一、佛教
佛教于唐朝传入砀山地区，唐永隆年间，于芒砀山前建王宫寺（由原高祖庙改建）。后宋真宗赵恒赐名为均庆寺。元、明、清各代。建立寺庙，极盛一时，故有“十里一寺，五里一庙”之说。清乾隆三十二年的《砀山县·祠祀志》中就有《坛庙》、《寺观》的专志。至清末，砀城内和四关仍有城隍庙、千佛阁、红山庙、湘山庙、太山庙、老君庙等，设有一年一度的香火会，如农历三月二十八北关土山（千佛阁）会，四月初八南关湘山庙会，十月初八西关红山庙会，腊月二十四南关灶王会。在乡村，除有较大的寺、庙外，每个村庄都有土地庙。民国时期，佛教开始下衰。在抗日战争期间，寺庙大量被毁坏。民国３５年（１９４６），“砀山县佛教支会”有会员71人，会址在砀城内西北隅。至砀山解放时，全县有和尚２４人，尼姑２人，１９５２年，还俗转业者１１人，参军１人，还剩１２人。随后，有些庙宇被扒掉，有些庙宇被改成学校，所剩尼僧，有的从商，有的务农，公开的佛教活动停止，但在老年人中，仍有一些人吃斋信佛。
二、伊斯兰教
伊斯兰教，又称回教。明永乐十五年（１４１７），从山西洪洞县向外移民时，其中有“七苏、八马、十六许”共３１户约４１０名回民迁来砀山落户。开始定居在古砀城（毛李庄处）西关外，并集资建一小型清真寺，开展宗教活动。后古砀城陷没。而新建砀城（即今城）仅在古砀城西里许，于是清真寺便处在新城南关外。明崇祯十五年（１６４２）首次复修，清乾隆年间二次复修，光绪二十四年（１８９８），云南开化镇总兵许世享（砀山回族）捐款，再次修大殿，寺规模较前扩大。民国２４年（１９３５）由许茂元、许鸿基、尤聚瑞三位老人经手又重修该寺，并增建了二门、望月楼，大殿，彩绘花墙，清真寺显得庄严肃穆、美丽壮观。民国２７年日军攻占砀城时，该寺遭日军炮击，受到破坏。后来日伪政权为了安抚回族民心，曾派一名亲日的穆斯林官员前来慰问，并用款略加修复。民国３５年１０月１８日的登记表上，回教会员有２８０人，教会地址在清真寺，负责人许海鸣。至“文化大革命”期间，该寺又破坏，大门、二门、望月楼及１８间配房被捣毁，大殿、讲堂、水房等也面貌全非。１９７９年以后，宗教政策逐步得到落实，省、地、县拨款万元，重新修缮清真寺，使其恢复原貌，并从河南聘请阿訇来掌管教务，１９８５年已正常开展宗教活动。
伊斯兰教徒主要分布在官庄区许庄、大寨区马良集、陇海区的许园、许窑、高庄等村和砀城南关外的四个生产队。
三、天主教
清光绪八年（１８８２），天主教由山东省传入砀山县。光绪十八年五月，德国籍艾神甫（姓名不详）在周寨区侯庄建天主教教堂，至光绪２１年，已发展到１８个堂口，有教友３３１名，保守３２５名。光绪二十九年，神甫蓬士宾（国籍不详）由侯庄教堂到砀城西蒋楼建教堂，光绪三十二年蓬士宾又到砀城南陈寨建教堂，民国１１年（１９２２）年陈寨教堂迁至砀城东汪阁，同年法国籍朗本仁神甫在砀城建立教堂。抗日战争初期，砀城教堂和汪阁教堂办有难民所，入教者大增，两教堂教徒增至近３万人。建国后，人民政府奉行信教自由的政策，１９５２年全县有神甫６人（其中外国籍４人），修女６人，教徒５０３３人。是年，成立天主教砀山县爱国委员会，主任邵世明，副主任杨洪波、安秀贞，在爱国委员会的领导下，驱逐了外国籍神甫郝伯良、介龙、麦椿年等人。“文化大革命”中，造反派查抄了天主教堂，把祭器等物品抢掠一空，教堂人员被批斗，宗教活动被迫中止。中共十一届三中全会以后，落实了宗教政策，恢复了宗教活动。１９８４年８月，重新成立天主教砀山县爱国委员会，安秀贞任主任，姜智慧任副主任。１９８５年全县有天主教教徒２３００人。天主教教徒集居的地方有周寨区的侯庄、郭程庄、庞新楼，大寨区的八大家，赵屯区的蒋楼、薛曹庄，陇海区的黄堤口、黄新庄、八里井，朱寨区的焦集等。
