(一)管理机构
清末，县署设学正、训导。光绪三十三年(1907年)，县署设劝学所，民国3年(1914年)，县署设学务处。民国8年复改学务处为劝学所。民国14年，改县劝学所为县教育局。民国21年，改县教育局为县教育股，旋改县教育股为县教育科。民国36年改县教育科为县教育局。
解放后，县设民教科。1949年，教育从民教科分出，成立文教科；1969年，县革命委员会政治工作组设教卫小组；1971年，裁教卫小组，成立县教育局；1984年，改县教育局为县教育委员会，下设中学教育股、小学教育股、秘书股、人事股、财会股、业余教育股、招生办公室、教学研究室、电教办公室。
(二)行政管理
清代，训导、学正管理书院和义学。书院、义学设山长，负责书院、义学行政及人事任免事宜。清末，中学堂属省管，小学堂属县管。堂长由管理单位委派，教师由堂长聘请。
民国之后，中学属省管，小学属县管。官办中、小学校长由省和县委派，私办中、小学校长由校董会推选。教师均由校长聘请。民国28年(1939年)，实行“政、教、卫”合一，公办中心小学校长由所在乡(镇)长兼任，教导主任由县教育科(局)委派，教员由教导主任提名，征得乡(镇)长同意后聘用。私办小学教师经校长提名，征得校董会同意后聘用。
解放后，小学受县、区双重领导，公办完全小学校长由县人民政府任命，公办初级小学校长由县文教科(局)任命。教师均由县教育局委派。民办小学校长及教师由校董会提名，报区、乡人民政府批准、任命。完全中学校长由省人民政府任命，委托专员公署管理，教师由专员公署文教科委派。初级中学校长由专员公署任命，委托县人民政府管理，教师由县人民政府文教科委派。1958年后，中、小学校长、教师均由县人民政府委派。1962年，经过整顿，完全中学校长由专员公署提名，报省人民政府批准、任命，初级中学校长由县人民政府提名，报专员公署批准、任命，完全中学教师由专员公署文教科委派，初级中学及小学教师由县文教科委派。1964年，农业中学公办中学(主要是初中)、小学民办教师由区、乡选聘。“文化大革命”中，中、小学革命委员会主任及委员人选由师生协商，报县革命委员会批准、任命。1984年后，公办中学校长由县人民政府任命，教师(包括教导主任、总务主任)由县教育委员会委派。中、小学中的民办教师由行政村、乡(镇)推荐，经区教育办公室审查，报县教育委员会(局)批准、任命。
(三)学籍管理
民国时期，中学学籍由省教育厅管理，私立中学学生的学籍报省教育厅备案，小学学籍由县教育科(局)管理，私立小学学籍报县教育科(局)备案。
1949年，灾情严重，学额常变，学籍未立卷管理。1952年，中央教育部《关于纠正乱转学、乱插班的混乱现象的指示》下达后，学籍管理逐渐正规起来。中学、师范学校学生的学习成绩及评语均报县备查。
“文化大革命”中，学籍管理被当作“管、卡、压”的修正主义教育手段而被废除。
1981年，县教育局根据教育部颁发的《中、小学管理条例》，制订了《阜阳县中、小学学生学籍管理试行办法》，规定小学学生的学籍由学校保存，中学学生学籍报县教育局存档。1984年后，高、初中学生的毕业证书经县教育委员会审定颁发。
(四)经费管理
清末，书院及义塾经费均来之学田，全县有学田2万余亩。
民国之后，书院学田改为县学田，义塾学田及一部庙产改为区学田，全县有学田3.65万亩。民国17年，将倪嗣冲逆产之一部拨为学田，全县县学田1.7万亩，区学田2.96万亩，共4.66万亩。正常年景，每年约收课279万公斤，由县教育经费管理委员会统管统支。若收不敷出，省、县拨款补助，或增加地亩特捐。私立中、小学经费，来自学费收入，若收不敷出，由校董会筹集。
解放后，废除学田课租，办学经费由国家拨付。土地改革时，学田分配给无地、少地农民，公办中、小学的的经费，由国家拨付，民办公助学校的经费，公助部分由国家拨付，民办部分由群众筹集。1970年后，公办中、小学的教师工资由国家拨付，学费不再上交，留作为办公开支，多不退，少不补。民办中、小学的教师工资仍由群众筹集。1952年，国家支付教育经费30672元；1985年，国家支付教育经费8784000元，是1952年的286.3倍。
几个年份教育经费支出概况表
表91