一、管理机构
1、行政管理机构
解放前，阜南境内水利工程由阜阳县建设科分管。解放后，1949年7月23日成立阜南行政办事处淮洪水利委员会，方集、于集、公桥3区各聘1名地方知名人士且有治水经验者为委员。
1952年2月，阜南县淮洪水利委员会成立建设科。1953年6月，淮洪水利委员会改称农水科。1954年1月，农水科改为水利科；1957年6月，水利科改为水利局。1959年6月，水利局改为水电局。1961年10月，水电局复改为水利局。1968年10月，复改水利局为水电局。1969年5月，水电局改为水电革命领导小组委员会。1970年6月，水利局革命领导小组委员会改为水利电力局革命委员会。1978年10月改水利电力局革命委员会为水利局。1980年，设曹集、中岗、黄岗、苗集、朱寨、三塔、柴集、赵集、方集、地城10个区水利所。1981年增设城关水利所。
2、工程管理机构
洼蓄洪工程管理处1953年在淮、洪河主要干提和王家坝闸、郜台退水闸基本竣工后，及时成立了王家坝闸管理所和老退水闸管理所。1955年成立濛洼蓄洪工程管理处，分设曹集、老退水闸、洪河3个管理段，对王家坝闸、退水闸、横沟闸实行全面有计划的管理和养护。1957年设王家坝、马寨、庞台子、洪集、郑湾、方集、黑龙潭7个管理段。1958年，合并成立方集、地城、安岗3个管理段，建立21个专职管理养护队，有专管员243人，涵闸专管员51人。1961年9月管理处撤销。
淮河修防所1961年10月，阜南县水利局成立淮河修防所，主管洪、濛洼堤防、河道和防洪涵闸。下设曹集、地城、方集3个工程管理段。1981年3月，淮河修防所成立堤防锥探灌浆队，负责全县国家管理的防洪堤防出现的洞穴、裂缝、渗水等险情堤段的灌浆加固，确保防洪安全。
工管股1957年6月，阜南县水利局设工管股，主管全县内河防洪、排涝、蓄水、涵闸工程维修和养护工作。
机灌股、站1957年6月，阜南县水利局成立机械灌溉股，主管全县流动灌溉机械管理、维修、机械司机培养。1959年6月撤销，1961年10月恢复。1969年5月改为机灌站领导小组。基层国营机灌站，每站配专职管理人员2—3人；集体机灌站由受益单位配专职管理人员。
二、工程管理
1、防洪工程管理
濛洼防洪工程管理1952年设郜台、曹集、崔集3个工程管理段，1979年合并为濛洼水利工程管理段，配职工13人，管理堤防长95.26公里。堤防内外侧护堤地各宽30米，属国家所有。配专管员9人，群众管理员1200人，管理段下设黄岗、郜台、段台、曹集、老观、崔集、桂庙、大同、胡套9个小段。
洪洼防洪工程管理1955年设方集、地城两个工程管理段。管理范围：洪河左干堤长48.269公里，堤防内侧20米，外侧30米的护堤地属国家所有，每100—200米堤段配群众护堤员1人。
洪河分洪道右堤长41.1公里，左堤长41.9公里。方集分洪道左右堤长2.2公里。洪河分洪道左右堤护堤地内侧宽20米，外侧宽40米属国家所有。各堤沿堤防洪涵闸共有25座，每座涵闸配群众护闸员1人。
濛左堤管理范围长12.1公里，沿堤小型涵闸4座，每座涵闸配群众护闸员1人。
河道清障阜南县南部湾区人多地少，群众在淮河外滩和濛河分洪行洪区内栽植杞柳、荻柴，严重阻水，影响行洪，违反了国家有关规定。1973年阜南县进行大规模河道清障，4月，国家水利部、淮委、省、地领导亲临阜南县指导清障。阜南县成立清障指挥部，抽调县直各机关负责人，24个公社的人武部长及当地干部共300多人参加清障。先动员群众割除杞柳、荻柴，后组织机械翻耕，最后再拾净根茬。日出工最高达5万人，机械6台。当年清除阻水植物5.4万亩，其中杞柳1.4万亩，荻柴4万亩。清后，每亩由县里补助群众经费1元。
由于放松管理，1974年春季，阻水生物复生，加之当地群众新栽插，阻水生物迅速发展，阻水严重。6月，阜南县水利局组织6部大型拖拉机，每部配6人，实行三班制，昼夜不停，突击碾压。1980年阜南县人大常委会通过淮洪河道堤防管理条例，但因贯彻不力，管理不善，因此，为时不久，淮河外滩及濛河分洪道、行洪区内阻水生物又依然栽植，生长如故。