侯庄教堂清光绪十六年三月，德籍艾神甫到侯庄传教，光绪十八年五月盖了圣堂和学校（男学和女学），为了教堂的安全，余宾神甫任本堂时，官府在圣堂西边设立了奉子营，盖有２０间草房，住３棚（每棚１０人）士兵。
光绪二十二年六月四日，因教友偷了农民的庄稼后躲进教堂，农民起义军首领庞三杰率大刀会攻打教堂。光绪三十一年和致祥神甫任本堂时，将圣堂扩建成十字形，建一座８间长的二层楼房，增加了弥撒间及更衣室。是时，天主堂宅基已增至５０多亩，周围建起了砖墙。民国１８年（１９２９）加拿大籍色神甫（姓名不详）将圣堂北面的１５间房子加以翻盖，开办了一所小学。
侯庄天主堂共有唐寨（有瓦房１座，宅基亩许）、玄庙（宅基４亩许）、庞新楼（圣堂瓦房５间，草房３间，宅基１.３亩）、郭程庄（瓦房５间、宅基亩许）、大张庄（瓦房１所，宅基亩许）、周庄（瓦房３间，宅基亩许）、下朱庄（瓦房１所，宅基亩许）、张老家（瓦房１所，宅基亩许）、吴楼（瓦房１所）、大寨（瓦房１所，宅基亩许），等１０个公所，总计有５千多名教徒。
民国３６年教堂毁于火灾，以后麦椿年神甫及许文义、马宁兰两位修女，将堂口迁至侯庄东南５里庞新楼。
蒋楼教堂光绪二十九年蓬士宾神甫由侯庄到砀城西蒋楼建立天主教堂。最初堂基不过３亩，盖有瓦房６间，３间作圣堂，３间作客厅，另有２间西屋。蓬士宾神甫于光绪三十二年动工兴建圣堂，该堂南北５间长，宽３间。是时，堂基扩至８亩。光绪三十二年十月十五日，农民起义军在庞三杰、王金妮率领下攻打砀城，于归途中，没收了教堂的快枪１支、土枪３支、骡子３匹、铜钱一箱等财物。为此，蓬士宾神甫离开蒋楼，到城东南陈寨另建教堂，蒋楼教堂改为公所，常有神甫到此做弥撒。砀城天主堂建成后，历任本堂，每到星期日，也都到蒋楼做弥撒。
陈寨教堂光绪三十二年蓬士宾到陈寨另建教堂，大门朝南，前后２排瓦房，还有西厢房、圣堂、会客室等，但陈寨不是天主教徒的中心地带，加之地势低洼，连年水灾，民国１０年蒙神甫（国籍、姓名不详）决定把教堂搬迁到汪阁，先在汪阁买地建房，民国１１年苏继东接任本堂后，即动手拆迁，陈寨教堂被撤销。
汪阁教堂民国１０年蒙神甫在汪阁买地２３亩１分９厘，一年后蒙神甫调离。民国１１年苏继东神甫到汪阁任本堂，他立即着手拆陈寨教堂的房屋，将所有木料运到汪阁，盖学校、马房，继而建修女住院及神甫住楼，最后盖圣堂。汪阁建堂后，四周各村入教者逐渐增多，为便利教徒，就在较为集中的地方买地建房，增设７２处公所。民国２７年日军占领砀山，汪阁教堂成了难民所，入教者猛增，天天都有受洗者，仅登记入册的就有六、七千人，还有许多未入册的教徒，民国２９年苏神甫因年迈调回徐州休养，徐宗礼、李文凯和德国神甫相继负责。民国３５年守谦神甫任本堂，着手恢复学校，修理房屋，重整教务。次年调来德籍神甫吉善达任副堂。守谦神甫走后，吉神甫任本堂。１９５２年吉善达神甫被驱逐出我国国境。１９５６年徐州教区派安德来汪阁任本堂。１９６７年圣堂被拆除用于建李庄农业中学。１９７４年神甫住楼１２间被拆除用于建“知青五·七工厂”。１９８０年落实党的宗教政策，修女赵庆云回到汪阁教堂。１９８３年８月把后院腾出，过去保守学道理的６间屋暂作圣堂，教徒开始正常的宗教活动。１９８５年教徒发展到７００多人。
砀城教堂民国１０年法籍朗本仁神甫在砀城内建立了天主教堂，开始仅１亩多的堂基，盖１０间瓦房。不久堂基扩大到１０亩，并新盖了一座圣堂及一座５间大的客厅。民国１９年冯道南神甫任本堂时，堂基扩大到２５亩，将以前的圣堂拆掉，新盖一座３０间的大圣堂，一座１８间的双层楼。民国２７年，又盖了１０６间的３层楼和１０间修女住的楼房。抗战初期，砀城天主教堂办有难民所，一时入教者甚多，计有２万多人。砀城总堂下设杨集、蒋楼、齐庄、吕集、徐集、大许庄、丁庄、吴集、李洼、黄堤口、杨庙、黄草庙、李阁、阚油坊、刘庄、王集、万楼等１７个分堂。解放战争时期，国民党军凭借教堂建筑顽抗，教堂房屋遭到严重损失。
