(一)航道
县内有颍河、泉河、茨河、茨淮新河等主要航道。
颍河，上通太和、界首、陈州，下经沫河口入淮河。最大水深13米，最小水深3米，可四季通航。
泉河，上通临泉，下经三里湾入颍河。最大水深8至10米，最小水深3至5米，可四季通航。
茨河，上通关集、原墙，下经茨河铺入颍河。最大水深10米，最小水深4米，可四季通航。
茨淮新河，西与颍河、茨河交汇，下在淮远县入淮河。最大水深8米。常年平均水深4至6米。可四季通航。
（二）码头
颍河，在县境内沿岸有两河口、行流、茨河铺、三里湾、袁寨、口孜等码头。
1953年，于三里湾建客运码头，有360平方米的候船室一幢。1959年，在七里河建块石结构码头。1966年，将七里河码头加长614米，增建直立码头2座，斜坡式码头4座，线桥式码头6座，30艘50吨驳船可同时装卸。1971年，在颍河闸北铁路下河线处建长度为365米的新港码头，可停泊100吨驳船40艘，设有装卸机12台。年吞吐量37万吨。泉河，在县境内沿岸有大田、龙王堂、坎河溜等码头，可停泊20吨级驳船。
茨淮新河，在县境内沿岸有茨河口、新建集两座码头，可停泊100吨级驳船。
茨河，在县境内有茨河铺、店集两座码头，可停泊20吨级驳船。
（三）渡口
民国时期，颍河在阜阳县的主要渡口有：口孜集的刘伶渡口，洄溜渡口、袁寨渡口、三里湾渡口、季渡口、毛窝渡口、殷溜渡口、茨河铺渡口、行流渡口，两河口渡口。
泉河在阜阳县的主要渡口有：官摆渡、私摆渡、坎河溜渡口、大田集渡口、老湾寨渡口、龙王堂渡口。
茨河在阜阳县的主要渡口有：茨河铺渡口、店集渡口、马楼渡口。
三十里河有三十里渡口；柳河有柳河站渡口、闻集渡口；乌江有乌江渡口。
以上渡口，除三里湾有大渡船外，其他渡口均为小划子摆渡。每只船定员在10人左右。无专人管理，过河费各渡口自定，本地人过河当时不收费，秋后要粮叫做讨“秋封”。解放后，在一些河流上的主要交通要隘处架起了桥梁，废掉了一些旧渡口，但因道路不断增加，又开辟一些新渡口。1985年全县有渡口89处，渡船53只，划子36只，渡工218人，由县交通局和各区交通管理站统一管理。
1985年各渡口概况表
表37

（四）水上运输
1．运载工具
民国时期，航驶在各河流上的有各种船只，小者称为“划子”，一般载重3到5吨，大者前后两段，称为对连划，一般载重30吨到50吨。民国15年(1926年)，乡绅周文生从南京、蚌埠等地买来“乐河”、“同森”、“汇安”、“新安江”、“永安”、“江宁”等6艘旧客轮，开展阜蚌、阜界之间的客运，大量的货运仍靠木帆船。
1952年前，水上客货运仍靠木帆船，1952年后，成立华东内河轮船公司安徽省淮河公司阜阳办事处，用无座位客轮12号、13号，开展阜阳至正阳关的客货运业务。1953年调来定员280人的“飞跃”、“前进”号客轮，将运输业务扩展至界首、大田集、关集。
2．客运输客运
1949年全部用木帆船运输，全年运输1.9万人，周转量46.14万人公里；1952年开始使用轮船运输，年运4.2万人，周转量378.2万人公里；1956年，年运量为10.42万人，周转量760.59万人公里；1964年年运15.45万人，周转量588.67万人公里。1970年后长途汽车班次逐年增加，濉阜铁路正式营运，水路营运逐渐萧条，1979年客轮被调出，客运终止。
货运：1952年前，蚌埠私营轮船来阜承揽货运业务，1952年后，内河轮船公司成立，1954年货运4.1万吨，周转量795万吨公里，1959年货运19.1万吨，周转量3305万吨公里，1965年货运17万吨，周转量2179万吨公里。因货轮不多、大量货运仍靠木帆船。
1952年，县人民政府把分散的个体木帆船集中起来，组织18个中队、107个小队，当年货运2.15万吨，周转量300万吨公里。1956年3月，成立淮颍、淮安、民主、幸福、和平、胜利6个初级合作社，共有木帆船551只，当年货运量18万吨，周转量122.3万吨公里，1958年7月，将6个初级运输合作社组成光跃高级木帆船运输合作社，当年货运量19.9万吨，周转量1670万吨公里。1959年6月，改高级运输合作社为阜阳颍河运输人民公社，当年货运量11.93万吨，周转量1474.7万吨公里。
1975年，颍河运输人民公社划交阜阳市，县尚有插花船队及部分个体船只。1985年全县有轮驳船346艘，木帆船380只，当年货运量74.5万吨，周转量7384万吨公里。