河道、堤防绿化管理1953年全县堤防开始绿化，当年在淮堤植树16900棵。1955年至1959年，淮堤内外滩地大部分栽种了耐水树苗，在堤顶和内外坡栽植了爬根草、荆条、杞柳等护堤草木。1958年“大跃进”，据统计当年冬至1959年春，全县河道堤防绿化植树2863.3万棵，其中堤防植树190.3万棵，河网及其他工程绿化植树2673万棵，栽把柳243.3亩，洪河堤防栽草63万平方米，全县236公里主要干堤有80公里达到“四无”要求：无雨淋沟浪窠、无绿化空白，无洞穴隐患，无牲畜放牧和人为破坏事故。“文化大革命”时期，树木被砍伐严重，绿化面积减少。
至1985年，濛洼堤防植树11万棵，栽杞柳500亩，荻柴700亩，占可绿化面积的36.8％。洪洼堤防绿化5495亩，占可绿化面积的31％。内河中型涵闸绿化33亩，占可绿化面积的71.8％。全县堤防护堤地1.75万亩，全部给群众承包经营，收益由国家分三成，群众分七成。除洪水年份外，每年平均经营收益上交国家4.5万元。
2、内河工程管理
内河所有防洪、排涝、蓄水闸、涵、坝、堤等工程由县水利局工程股管理，基层各区、乡及水利所也成立了管理组织。中型涵闸由国家管理，成立闸管所，配有管理人员。小型涵、闸、坝、堤由受益乡、村选派群众护闸、护堤员管理。划有护闸地，属国家所有，由闸管单位经营。
3、排灌工程管理
机电排灌工程管理1963年至1985年全县建小型机电排灌站111处，其中国营管理3处，装机3台，容量135千瓦，设计灌溉效益0.9万亩，各站配备国家正式职工进行管理。集体管理的108处，有小型电灌站78处，机灌站30处，安装电机118台，4543千瓦，柴油机58台，1984马力，设计灌溉效益23.49万亩。管理人员由受益乡村选派。
1979年后，农村实行生产责任制，机电排灌站没有一套与之相适应的管理措施和方法，一度出现站房被扒，机电设备拆除转用，渠道平毁，有的变压器、电机被盗等现象，1980年至1985年，全县机电灌溉站大部分遭到不同程度的破坏，完全丧失排灌能力。经批准报废37处，其中机灌站21处，电灌站16处，尚存的机电灌站，装电动机26台，311千瓦；装柴油机40台，1506马力，设计效益16.35万亩，减少30％。1985年实际有效灌溉面积4.48万亩，占设计效益的27.4％。
井灌工程管理全县井灌工程由于一度管理不善，井灌效益不能发挥使用。1981年，全县4578眼机井均有不同程度的淤积损坏，其中4028眼机井不配套，占88％，1985年，全县配套机井3709眼，占81％。新建井房27间，井盖2672个，灌溉效益较1981年大为提高，其中黄岗镇井灌水稻由1981年的400亩，单产350公斤上升到1985年的3100亩，单产400公斤。
三、管理法规
濛洼、洪洼是阜南县粮、油和经济作物的重要产区，确保圈堤防洪安全关系到农业发展和人民生命财产的大事。为加强河道堤防管理，阜南县第六届人民代表大会常务委员会第一次会议，于1980年9月12日通过了《淮河、洪河河道管理条例实施细则》。细则对淮、洪河的河道管理保护、涵闸的管理运用都作了具体规定；明确了在濛洼、洪洼兴建工程的审批程序；在确保工程安全和有利工程管理的前提下，要求充分利用水上资源，积极开展生产经营；对保护水利工程设施、水文设施和防洪安全有功的单位和个人予以奖励，对危害防洪安全的案件应予严肃处理。为了强化管理，除建立修防所、工管段等分级管理组织外，还确定濛洼、洪洼联合成立工程安全管理派出所，驻王家坝，负责依法贯彻执行管理条例。
建国以来，阜南县兴建了大量的水利工程，对减轻水旱灾害，促进农业发展，发挥了显著作用。但是，多年来由于极左路线的干扰破坏和工作上的失误，在水利建设上重建设轻管理，使许多工程未能发挥应有的作用，有的甚至造成严重破坏以致报废。为此，阜南县人民代表大会常务委员会制订了《阜南县内河水利工程管理条例》，并于1981年1月17日第二次会议通过。条例对阜南县境内的界南河、润河、谷河、小草河、小润河的河道、圩堤、涵闸、机电井、排灌站、桥梁等建筑工程的管理，作了具体规定。从此，全县各类水利工程的管理，有了法规性依据。