一、药政管理
建国初，药政管理工作由专、县卫生院负责。1952年，专、县卫生科设专职药政管理人员。1981年，阜阳行署卫生局设立药政科。到1985年底，全区有太和、临泉、阜南、界首县和阜阳市卫生局设立药政股。
1、医疗单位药品管理
1962年，阜阳专署卫生局制定出《药房工作制度》，对药房人员职责、处方使用、对毒、麻、剧、限药品管理，均作明确规定。1966年5月，阜阳专署卫生科组织25名中西药人员，分成5个检查组，对全区各医疗单位药房进行检查。在检查中发现各单位不同程度的存在若干问题，如对麻醉药品管理不严，无专用处方、无专人专柜、无锁、帐物不符；中西毒、限、剧药品，无专帐专柜，处方量超出规定限量；有使用过期、失效、霉变、虫蛀、变质变色药品现象；医院药房、药库卫生条件极差；有些医务人员滥用药品，乱用名词代替药品，特别是集体医疗单位尤甚。对存在问题，阜阳专署卫生科提出6条意见下发全区执行。
50年代，阜阳地区仅地区人民医院开展制剂业务(可生产蒸馏水、0.9%生理盐水、10%葡萄糖注射液、普鲁卡因等10多种)。60年代，一些县级综合医院也开展制剂业务，由于条件差，仅生产蒸馏水和一般制剂。70年代，全区医疗单位制剂业务大发展，全区县、公社医疗单位及生产大队卫生所办的制剂室达到100多家，大多条件简陋，技术力量差，缺少必要的检验手段，致使一些疗效不肯定，质量低劣的制剂用于临床。1982年，阜阳行署卫生局根据安徽省卫生厅有关文件规定，对全区医院制剂工作进行整顿。到1985年底，经地区验收合格由省卫生厅核发《医院制剂许可证》的有：阜阳地区人民医院、阜阳地区传染病医院；临泉、界首、太和、亳县、涡阳、蒙城、阜阳、阜南、颍上、利辛县医院；太和县倪邱区卫生院、临泉县长官区卫生院、阜阳县插花区卫生院、颍上县六十铺卫生院，计16个医院制剂室。
1973年起，阜阳地区的地县医院、中医院开始自制加工中药饮片。1981年，阜阳行署卫生局举办1期中药学习班，学制1年，重点传授中药加工炮制技术。是年，组织人员就全区医院、中医院中药加工炮制情况进行检查，对一些加工种类少，设备简陋，卫生条件差的单位，提出具体改进措施。1985年，再次进行检查时，各医院的中药饮片基本符合要求。其中亳县中医院精制中药饮片品种达245种。
2、特殊药品管理
1950年，阜阳地区根据中央人民政府政务院《关于麻醉药品临时登记办法》和国家卫生部颁发的《麻醉药品暂行管理条例》，对全区麻醉品经营和使用实施管理。50年代，全区麻醉药品供应凭阜阳专署卫生局核准的《麻醉药品印鉴卡》，到合肥医药公司专营处购买。1963年，经安徽省卫生厅批准在阜阳建立麻醉药品供应点。是年7月，安徽省卫生厅、重工业厅、财政厅、公安厅发出《关于加强麻醉药品管理严防流弊的联合通知》，阜阳专署卫生科根据通知精神，对全区医疗单位麻醉药品管理统一进行检查整顿。对一些无病床、无手术的医疗单位停止供应麻醉药品，现有麻醉药品全部上缴，重新制定购用麻醉药品管理办法。1979年，安徽省卫生厅将购用麻醉药品的审批权限下放到地区、省辖市级卫生局、阜阳地区医药站为全省麻醉药品二级经营单位，供应对象扩大到区、乡卫生院；对晚期癌症患者止痛用麻醉药品供应办法也作出规定。
“文化大革命”期间，不仅麻醉药品管理一度出现混乱，并且发现私种罂粟的犯罪行为。1977年，阜阳地区革委会卫生局配合阜阳县卫生部门在该县铲除罂粟6亩多。1981年，全区共铲除600万棵，其中阜阳县铲除300多万棵，对私种罂粟者，给予法律惩办。1985年，亳县查处罂粟壳700余斤，对责任人罚款人民币2374元。
50年代初期，对毒、限、剧药品没有统一的管理规定，各医疗单位根据传统习惯和药理知识，就毒剧药品特性进行管理。1958年，国家卫生部颁发《综合医院药剂科工作制度》，规定了毒限药品的管理办法。1964年，阜阳专署卫生科根据国家卫生部、化工部、商业部下达的《管理毒药、限制性剧药暂行规定》精神，制定出中西毒限剧药使用管理制度，采取与麻醉药相同的管理办法。
1985年，国家颁布的《药品管理法》正式将精神药品列为特殊药品管理范围。阜阳地区对精神药品供应办法是按麻醉药品的供应渠道，定点在地区医药采购站采购。先由使用单位写出申请经行署卫生局审批、核定供应级别，发给《精神药品购用印鉴卡》凭卡按限量购买。1985年底，全区经批准使用精神药品的医疗单位有196家。
