一、植物资源
本县植物资源门类比较齐全，共有6个门、28个科。其中经济价值较高的有禾本科、放花科、胡麻科、锦葵科、葫芦科、十字花科、豆科、茄科、百合科、葡萄科、蔷薇科、杨柳科和玄参科等13个科。
据清康熙《灵璧县志》记载，本县植物资源比较丰富，有谷、豆、蔬、果、草、卉等。谷类有：水稻、高粱、玉米、大麦、小麦、荞麦、谷子、芝麻。豆类有：黄豆、绿豆、黑豆、小豆、扁豆、红豆、豌豆、蕙苡米。蔬菜类有芹菜、韭菜、葱、菁菜、芥菜、菠菜、莴苣、菪蓬、芫荽、茼蒿、祭菜、苋菜、菘、茄、瓠、萝卜、葫萝卜、藕、山药、萱花、赤根、南瓜、冬瓜、菜瓜、丝瓜、甘露子。果类有枣、栗、菱、芡、梅、杏、桃、李、奈、沙果、柿、石榴、核桃、樱桃、葡萄、白果、桐子、松子、荸荠、文官果、莲子、花红。草类有：蓝草、红花草、艾、菖蒲、苜蓿、芦苇、荆竹、马兰、蓼、蒿、虞美人草、紫竹、斑竹。木类有梓、梧桐、楸桐、松、柏、桧、桑、榆、槐、垂柳、柳、椿、楝、楸、柽、梨、荆条、青杨、白杨、冬青。花卉类有：牡丹、桂花、芍药、莲花、梅花、菊花、萱草、木香、紫荆、蔷薇、荼縻、绣球、紫薇、商陆、山丹、玉()、金凤仙、蜀葵、戎葵、鸡冠、蘡薁、扁竹、石竹、剪春罗、满世娇、长春、木槿、龙爪、海棠、地棠、玫瑰、珍珠、金盏、金雀、金钱、金纱、石楠、凌霄、碧桃、蜡梅。药用类植物有：地黄、半夏、苍术、天南星、芋、大黄、香附子、葛根、茅香、地丁、瓜萎、天花粉、苦参、麦门冬、地骨皮、车前子、牛旁子、透骨草、茵陈、桑皮、旱莲草、柴苏、三绫、皂角、柴胡、山楂、薄荷、川芎。以上植物，经过大自然淘汰和人工选择，有的依然存在，并且表现出了很强的生命力，有的则从本县的土地上消失。
至1985年，全县主要植物资源有：小麦、大麦、玉米、高粱、甘薯、水稻、芝麻、油菜、花生、大豆、向日葵、绿豆、蚕豆、豌豆、赤豆、棉花、苘麻、烟草、萝卜、胡萝卜、白菜、菠菜、茄子、番茄、辣椒、马铃薯、大葱、洋葱、莴苣、南瓜、黄瓜、丝瓜、西瓜、甜瓜、瓠瓜、紫穗槐、芦苇、葡萄、李子、桃、樱桃、梨、梅、苹果、楝树、香椿树、臭椿树、毛白杨、河柳、旱柳、杞柳、垂柳、桑树、松树、柏树和毛泡桐等。
药用植物种类很多，其中根皮植物有：白前、白头翁、翻白草、青木香、半夏、香附、地骨皮、椿根皮、苦楝皮、远志、花粉、合欢皮、蒌陵草、野荞麦、首乌、射干、芦根、白茅根、锦鸡儿、桑根皮、地芋、藕节、薤白、光菇。
果仁植物有：土枸杞子、车前子、菟丝子、亭力子、牛子、女贞子、冬葵子、王不留、苍耳子、苏子、青香子、小胡麻、褚实子、萝卜子、花椒、急性子、葫芦巴、韭菜子、蛇床子、枣仁、黑白丑、地肤子、丝瓜子、丝瓜络、桃仁、冬瓜皮、柏子仁、苦杏仁、槐角、火麻仁、马斗玲、桑椹、凤眼草、鹤虱、石榴皮、白吉利、甜瓜蒂、无花果、芡实、莲子、皂角、朝天子、蒌子、蒌皮。
花叶植物有：薄荷、大蓟、小蓟、蒲公英、荆芥、泽兰、瞿麦、益母草、败浆草、墨旱莲、老观草、扁须、车前草、马鞭草、浮萍草、天仙屯、小草、紫花地丁、米口袋、泽七、忍冬屯、青蒿、夜交屯、马齿苋、半枝莲、半边莲、苏梗、苏叶、谷精草、苍耳草、虎耳草、西河柳、苎草、蛇莓、皂刺、萝卜缨、旋覆花、蔷薇花、扁豆花、玫瑰花、须莲、鸡冠花、夜合花、木槿花、凤仙花、益母花、荠菜花、红花、寻骨风、艾叶、大青叶、侧柏叶、玉米须、槐米、霜桑叶。
花卉品种有250余种。主要品种有：菊花、牡丹、茉莉、玉兰、兰草、百合、桂花、茶花、天竺、月季、杜鹃、木槿、腊梅、米兰、合欢、紫丁香、栀子、看石榴、看樱桃、看桔子、仙人掌、仙人球、仙人棒等。
在众多的植物资源中。比较著名的植物有麻叶白菜、萝卜、芝麻、木梨、半夏、红花、酸枣仁等。这些被称为"灵璧土特产资源"。本县地产的半夏，芦头端正，体圆粉足，畅销国内外。
二、动物资源
本县动物计有5个门，9个纲，与人民生活密切的有哺乳纲、鸟纲和鱼纲3个纲。
