一、公费医疗
1958年，阜阳专、县成立公费医疗预防实施管理委员会(以下简称公医管委会)，由分管专员、分管县长任主任委员，下设办公室，有专职人员负责核定享受公费医疗人员、发医疗证、外地转诊和经费管理等具体事宜。1960～1962年，专、县公医管委会撤销。1963年逐步恢复。
公费医疗享受人员范围为：各级党政机关、各民主党派、地方组织在编工作人员；各级文化教育、卫生、农业、林业、水利及经济建设的事业单位人员；高等院校学生；二等乙级以上革命残废军人；离退休原享受公费人员和经批准的老弱原享受公费的补编人员。
公费医疗定额：50年代为年人均24元。1965年降为年人均18元，高等院校学生年人均15元。1978年为年人均30元。但70年代以来公费医疗透支逐年上升。
管理制度：1952年，阜阳专区公费医疗实施时，即制定了《公费医疗门诊和住院规则》。1958年5月，阜阳专署财政、卫生、人事局制定《公费医疗预防管理实施暂行办法》。1962年10月，制定《阜阳地直机关公费医疗实施管理细则》。以上规则和办法，对享受公费医疗人员范围、经费开支、贵重药品及经费管理等作了明确规定，使公费医疗管理上有章可循。
1965年，根据安徽省有关文件规定，公费医疗人员看病的门诊挂号费、出诊费改由个人缴纳；公费医疗自行管理的单位由本单位报销。1975年，阜阳地、县、市3家进行公费医疗情况调查，结果年人均公费医疗开支为34.15元，超过原规定指标的48%。
1976年8月，阜阳地区召开地、县公费医疗管理座谈会，学习国家财政部、卫生部转发的《山东省招远县公费医疗管理经验》，会议研究制定出加强阜阳地区公费医疗管理工作的措施：对享受公费医疗人数、单位进行一次清理及换证；新增人员，应报请同级政府和公医管委会批准后，方可享受。采取3种试行管理即：经费统管；大病统管、小病分管；统管分管相结合，对城市医院职工采取金额包干，超支不补，年终调剂。对地、县机关仍采取由管委会统一结算、统一管理。另外，还有门诊、住院、转院的管理规定等。经过一段时间的认真管理，公费医疗超支情况略有下降，但时间一长，制度流于形式，公费医疗透支仍然逐年上升。
1985年，阜阳行署财政局、卫生局、公医办、重新制定了《公费医疗预防实施管理细则》、《享受公费医疗人员自费药品的范围的规定》。
二、劳保医疗
1951年2月26日，中央人民政府政务院颁发《中华人民共和国劳动保险条例》。条例指出享受劳保医疗范围和对象，主要有财贸、工交、厂矿、国营建筑公司等全民所有制及集体企事业单位的干部和职工。遵照此条例，阜阳专区财贸、工交等单位，先后实行了劳动保险医疗。
1980年，国家财政部、劳动部及安徽省劳动局规定，凡国营企业不论工人多少均实行劳动保险医疗。城镇集体所有制企业职工可与全民所有制企业一样享受劳动保险医疗。
劳保医疗经费，一般是由各部门各单位自行掌握，从劳保经费中列支，享受标准基本上是参照公费医疗。由于各单位情况不同，职工享受标准亦有差别。如阜阳纺织厂是中型全民企业单位，厂内设有职工医院，职工在本厂医院就诊时门诊、住院费全免；转院者经医院院长批准可全报。退休人员每人每月5元门诊治疗费，住院费全免。职工直系亲属中不享受公费或劳保医疗的及在校学生(未满16岁者)半费。有的单位劳保医疗金额，是根据职工的工龄而定，享受不同的报销数额。
三、合作医疗
1970年，国务院有关文件指出农村“要普及合作医疗”。1970年5月7日，阜阳地区革命委员会在临泉县召开大办农村合作医疗会议。同年8月，全区249个公社、4494个生产大队中已有231个公社、3344个生产大队办起合作医疗。至同年10月底，全部开办。合作医疗形式有队办、社办、队社联办3种；报销形式也有3种：一是包医、包药，即赤脚医生报酬和病人医药费均由集体负担；二是包医，部分包药；三是包医、不包药。病人吃药拿钱，但只收成本费不收劳务费。由于兴办合作医疗的准备工作不充分，一味求快，群众的认识跟不上，合作医疗一度出现较大反复，到1972年底，全区仅有461个生产大队坚持下来。
1973年4月，阜阳地区革委会卫生局根据安徽省革委会批转省卫生厅《关于当前农村合作医疗情况和今后意见的报告》精神，组织人员到基层蹲点，进行调查研究，制定出《阜阳地区农村合作医疗管理制度》(12条)，其中包括加强对农村合作医疗的管理；合作医疗资金的筹集方式；药费报销办法；就诊、住院、门诊制度。对赤脚医生、卫生员要分批轮训提高其业务水平；坚持自力甦，勤俭办医方针，推广新医疗法，合理用药，减轻社员经济负担等。
“管理制度”下发后，各县认真贯彻执行，到1976年上半年，全区249个公社已全部办起合作医疗，4494个生产大队有4372个办起合作医疗，占生产大队总数的97.20%。全区赤脚医生发展到14522人(不包括生产队卫生员)。到1976年9月，全区所有生产大队都办起合作医疗。是年12月，安徽省革委会在涡阳县召开全省合作医疗、赤脚医生先进代表大会，中共安徽省委书记李任之到会讲话，涡阳县被授予奖旗。
1977年起，随着合作医疗经费及管理等方面的困难，合作医疗兴办率下降。推行联产承包责任制后，农村经济体制发生重大变化，于是逐步推行谁看病谁出钱办法，到1985年，全区农村合作医疗室基本改为乡村医生、卫生员办的医疗室。