１９５６年，徐州教区派郝鸣凤神甫来砀山仁任本堂，１９５７年郝被错划为右派分子，送至飞机农场劳动改造（１９６２年病故）。１９５９年蚌埠教区派李来荣神甫来砀山任本堂。１９６６年“文化大革命”开始，造反派查抄天主教堂，把祭器等物品强掠一空。１９６９年底，李来荣神甫、姜智慧修女被下放回乡劳动，郑则济修女年高病故，教堂全部财产、房产移交县房产公司管理。宗教活动停止。党的十一届三中全会以后，宗教政策得到落实，１９８２年４月恢复了宗教活动。
四、基督教
民国元年德籍谷约翰和中国籍的杨玉贵、杨贵臣、吴怀庭、仇心湘夫妇从山东省单县来到砀城设立耶酥教堂，在东关外建礼拜堂一所，约有３间屋宽、５间屋长，全堂可容纳近６００人。又建两层１８间宿舍楼，行人门及耳房５间，过车门及配房５间，办公室２间，医药室２间，牲口房３间，磨房1间，储藏室３间，汽车房1间，洗衣室、柴草房３间，以上所建，皆为瓦房，占地４０亩。教堂建成之初，仅几十人听道，后增至数百人。民国８年谷约翰先后在城北黑楼及西南门附近的王庄建立分会。民国１６年谷约翰又在范庄寨、吴庄、苏楼相继设立分会。是年，耶酥教堂改名为基督教会。民国１９年基督教会改名为基督教砀山县三自爱国委员会，下属改为基督教砀山县三自爱国委员会××分会。民国２１年在东关外北村内新建１所福音堂，１丈多高，４间宽８间长，约３２间。福音堂坐北朝南，可容１２００多名听道群众。民国２５年谷约翰之子包罗夫妇来华，作谷约翰的助手。民国２７年谷包罗开办砀山圣经学院，学生来自砀、永、夏三县。日本偷袭珍珠港事件后发生后，谷包罗夫妇回美（在美上学时入了美国籍），谷约翰将教堂的房屋、宅基、树木、家具及整个院子。以４万日伪钞储备券卖给伪县长尹凤阁后，便到青岛去了。自此，砀山基督教会才算真正自立、自养、自传。民国３１年薛尼轩任砀山基督教牧师。１９５２年统计，全县有教徒７０６人，其中男１６９人，女５３７人。１９５７年薛尼轩被错划为右派分子，当年在劳改中病故。之后，砀山基督教由朱其钞牧师负责。１９６４年１１月，全县有牧师１人、传教士１人、执事３人、教徒２００多人。１９６６年“文化大革命”开始后，教会的经典、唱诗、圣画及其它有关宗教的书籍皆被烧掉。传道人员被批斗、游街。１９７９年落实宗教政策。改正了薛尼轩牧师的错案，收回了被下放农村的朱其钞、李文鼎两牧师。１９８１年东关福音堂恢复了活动，并着手筹建农村基督教活动点。１９８２年１１月，全县农村活动点３５处，听道者约有４０００多人。１９８５年，基督教砀山县三自爱国委员会重新建立，主任朱其钞，副主任李文鼎，传道士段淑芹、程天民。下设大寨、朱寨、官庄、关帝庙、赵屯５个区三自爱国委员会小组。设马良集、郭楼、薛庄、孙黑楼、权集、刘庄、周楼、王庄、曹庄、刘楼、魏庄、薛口、朱庄、三座楼、杜阁、王庄、张庄寨、赵岗、小屯、邵楼、苏楼、吴庄等聚会点，唐寨、贾寨、蒋王庄、孙李庄等４个传道所。１９８４年收新教徒２００多人，１９８５年收教徒５００多人。
附：在理教
“在理教”，又名“在礼教”。原为反清复明的民间秘密结社之一。何时何人把该教传入砀山县已无考。民国期间，该教在砀山县城乡均建有教堂，开展活动。如城内有一心堂、清心堂，道友２００人左右。城南关帝庙有明心堂，刷集有静心堂，邵楼有同心堂，阚寨有安心堂，四处共有教友千余人。
该教教旨是以理心照，凡入教者，首先要戒烟戒酒，并宣传烟伤身、酒乱性的道理，在教者若违犯规章，则要受罚。该教每年最少有４次活动，即“摆斋日”，道友齐聚教堂，进香磕头，参拜佛神，然后吃便饭，饮清茶。民国３４年１１月５日和１２月１０日的两份登记表，县城内的在理教称“中华理教总会砀山县支会”，有会员１９５人，理事长黄伯瀛，监事长陈其震。该会成立于民国２３年，砀山沦陷后停止活动，民国３４年底恢复活动。砀山解放后，该会没再恢复。