根据清康熙《灵璧县志》记载，当时动物资源较为丰富。家畜家禽类有：牛、水牛、马、羊、猪、骡、鸡、鸭。野兽类有：兔、獐、獾、狐狸、狼、鼬。野禽类有：鹤、雁、鹭鸶、野鸡、鹌鹑、练雀、项黄鹤、喜鹊、鸠、野鸭、家燕、鸳鸯、蜡嘴、杜鹃、黄雀、鹳、鹞、鹬、啄木鸟、山雀、黄鸭和翠鸟等。因生态环境变迁和猎户跟踪捕杀，很多野生动物早已绝迹。獐、獾、狐狸、狼已不复存在。水禽鸟类、山林鸟类亦很少发现。
到1985年，本县家畜家禽有：牛、马、驴、骡、猪、羊、狗、猫、家兔、鸡、鸭、鹅、家鸽。野兽和爬行动物有：獾、黄鼬、刺猬、鼠、蝙蝠、蜥蝎、蛇。野禽有：啄木鸟、猫头鹰、野鸭、燕、鹊、喜鹊、苇莺、山雀、麻雀、布谷鸟。水生动物有：青鱼、草鱼、链鱼、鳙鱼、鲫鱼、鲤鱼、鳝鱼、鳜鱼、河蟹、虾、龟、鳖、青蛙。昆虫有：蜜蜂、家蚕、粉蝶、赤眼蜂。
药用动物有：水蛭、蟾蜍、蝎子、土元、地龙、虻虫等。药材动物中的蝎子是本县的知名药材。
(其他害虫详见"农业"章"农技农艺"节"植物保护"条)
三、矿物资源
本县无金属矿床，非金属矿点虽多，但形成矿床并具备开采价值的，只有大理石矿和水泥灰岩矿。
1．大理石矿
大理石矿床。矿点较多。品种有10余种，分菜玉、皖螺和墨玉三大类。
皖螺矿床。该矿床位于九顶区陆圩乡境内耳毛山，又称耳毛山大理石矿，距县城55公里，形成于震旦纪四顶山期晚期，距今约有7亿年。矿体是在浅海环境中，由藻类植物造礁形成的迭灰岩。矿体共分4层，均在山北坡，呈带形，东北西南向延伸，全长500米。第一层为灰皖螺，是矿体顶部，西厚东薄，最大厚度为47米，最小厚度为38米，大部分出露在地面上。第二层为红皖螺，厚约8～11米，一半出露在地面，一半埋在土中。第三层为夹层。系灰、红兼杂石料，厚约18～21米。第四层为棕红色大理石，是矿体底部，厚约24米。三、四两层石料，全部被粘土覆盖，土层深约4～10余米，开采难度较大。耳毛山皖螺类大理石，以其花纹美观为主要特点，质地细腻，色泽艳丽，可加工成大理石板材，也可用于制作工艺品。储量为40.22万立方米。
菜玉矿床。该矿床位于娄庄区蒋圩乡境内菜玉山，距县城21公里。地层为震旦界青白口系张渠组的一部分。矿床成因分沉积型和接触变质型，矿层为浅海相碳酸盐沉积，以中厚层为主，是蛇纹石化大理岩，细晶结构，条带状构造，色彩鲜艳。该矿床分布在菜玉山的北部，深则24.91米，浅则16.20米，为混合矿体，上伏墨玉，下伏菜玉，东北部是斑马玉，南厚北薄，矿体形似蛤蟆坐北面南状，南部墨玉矿体出露在地面上。北部全被泥土覆盖，开采难度大。墨玉类大理石漆黑似玉，朗润映人，品种有墨玉、灰云、采云等；菜玉类大理石色彩斑斓，质地细腻，品种有菜玉、斑马玉等。总储量为76943立方米。
磬云石矿床。该矿床主要位于渔沟东3公里庆云山，距县城47公里。品种为纯磬云墨，为古矿点，矿体微显脆性，加工后墨黑有光，明亮如镜，扣之有声，可以加工制作成乐器编磬和高档的建筑材料，为本县一大特产。庆云山西辉山大理石矿所产磬云黑，质地稍松，易于雕磨，古时多用之制作砚台。此外，邱庙东北的穆山，朱集东南的潼山皆产磬云黑，累计储量达100多万立方米。
2．石灰石矿
本县石灰石矿储量丰富，矿床分布较多、较广，是生产水泥、石灰和烧碱的重要原料。
张山--凤凰山矿床。位于县水泥厂北，县水泥厂正开采使用；庙山矿床，位于灵城东北，为县水泥厂的后备矿山。
九顶山、陇山、马山矿床。位于九顶山至尹集区一带，九顶、尹集、浍沟、高楼等水泥厂正开采使用。
牧猪山--耳毛山矿床。位于贯山至朝阳集一带，王集水泥厂正开采使用。
鄂山矿床。位于灵城西南。
菜玉山矿床。位于娄庄东南4.5公里处。
本县石灰石矿预测储量为3.8亿吨，其中可用于化学工业制碱原料的矿体藏量为1.9亿吨，可用于冶金辅助原料的矿体藏量为2.7亿吨；现已开采利用的水泥灰岩的储量为260万吨，仅占预测储量的4%。