本区的林木管护按权属的不同有不同的护林方式，国营林场经营的国有林木，皆分片设有护林点，以一至数名护林职工长期驻此专司护林之职。这种护林方法从建国初一直延用至今，国有林木大多保存比较完好。但由于力量有限，零星盗伐事件时有发生，亦常发生护林员遭盗伐者殴打之事。护林点大多座落在偏僻的林区，生活条件十分艰苦。全区所有七个国营林场共有42个专职护林员和42个聘用的农民护林员，看护着85 213亩林木。集体林木主要依靠乡规民约和乡村农民专职的护林员管护。农村全面推行承包经营责任制之前，除少量国有林木和房前屋后的私有树木外，我区林木皆归集体所有。一般以大队或生产队为单位选配护林员，制订了一些护林的乡规民约，护林员不再参加其他生产劳动，专职护林，大队或生产队给予固定收入。1972年至1977年，全区各县普遍建立了护林组织，公社有护林领导小组，生产大队有护林专业队，生产队有专业护林员。1976年，仅宿县的专业护林员就达7 700多人，昼夜看护，发现毁林者，轻则责令检讨，重则补栽罚款；特别严重的还要受到批判、斗争，以致游街示众。土地承包以后，树随地走，田头树木也归农民承包经营。集体林木只剩下一些较大的林带和片林。对于这一类林木，则采取分级分片承包管护的方法，由乡村给予一定的报酬，发现毁树者，上报政府或公安机关进行处理。为了更好的做好树木管理工作，我区还与毗邻的地区开展护林联防工作。参加苏浙皖护林联护组织。互相配合搞好护林联防。制止乱砍滥伐林木，保护森林资源，防止病虫害的蔓延和山林火灾的发生，并协助政府处理毗邻地区的山林纠纷，维护毗连地区人民的友谊和团结。省际会议每两年举行一次，由值班省主持，县际（联防区）会议，每年举行1至2次，由值班县主持，我区萧县、砀山、宿县于1965年加入该组织的第11联防区，该区成员还有江苏丰县、铜山县等。1986年以前，林业治安由当地公安部门统一管理，重大毁林案件由其进行查处，为切实贯彻执行《中华人民共和国森林法》，保护林木安全和维护林区治安，自1986年开始，我区逐步建立林业公安机构。现地区林业局设有林业公安科，萧县皇藏峪设有皇藏峪林业派出所。至1988年底各县林业局先后成立了林业公安股。
本区在60年代以前，由于树木零星分散，片林也多混交，纯林较少，加之鸟类繁多，很少发生大面积病虫害。自60年代以来随着林业生产的发展，林木病虫害相对增多，宿县一带榆兰金花虫蔓延成灾，榆树资源几近枯竭。1972年开始，平原绿化事业发展迅速，大量未经检疫的杨树、泡桐、刺槐苗被引入本区，并用之营造片林，多种病虫害随之而来并迅速蔓延。据1980年林木病虫害普查，全区共有树木害虫231种。其最主要的病虫害有，大袋蛾（俗称吊死鬼）、天牛、金龟子、榆兰金花虫、柳婴和泡桐丛枝病、杨树溃疡病等。1980年开始，地、县分别恢复和建立了森林病虫害防治检疫站和森防公司，开展病虫害的测报、检疫和防治工作。1981年，地区森防站对大袋蛾、杨扇舟蛾、泡桐丛枝病等18种病虫害进行室内饲养观察，结合野外调查，基本摸清了这些病虫害的生物特点和发生发展规律。1982年，全区开展了杨树检疫性病虫害专项调查，属检疫性的病虫害有白杨透翅蛾和杨树溃疡病。根据其分布范围，划定了疫区、保护区和监视区，为制定防治措施提供了可靠依据。防治方式主要以专业队为骨干，发动群众进行化学防治。1984年以来，实行治虫承包责任制，“谁受益、谁负担”，改变了过去单纯依赖国家拿钱防治的被动局面。
本区发生较严重的病害主要有泡桐丛枝病和杨树溃疡病两种。感染丛枝病的泡桐树及幼苗，多于翌年枯死。感染病的大树枝叶疯长，细小，密集如团，影响生长，严重者也可致死。1984年调查，泡桐苗木病株率在2％—5％，两年生病株率10％，4—6年生病株率15％—30％，10年以上的泡桐病株率竟高达80％以上。防治此病目前尚无特效方法，本区一般采取的防治方法有：一是改变育苗方法，一般泡桐育苗不再留床、留根、平茬和重茬。砀山县已开始试验培育抗病品种；二是修除病枝或环剥皮，一般群众多用修除病株方法。1984年，地区森防站试验在春季环剥病枝治愈率在65％左右；三是加强检疫，严防病虫害传入无病区。杨树溃疡病是常见的杨树干部病害。大观杨的发病率一般为50％—70％，最高的为100％。1983年以前，本区对此病基本没有防治。1984年以来，采取措施进行防治。选用抗病较强的意大利黑杨树种，淘汰极易感染病的大观杨，加强栽培管理，改善生长条件，提高树木长势，增强抗病性、精选杨树的种条，防止带菌、带病的种条传入本区。结合采用药物防治，每年9月初，病菌孢子释放较多，此时喷洒波尔多液、代森锌等药剂。
目前，本区为害最严重的虫害是大袋蛾。食叶为害泡桐、法桐、刺槐、榆、苹果、桃等100多种树木和大豆、棉花等农作物。严重时可食尽全株叶片，导致植株死亡。本区每年发生一代。10月底以老熟幼虫在树枝上越冬。1986年为害面积达36万多亩。现在采取防治方法是：一在冬季树木落叶后，袋囊明显时，发动群众人工摘除袋囊，对减轻来年危害有一定作用。1985年，全区曾摘袋11.2万斤，其中宿县摘约6万斤。二在幼虫三龄以前，喷洒滴滴畏、敌百虫以杀死幼虫。此法为本区主要防治手段；三在树干基部钻孔注射内吸剂药物，杀虫效果可达95％以上，试验证明此法可大力推广。