民国时期，防疫工作由县卫生院代管。解放后，卫生防疫工作由县人民政府直接管理。曾于1950年，组织医务人员786人，为全县儿童种牛痘，为成人注射霍乱疫苗和鼠疫苗。1956年县卫生防疫站成立，开展了卫生监测、卫生管理和各种疾病的防治工作。
(一)卫生监测
1956年，开展清理水源，对井水进行普遍消毒。1964年，对工业生产中的有害毒素进行抽样检查，发现329人接触矽尘、苯、铝、汞、硫化氢、氢氟酸、有机磷、一氧化碳等有害毒素。县化肥厂造气车间，一氧化碳高达625mg/m2。大大超出国家规定的标准。该厂根据检查意见，增设了防尘防毒设备。1981年，调查了国家提出的五种职业病，受检率为100%，未发现中毒现象。
1983年后，在定期进行有害物质测定中，发现各厂粉尘浓度均超过国家规定的卫生标准，直接受害职工1742人(其中女工375人)。县卫生防疫站建立“一厂一卡”制，要求各厂定期消除粉尘浓度。
(二)环境卫生管理
1963年后，皮革厂、制药厂、烟厂、纸厂、化肥厂、农药厂等单位，废物、废渣日渐增多，给空气、水源、土壤带来严重污染。县防疫站制订了治理措施，未能引起厂家重视。阜阳市成立后，县卫生防疫站的工作转向农村，在管好粪便、管好水源的同时，开展了改良水井、改良厕所、改良锅灶、改造畜圈、改善环境的“五改”工作。每年夏初，由指定的医疗单位先后为2749眼水井进行漂白消毒。对集镇及交通要道处1379眼水井定期进行了漂白消毒。
1974年至1977年，采用参观、学习、评比等办法，开展“五改”。共改水井2640眼，改厕所10748个，改猪圈7851个，并普遍地改造了锅灶。1978年，对井水进行了抽样检查，除三氮超标准外，其余均符合国家规定的饮水标准。1982年，县人民政府从周转金中调拨102000元，为口孜、袁寨、伍明、行流、宁老庄、华佗等区打生活水井1503眼(砖井34眼、机井19眼，插管井1373眼、小口井77眼)，生活用水得到改善。
(三)食品卫生管理
民国时期，食品卫生无人过问。解放后，县人民政府根据《中华人民共和国食品卫生管理条例》，加强了食品卫生管理。县卫生防疫站成立后，对食品的生产、加工和销售，均进行定期和不定期抽样检验。1962年，抽样检查糖业烟酒专卖公司及冠颍食品厂的食糖，发现了螨，立即通知停止出售。1963年，对县供销合作社经理部的食品进行抽样检验，发现羊肉中有嗜盐杆菌，在有关部门监督下，将羊肉焚毁。检查中，发现不合卫生标准的冰棒及其他食品，通知停止出售。同时规定：食品摊必须有防尘、防蝇罩，浴池要备面巾、澡巾、脚巾，饭店要有双筷、双巾、双刀、双板，碗有碗夹，筷有筷盒。经营人员，必须经过健康检查，否则不许开业或参与营业。因有要求，无检查，多未按规定去做。
(四)传染病防治
阜阳县历史上系传染病多发地区。据旧志载，明弘治十七年(1504年)至清光绪二十五年(1899年)，大的瘟疫流行有10次，万历三十一年(1579年)，“人死十之有六”(万历《颍州志》)。民国21年(1932年)，白喉症流行，城西孙庄102人，死去54人。民国26年，霍乱流行，城南李杨庄125人，死去83人。常见的传染病有：伤寒、副伤寒、病毒性肝炎、出血热、白喉、流行性脑脊髓膜炎(流脑)、麻疹、流行性感冒、钩端螺旋体病等。
解放后，以接种作为预防的主要手段，对各种传染病进行了强制性的预防。预防接种统计表1952年至1985年
表95单位：万人次
预防，有的传染病已被消灭，有的传染病得到有效控制。1961年，伤寒、副伤寒发病301例，死2人。至1984年，已无病例报告。1963年钩端螺旋体病，发病2001例，1967年后已无病例报告。1955年白喉发病547例，死亡65人；1956年发病532例，死亡32人；1964年发病407例，死亡99人；1965年发病83例，死亡4人；1981人年无病例报告。1952年，天花发病2400例，1985年，已无病例报告。由于卫生知识未能普及，有些传染病还时降时浮。较常见的有：病毒性肝炎、流行性出血热、流行性脑脊髓膜炎、麻疹和流行性感冒等。
(五)地方病防治
阜阳县地方病，主要有疟疾、分枝睾吸虫病、黑热病、头癣、疥疮、钩虫、丝虫、蛔虫等。
据统计，1951年至1983年，全县共发疟疾1103165例。最高的1977年，发病189159例。发病高峰期为每年的7、8、9、10月。为控制疟疾流行，在开展卫生灭蚊活动的同时，采用了奎宁三日疗法、乙胺嘧啶伯奎治疗法、氯奎和伯奎八日疗法。各级卫生单位送药到人。1980年，疟疾发病率为743/10万。
分枝睾吸虫病，1961年传入。当年10月抽样检查插花董庄106人的粪便，有肝吸虫卵者15人，占14.15%。年龄最小者4岁，最大者38岁。叶寨受检706人，平均感染率高为5.6%。病因多与吃螺蛳有关。近年来，加强了粪便管理及灭螺活动，对患者给予免费治疗。

麻疯病，是阜阳县威胁生命最严重的地方病。1957年前，麻疯病患者由省麻疯病院治疗。1958年，在口孜区汤圩征地200亩，建麻疯病村，收治8人，医药费、口粮均由国家供给。“文化大革命”期间，麻疯病院解散。1973年，再次对麻疯病普查，确诊14例，全部送凤台麻疯病院治疗。
黑热病，1951年，全县发病571例，治疗后，1952年降至25例，1966年降至7例，1970年，已无病例报告。
头癣，是农村中较普遍的地方传染病。1958年普查，全县发病5008例。经过治疗，1980年降至764例。1983年全部治愈。
疥疮，抗日战争时期，有“十人九疥”之说。建国后进行了普遍治疗，已绝迹。1981年，王店、闻集、袁寨、华佗等区又有发生，以王店区最多。1982年已全部治愈。
钩虫、丝虫、蛔虫，流行较广。1958年，县卫生部门制订了《钩、丝、蛔防治规划》，组建180人的防治队伍，分赴各乡治疗。当年对506916人进行粪检，发现钩虫(阳性)患者72428人，血检544340人，发现丝虫(阳性)患者62137人。1959年，采取村村清、片片清的办法，进行了普遍检查。查出全县钩虫患者198113人，丝虫患者123138人。服药后，多数治愈。但因不善管理粪便，上述疾病时有发生。
(六)其他疾病防治
解放后，肿瘤、浮肿和肺结核等病，得到了有效治疗。肺结核患者日渐减少。根据1978年的统计，肿瘤患者1273人。浮肿病(又称干瘦病)患者1773人，肺结核患者2320人。为加强治疗，阜阳地区拨给治疗专款137000元。1970年后，浮肿病已不见。