1948年1月，初建县时建有公桥、于集、苗集、柴集、中岗5区，4月，中岗区划入颍阜县，增设赵集、许堂2区，至年底，县共辖6区33乡。
1949年2月，阜南归并阜阳县。
1949年6月30日，设阜南行政办事处，辖赵集、苗集、于集、公桥、方集（由临泉县划入）、黄岗（由颍上县划入）6区78乡。
1950年5月，增设中岗、薛集2区，全县共8区104乡。6月，改阜南行政办事处为阜南县。
1951年12月8日，薛集、中岗、方集建乡级镇，仍属原区管辖。
1952年5月，由阜阳县划来柴集、许堂、朱寨3区57乡，计48883户，208206人，451685亩地。至此，全县共11区157乡，1375行政村，4706个自然村，149783户，692658人。
1952年12月，析旧区新增地城、王化、焦陂、张寨、新寨5区及析乡增乡。全县共16区，198乡。
洪、淮河截弯取直后，1955年9月经国务院内务部批准，调整阜南县与河南省淮滨县县界。淮滨县三河、栏杆、赵集3区的桂庙、邬岗、王小圩、胡庄、栏杆、台庄、范庄等7乡的100个自然村，2357户划归阜南县；阜南县地城区王湾、两河集的7个自然村，257户划归淮滨县管辖。
1955年12月，调整区乡，撤销薛集、中岗、焦陂、王化、张寨、新寨、公桥7区，保留赵集、苗集、黄岗、方集、于集、柴集、许堂、朱寨、地城9区，增设安岗区。全县计有10区，78乡，3个区辖镇。
1957年4月，保留柴集、方集、黄岗、朱寨、安岗、地城6区和薛集、中岗2个县辖镇，撤销赵集、苗集、许堂、于集4区。将78乡改为48乡，其中区辖34乡，县直辖14乡。
1958年9月，撤销区乡制，改建为朱寨（幸福）、柳林（红旗）、安岗（淮丰）、方集（东升）、黄岗（跃进）、赵集（东风）、许堂（卫星）、柴集（先锋）、中岗（前进）、地城（火箭）、城关镇11个人民公社，117个生产大队。
1961年12月，恢复区建制，改11个公社为11个区，划小人民公社，全县设61个人民公社。
1963年1月，城关公社改称城关镇（县辖镇）。全县计10区，1镇，63个公社。
1969年5月，撤区并社，全县划为25个人民公社：即城关、田集、赵集、会龙、柳沟、苗集、中岗、焦陂、黄岗、崔集、曹集、郜台、龙王、地城、于集、公桥、方集、关堂、王店、柴集、新村、三塔、许堂、朱寨、袁集人民公社。
1971年，增设水上、张寨2个公社，全县共27个人民公社，552个生产大队。
1979年7月，复区分社，全县划10区，1镇，79个公社和中岗、方集2个区辖镇。9月，增设六里、花园2个公社。
1980年3月，析苗集区的马棚公社、黄岗区的杨家公社，并中岗镇为中岗区。
1983年4至7月，将人民公社改为乡（镇）。水上公社改为水上运输公司，归县交通局管理。1984年，方集镇上升为县辖镇。1985年全县计有11个区，2个县辖镇，82个乡，707个村民委员会。具体区划见下表。
表11985年行政区划一览表