3、药品生产管理
建国前，阜阳地区无制药工业。1958—1960年，阜阳、临泉、亳县、太和等县先后建立制药厂，生产中药膏、丹、丸、散、药酒及脱脂棉、纱布等40余种产品。1962年，均停产。70年代，农村大办合作医疗高潮兴起，全区各县纷纷办起“土药厂”，到1978年，随着全区农村合作医疗解体，这些小药厂先后停办。1980年，根据国家卫生部等单位《关于在全国开展整顿药厂工作》的指示，全区开展整顿药厂工作，到1985年底，经整顿验收合格的制药厂有：阜阳制药厂、阜阳第二制药厂、阜阳生物化学制药厂、亳州华佗国药厂、界首中药厂、临泉县制药厂、颍上医药包装材料厂，以上7家均由安徽省卫生厅发给《药品生产企业许可证》。
4、药品销售管理
建国初期，阜阳地区各县卫生行政部门会同工商税务部门对药品经销商店进行登记管理，当时，全区有西药房41家、中药房84家。为加强对药品市场管理和对建国前遗留下来的药品进行清点，阜阳专署和界首县相继成立五星药房，这2家药房属阜阳专署中心卫生院领导，五星药房作为国营药品经销单位，对控制、稳定阜阳药品价格和医药市场起到很大作用。
1953年，界首五星药房撤销，阜阳五星药房交阜阳专署卫生科管理。1954年，在阜阳五星药房基础上成立中国医药公司阜阳分公司，管理归属不变。1955年，医药公司交商业局管理。1960年底，全区各县均建立县医药公司，地直有阜阳地区医药采购供应站和阜阳地区中药材采购供应站。自建国起至80年代之前，全区的医药供销均由地、县国营医药公司负责。
1985年，国家颁布《药品管理法》，阜阳地区按照安徽省卫生厅关于药品经营企业必须具备经营条件的规定，对全区药品企业进行调查登记。针对经营单位和个体经营人员业务素质较差的情况，由县、市卫生局进行培训，地区负责考核。是年，全区共办培训班18期，培训医药销售企业人员1234人，考核2735人，考核合格者发给合格证书，符合开业条件者，经阜阳行署卫生局报安徽省卫生厅核发《药品经营企业许可证》，到1985年底，全区持有许可证者128家。
二、药品检验
50年代，阜阳地区没有药品检验机构。1964年9月，阜阳专区药品检验站成立，因缺乏办公地点和检验设备，药检工作基本上没有开展。1969年，阜阳地区药检所开展检查工作，项目只限于输液、小针剂、片剂类药品的含量、PH值等简单项目。到1982年止，陆续建成生物测定室、植物测定室、中药室，可开展灭菌液、抗菌素价测定、植物化学提取和中成药常规检验、中药材鉴别工作。
1、药品抽检
1978年抽检117批，合格68批，合格率58.1%；1979年抽检103批，合格63批，合格率63.1%；1982年抽检176批，合格76批，合格率43.18%；1983年抽检227批，合格106批，合格率46.7%；1984年抽检299批，合格151批，合格率50.5%；1985年抽检271批，合格195批，合格率72%。
2、查处伪劣药品
亳县化工社从1964年开始，用工业明胶及杂皮代驴皮生产阿胶7840公斤，价值人民币4万多元。1965年，该厂被取缔，并责令收回售出的假阿胶，不准药用。1982年，阜阳县插花镇10多家制药厂非法制售葡萄糖、氯化钠注射液等伪劣药品，由于得不到国家统一配给的专供静脉注射用的糖粉，竟用从江苏吴县购进的工业用葡萄糖粉充当专用生产原料，先后使用达10多吨之巨。实验证明：工业糖粉如用于人体静脉滴注，可使人体产生恶性循环，直接危害人民身体健康。这些厂后被取缔。
1985年8月1日至9月30日，阜阳地区在各级党委、经委领导下，会同公安、工商、卫生、医药等部门开展一场规模空前的查处打击制售假劣药品活动。在全区大部分医疗单位、药品经销单位自查自检基础上，地直和11个县、市先后抽调431人组织56个检查组，共检查全区各级医疗、医药单位3256个，查出各种假劣药品价值383038元，其中福建晋江生产的伪劣药品64498盒，价值72034元。按照《药品管理法》和国家卫生部文件规定，将伪劣药品全部没收并处以罚金38670元。伪劣药品在全区主要城市、集镇展览，尔后当众销毁。