一、传入阜阳教派
十九世纪以来，基督教发展多样化，教派林立，各种教派纷纷向我国差派传教士传教，并深入内地，组设传教机构，称作“差会”。传入阜阳地区的教派有：
1、内地会
内地会是各教派中在阜阳发展最大的教会。清光绪十一年(1885年)由英籍弗尔德牧师传入太和县，在东大街建双层楼教堂1座，占地3000平方米。清光绪十二年(1886年)由澳籍牧师密尔修奉上海差会派遣来阜阳传教，赁施凤亭民房4间，一面开诊所，一面传教。光绪二十九年(1903年)有英籍优路斯、文光斗和荷籍贾合理3牧师来阜买宅建教堂。光绪三十四年(1908年)山东籍传教士王会英到颍上县传教。民国6年(1917年)颍上人姚华轩等人传教，1923年在旗杆巷北首建教堂一座14间，后在张泊渡、新集设分堂，信徒最多时达300余人，原属上海差会，1918年后属蚌埠差会。1920年后，河南省沈丘县英籍牧师童约翰传入鲖城镇(今属临泉县)，阜阳县栗头店内地会信徒刘得道等人传入今临泉县东杨桥镇。1929年临泉于宏图、于洪筹、太和刘逢林、刘恒德、李万仓传入界沟集(今界首县)，1937年建教堂3间。1937年于宏图在新村(今属阜南县)街上设堂传教。
1937年在阜阳成立内地会阜(阳)太(和)区联合会，下设9个教区31个分堂，信徒约2000余人。第一、二教区在阜阳，第三教区主要在颍上；第四教区在霍邱；第五教区主要在阜阳县；第六教区主要在临泉；第七教区主要在凤台；第八教区主要在阜南；第九教区主要在太和。1940年在利辛县王人集(原属阜阳)设分堂。区会所在地分设在阜阳、高庄、三河尖、临水集、插花、临泉、阚疃、阜阳、太和。
2、安息日会(基督复临安息日会)
由美国派遣的差会，清宣统二年(1909年)美籍传教士乔国君由河南省周口传入颍上，于西大街设堂传教，称颍上教会，后在南照、江口、润河、三河尖设4个分会，信徒共约200余人。民国5年(1916年)在城关开设“三育小学”。
民国3年(1914年)，乔国君由颍上到阜阳在大隅首西设堂传教，设立分堂。抗日时期，南京沦陷后，1943年皖宁区会一度迁到阜阳，牧师吴明生，信徒约200人。后又传入阜阳县三塔(今属阜南)等地。
阜阳教会在行流、程集、蚂虾集、单桥、胡庄、杨寨、杨庄、吴家寺、柴集、小田集设10个分会。
3、自立会
系华人俞国桢1903年在上海创立。清光绪三十二年(1905年)传入颍上，信徒最多时只百十人，1916年停办。
1930年后河南省周口陈品洁等人将自立会传入临泉，设立10处分会，信徒500余人。
1937年于洪图长老在阜南县新村、王店、天棚、柴集等地号召信徒脱离“差会”势力，走“自立、自养”自办教会的道路。
4、中华基督教会
1927年由英美等17个传教会协商建立。早在光绪三十三年(1906年)，由北美长老会牧师罗炳生、明慕理2人在怀远县布道时派中国传教士孙子斌在蒙城新民街建教堂8间传教，罗、明2牧师每年到蒙布道一次。1925年扩建教堂38间，先后在移村、双涧、西阳(现属涡阳县)、范集、岳坊、王楼、小涧设立7处分会。属淮南区会——安徽大会——上海总会。
5、浸信会(中华全国浸信联合会)
为美国派遣的差会，属美国浸礼宗。清光绪三十三年(1907年)由美籍白牧师在亳县涡北董家街建华洋兼式教堂传教，随后美籍牧师包治丕由山东到亳接替白牧师，1914年教堂建成。1924年其弟包万德，妹妹包爱德也从商丘到亳传教，信徒日增，下设11处分堂，约2千余人，属开封教区。1948年由杨杜涛负责在蚌埠二马路开设分堂，信徒只有19人。
1937年亳县陶立信牧师经义门镇传入涡阳，在石狮子街张俊德家礼拜传教，后在龙山、高公、张村、佛镇、后崔庄设立7处分堂。
二、教会办事业
基督教传入阜阳地区后，和天主教一样兴办社会事业，以开设学校、诊所为主，也开办一些慈善事业，使教会与社会加强联系，促进基督教的广泛传播。
阜阳内地会开办培德男、女小学各1所，男校校长为中国牧师吴子恒，女校校长为美籍传教士苏女士。抗战时期开设“难童站”，由美籍罗夫生和加籍贾礼荣牧师负责。临水集分堂、三河尖分堂各开办培德女校1所，杨桥分堂开办培德男校1所。
阜阳复临安息日会，1923年开办“三育完小”和“三育中学”，于1932年迁至蚌埠。颍上县南照、润河、江口和三河尖4个分堂各开设“三育初级小学”1所。
蒙城县长老会1921年创办“兴华小学”，校长孙子斌。1948年又开设一所复式班，共3个班。
亳县浸信会城内分会开办“王巷口小学”，校长王镜堂。
新中国建立后，按国家法律“教会不得干预国家行政、司法、教育”的规定，教会学校、诊所、慈善机构均被人民政府接管。
三、现状
1951年在皖北皖南行署“处理接受外国津贴文化教育救济机关及宗教团体登记处”的领导下，开展对基督教各种情况的调查，对61名外籍传教士先后清除出境，割断与外国教会的经济联系，成立“基督教革新委员会”。在农村因进行土地改革运动，宗教活动暂停，1953年重新恢复。阜阳县成立了“基督教三自爱国运动委员会”，省于1962年成立“省基督教三自爱国运动委员会”，阜阳张启秀传道为常委，委员有阜阳唐效禹传道、亳县张效曾牧师。
1956年11月10日至12月8日，全国人大常委、基督教三自爱国会主席吴耀宗和全国人大代表、基督教三自爱国会副主席邓裕志等5人来安徽视察，在阜阳地区视察了蒙城、阜阳、临泉，深入阜阳县陈大、刘庄、周棚和临泉县尹庄、杨桥，对阜阳地区基督教三自爱国运动的巩固和进一步发展、对教育宗教人士热爱祖国和宗教活动正常化都起到了促进作用。
解放初，全地区除外籍传教人员外，有中国牧师12人，长老、传道36人，信教群众28800余人(含凤台县898人)。在党的宗教政策指导下，清除了教会内的帝国主义势力，开展“三自”爱国运动。1957年“反右派斗争”和1958年实行宗教制度改革，内地会、安息日会、浸信会、中华基督教会4个教派实行联合礼拜。阜阳内地会、安息日会两教堂合并。亳县涡北、城里、北关3个总堂合并。保留界首、蒙城2座县教堂。信教群众降为8238人。1963年至1964年“四清”运动时期，在宗教界人士中开展“反帝、爱国、守法”为主要内容的爱国主义和社会主义教育，信教人数再次降为5600人。1966年进入“文化大革命”时期，宗教活动被迫停止。
中共十一届三中全会后，随着宗教政策的逐步落实，信教群众成倍增加。全地区1979年为28444人，1980年为45774人，1981年为88632人，1982年为118892人。贯彻中央(82)19号文件后，每年以2万人的速度递增。