长7公里，流域面积23.9平方公里。
西淝河(下段)流域北起茨淮新河南岸后刘营，东南流，经阚疃集南、展沟集东，至苏湾乡汤店子出境入凤台、颍上县地，于峡山口注入淮河，长76.4公里，流域面积2242平方公里，其中县境内长26公里，右岸主要支流有南黑土沟、背沟、马胡河、苏沟、毛沟，左岸有中沟，流域面积共396.2平方公里。
南黑土沟，西起院寺乡沈小湾，东南流，经院寺至张桥折向东北流，于马浅子入淝，长9.5公里，流域面积约39.5平方公里。
背沟，上段为马胡河。马胡河分为两段，北段起于马店，南流，至叶老家注入茨淮新河；南段自马胡引水涵向南流，经杨湖庄折向东南流，至胡集东向南流入背沟。背沟西起乌江东岸小赵庄，东流，至新张集入淝。马胡河下段长13公里，背沟长13.5公里，流域面积共83.1平方公里。
桑子沟，西起斜沟，东流，至王湾入淝，长7.5公里，流域面积23.1平方公里。
苏沟，西起阜阳县插花庙南杨桥，东南流，至板集南入县境，东流，经陶集、展沟集入淝，长45.9公里，流域面积267.2平方公里，其中县境内长15公里，流域面积103.6平方公里。
乌江，西起阜阳县地李老家，东南流，至大李集乡李大庙入县境，再东南流，沿阜利边界至板集出县境入颍上县地，于郭门东庄入济河。
毛沟，利颍两县边界沟，西起颍上县江北店子，东南流，于展沟集东南入淝，长20公里，其中县境内流域面积17.2平方公里。
涡河(芡河上段)流域1954年治淮工程，将芡河上段截引入涡，石雁沟截引流域面积49平方公里，白膏沟截引流域面积128平方公里，孙沟湾截引流域面积133平方公里，北凤沟截引流域面积101平方公里。县境内属涡河流域的支流有大金沟、北凤沟、孙沟湾、阜蒙河东段，流域面积共218.8平方公里。
大金沟，西起盛黄乡东施桥，东北流，经小马庄入涡阳县地，至西阳集入涡河，全长15公里，其中县境内长6公里，流域面积15.5平方公里。
北凤沟，上段称勒马沟，西起纪伦寨乡前崔庄车辙沟，东流入芡河，长9.5公里；下段称北凤沟，自芡河向东北流，经盛黄乡庙东庄入蒙城县地，至西阳集入涡河。其中县境内长5公里，流域面积58.2平方公里。
孙沟湾，西起望疃乡蔡机房，东北流入蒙城县地，全长18.4公里，其中县境内长6公里，1954年引芡入涡工程之一。支流有傅韩沟、蒋凤沟，流域面积29平方公里。
阜蒙河东段，西起望疃集卫星河，东流，至利蒙边界长7.5公里。芡河自盛黄乡康桥南流入阜蒙河。支流有灶沟、蒋湾沟、西凤沟、大寨沟、耿马沟、卫星河，流域面积共116.1平方公里。
芡河(下段)流域北起望疃乡汪大桥阜蒙河南岸，东南流，经芦沟乡杨长营入蒙城县地，再东南流入怀远县地，于上桥注入茨淮新河，长约86公里，其中县境内长8公里，流域面积84.4平方公里。支流有芦沟、彦沟、泥沟。
芦沟，西起望疃乡郭旮旯子，东流，经芦沟乡娄庄入芡河，长8.3公里，流域面积18.8平方公里。
彦沟，西起望疃集南邵庄，东流，经芦沟乡前长营入蒙城县地，至吕望集入芡河。其中县境内长8公里，流域面积18.8平方公里。
泥沟，上游分2支。老泥沟是利蒙边界沟，西起高皇乡狮子沟，东南流，经芦沟乡曹庄入蒙城县地，其中县境内长9公里；新泥沟西起望疃集南何庄，东南流，至后陈庄与老泥沟会合，于蒙城县三义集入芡，其中县境内长8公里，流域面积共26.5平方公里。
(二)地下水
储藏量据安徽省323地质队勘测资料及其他资料分析，县境内浅层地下水(40米以内)有两个含水层，富水区面积939平方公里，占全县总面积48.2%；贫水区面积1011平方公里，占全县总面积的51.8%。地下水静储量39.744亿立方米，调节储量1.045亿立方米。
补给量地下水补给主要是大气降水的渗入，丰水年补给量为4.29亿吨，一般年份为3.149亿吨，干旱年份为1.989亿吨。
消耗量①蒸发消耗：丰水年0.729亿吨，一般年0.624亿吨，干旱年0.269亿吨；②农灌消耗：丰水年1.44亿吨，一般年3.24亿吨，干旱年6.3亿吨；③人畜消耗：平均年总耗量0.112亿吨。